Basic Information

Symbol
TMPRSS6
RNA class
mRNA
Alias
Transmembrane Serine Protease 6 Matriptase-2 MT2 Transmembrane Protease, Serine 6 Transmembrane Protease Serine 6 FLJ30744 Membrane-Bound Mosaic Serine Proteinase Matriptase-2 Type II Transmembrane Serine Protease 6 EC 3.4.21.- EC 3.4.21 IRIDA
Location (GRCh38)
22:37065005-37110890
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001374504.1
Sequence length
3265.0 nt
GC content
0.6325

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1501.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1556.08 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001289000.2 NCBI
AGUCACAGUGCUGUCCAGGACCCAGCAGGAGGAGUUCCAUGGAGCCUGA… 3331 nt 0.6304
NM_001289001.2 NCBI
AAGAGCUGGGCCUGGCUCCCUGCAGCCUGAGCCACCUACCCUGCUCCGA… 3153 nt 0.6324
NM_001374504.1 NCBI
AGUCACAGUGCUGUCCAGGACCCAGCAGGAGGAGUUCCAUGGAGCCUGA… 3265 nt 0.6325
NM_153609.4 NCBI
GUUCUUGAGCCAGACCCAGUCCAGCUCUGGUGCCUGCCCUCUGGUGCGA… 3197 nt 0.6290
Summary

The protein encoded by this gene is a type II transmembrane serine proteinase that is found attached to the cell surface. The encoded protein may be involved in matrix remodeling processes in the liver. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the TMPRSS6 mRNA was hypermethylated in the nucleus accumbens of subjects with alcohol use disorder compared to controls, with a mean methylation level of 0.419 in cases versus 0.202 in controls [Liu et al. DOI:10.3390/genes13060958]. This finding was part of a broader epitranscriptomic profile revealing 26 hypermethylated and 3 hypomethylated mRNAs in AUD subjects, with many involved in immune-related pathways. A study in mice demonstrated that the TMPRSS6 was commonly up-regulated following Kupffer cell-specific and endothelial cell-specific exposures to α-particles in liver tissue, as part of a broader inflammatory state and acute phase response characterized by distinct gene expression profiles compared to chemical hepatotoxicants [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078].