Basic Information
Symbol
BHMT2
RNA class
mRNA
Alias
Betaine--Homocysteine S-Methyltransferase 2
S-Methylmethionine--Homocysteine S-Methyltransferase BHMT2
SMM-Hcy Methyltransferase
Betaine-Homocysteine Methyltransferase 2
EC 2.1.1.10
EC 2.1.1.5
Location (GRCh38)
5:79069636-79090069
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_017614.5
Sequence length
2603.0 nt
GC content
0.4695
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-842.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-887.45 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
644.31
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((.((..(((.((....))..)))..)).)))((((((((((..((((.((((((((((((((((((((((((.(((...))).)))))))))))))).))))))((.(((((((((((((((((((((..((((((...)))))).)))).............((((.....))))..))))))))))...(((((....))))).....(((((((..(((((((((((..(((((((((((((.......((((.....((((((((((......((((((((((((((.(((((((.....(((.(((((..(((((...(((((((((.(((((((.(((((....((((...................))))..)).))).........((((((((((....(((.(((((((((((..((((..........)))).....)))))).))))).)))..))))))))))((((.((((((((.....(((....))).....)))).))))..)))).......((((((...(((...)))....)))))).......)))))(((((((((((((((.((((((..((((.((((((((((((((((((((((....(((......)))....)))..)))....)))))))))..((.(((((..(((((((((((((..((((((.((((((((((....))))).))...(((((.((((((.((((..((.......))..)))).)))))).).))))((((((((((((((..(((...(....)...)))))))).))))))))).........(((.((..((((.(((((((.....)))))....))..)))).)).))).))).)))))).)))).)))))))....((((((.....((((((.....))))))))))))..))..)))))))......(((((((((((((((.(((((((.........))))))))).......((((.((((.....((((.....((((((((......((((..((((((....(((((..(((((.(..(((.......)))..).))))).....))))).....((((...........))))................)))))).))))....))).))).))....))))......)))))))).))))))))))))).(((((......))))))))))))..)))))))))))))).......)))))))...))))(((.(((......))).))).....)))))))))))(((((......((((.((..((((....(((((...)))))....)).))..)).))))....))))).....(((.(.((((...(..(.((((.(((((((((((((...(((((.....(((((((.((((((....(((((.((........))))))).....(((((((.(((...))).)))))))(((((...(((((..........((((((.......))))))((((((((((((((.((.((.(((..((((((.((..................)).))))))))))).)))))).))))))))))....)))))...)))))....)))))).))).))))..)))))...))))))))))...))).)))).)..)...)))))))))))))....((((((....))))))((..((((((((.(..(((((((.(((((((.(((...)))..).))))))..)).)))))..)))))))))..))...............))))).)))..)))))))(((((....((((........)))).....)))))((((..((((((..(((((((....((((..(((((((.(((.......))))))))))))))..)))))))....))))))..))))..................((((((.((((...)))).))))))....((((....)))).)))))))))))(((........)))............(((....))).))).....))))))))))..)))))))))))..((((..((((((.....)))))).))))(((((((.....)))))))......(((((((......)))))))..............(((((.......(((...))).....))))).(((....((((((....))))))....)))...))))))......)))).)))))))...(((((...)))))..))))))).....)).))))).))......((((((((.......((((((((......)))))))).....((((....))))(((.(.(((((.......))))).).)))...((((.(.((((((((((.((.......))..))))))))))).))))((((((.((((.(((((.....)))))..)))).))))))....)))))))).......)))).))))..))))))))))....................)))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((((((.((,,(((.((.,,,}}..}}|,,||.}||{((((({{{{.,|{{{.{{{{|(((({((((((((((((((.(((...))).)))))))))))))).||||||{{{{{{{{,.(((((((((({(({{.((((((...)))))).)))|(,,.{{{{.....,,,|..}}}))))..))))))))))..}}|||,|||||{{{|..{{{.(((.....)}}.,},.,,,.})))})},}}}|||.,....((((..((,,(((((..(((.(...,(((((.((((.((.((((.(((((.((((((((((,,.,{,,,.,.,||{(((((.(((((((.,.(((((..,,{{............,.....|},}}...,,............((((((((((....(({.{(({{{((((({.(({{..........}))}.,...)))))}.})))).}))..)))))))))){{((,((((((((,...,(((....})}.....}})).)}||.{|}}},,.,,}|{{((((,..(((.,.|||....||}}}}....,..}|}|}||,|,,|||||((((.((((((.,{,((.(((((((((((((((((((({{....|||.,,..,|||....}}}..)))....))))))))),{((.,,,,,,||,(((((((((((..((((((.(({{{(((((....))))).||,{{{((({.((((((,((((..((.,.....}},,}})}.}))))}.,.))))||{{{{{{((((((,{{{{.},}},,.,.,,)))))))}.)))}}}}|}.......,{(((,,{..((({...((({{..,,}})))).,.}}))))}}),),,))),))).)))))).)))).)))))))....,{,,,({{{|{((((((.....)))))},}}}}}..))}}))))},,......(((((((((((((((.(((((((.........))))))))).......(((,{((((..,..((((,....((((({{,..,...((((..((((((....(((((..(((((.(..(((.......)))..).))))).....))))).....((((...........))))................)))))).))))....)}),))).))....))))......)))))))).))))))))))))).(((((......)))))})))))).}),)})))))))))).|,,|,,}|}}}}|{.{||||((({{(({{....}}},}},.|}|.}|{{,,||{||(((((......((((.((..((((....(((((...)))))....)),)}..)).))))....))))),.}}}||.,,,}}..,..,....((((((((((.((((((((((...(((((.((((((((((((((({.{((((((..(.((....(((((........(((((((.(((...))).)))))))(((((.,.(((((..........((((((.......))))))((((((((((,{,(,({.((.(((..((((((.((..................)).))))))))))).)}))),.))))))))))....)))))...))))).{{{({{,,}}}}||,,,},}}},,,},||||{{...,.})}}}})))))..)))..)))))))}.((((({...((((({....})))))((,.((((((((.(..(((((((.(((((((.({{...,}}..),})))))..)).)))))..)))))))))..}).............,{{{{((({{{...|,|..}})))},...{|||.},,.,,,||}},,)||||{..((((..((((((..(((((((....((((..(((((((.(((.......))))))))))))))..)))))))....))))))..)))).,}}},............{(((((.{(((...)))).))))))....(((((((.((((((..(((((((..(((((((({.{({{{....{{.....|}...,))},}).)))))))))..............}))))))..))))))..))))))}.,..}))))).(((((((.....)))))))))))))))).....)))))).)))))..)))),,}},)))).}}}})))).)))}}))))).}}}}}}.})})}}....((((({....})))))((((((({(.(((.{{.,.((({...}}}).),}}...))).))))))))....)))))...)))).)))))))}}},............,,,,..((((((((......)))))))).....))))))))))......{.(((((.......))))).}.))))))))))).)))).))))),.....}.)))..))))))))..))))||,}{(((((.((((.(((((.....)))))..)))).))))))...,,,,}}},...,}))})))),))})..}))))}}}},.,................,,))))}......................
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| ACAGAGCCGCGGCACCAUGGCACCUGCUGGACGCCCGGGGGCCAAGAAG… | 2411 nt | 0.4712 | |
| ACAGAGCCGCGGCACCAUGGCACCUGCUGGACGCCCGGGGGCCAAGAAG… | 2603 nt | 0.4695 |
Summary
Homocysteine is a sulfur-containing amino acid that plays a crucial role in methylation reactions. Transfer of the methyl group from betaine to homocysteine creates methionine, which donates the methyl group to methylate DNA, proteins, lipids, and other intracellular metabolites. The protein encoded by this gene is one of two methyl transferases that can catalyze the transfer of the methyl group from betaine to homocysteine. Anomalies in homocysteine metabolism have been implicated in disorders ranging from vascular disease to neural tube birth defects such as spina bifida. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2010]
Forensic Context
A study in humans demonstrated that the BHMT2 gene was downregulated in subcutaneous adipose tissue during both short-term (0-5 months) and long-term (0-12 months) weight loss interventions in obese participants, and this downregulation was associated with lipid metabolism [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].