Basic Information

Symbol
TNFAIP2
RNA class
mRNA
Alias
TNF Alpha Induced Protein 2 EXOC3L3 B94 Tumor Necrosis Factor Alpha-Induced Protein 2 Exocyst Complex Component 3-Like 3 Primary Response Gene B94 Protein Tumor Necrosis Factor, Alpha-Induced Protein 2 Tumor Necrosis Factor, Alpha Induced Protein 2 TNF Alpha-Induced Protein 2
Location (GRCh38)
14:103121407-103137441
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006291.4
Sequence length
4683.0 nt
GC content
0.6201

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2151.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2224.94 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1426.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001371220.1 NCBI
AGUGGCGGCCAGGCCGGGACACGGUAAGUGACCUCCGCUUCCACACGUC… 4226 nt 0.6207
NM_001371221.1 NCBI
AGUGGCGGCCAGGCCGGGACACGGAGCCUGCAGGCCUGAACCAGGGUGA… 3758 nt 0.6075
NM_006291.4 NCBI
AGUGGCGGCCAGGCCGGGACACGGUAAGUGACCUCCGCUUCCACACGUC… 4683 nt 0.6201
Summary

This gene was identified as a gene whose expression can be induced by the tumor necrosis factor alpha (TNF) in umbilical vein endothelial cells. The expression of this gene was shown to be induced by retinoic acid in a cell line expressing a oncogenic version of the retinoic acid receptor alpha fusion protein, which suggested that this gene may be a retinoic acid target gene in acute promyelocytic leukemia. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mouse primary cortical astrocytes demonstrated that brief ethanol exposure significantly activated the expression of numerous alcohol-responsive genes, including the TNFAIP2 [Pignataro et al. DOI:10.1002/Brb3.125].