Basic Information

Symbol
TNFSF4
RNA class
mRNA
Alias
TNF Superfamily Member 4 OX-40L CD252 TXGP1 Gp34 Tumor Necrosis Factor Ligand Superfamily Member 4 Glycoprotein Gp34 Tax-Transcriptionally Activated Glycoprotein 1 (34kD) Tax-Transcriptionally Activated Glycoprotein 1, 34kD Tumor Necrosis Factor (Ligand) Superfamily, Member 4 Tumor Necrosis Factor (Ligand) Superfamily Member 4 TAX Transcriptionally-Activated Glycoprotein 1 Tumor Necrosis Factor Superfamily Member 4 Tumor Necrosis Factor Ligand 2B OX40 Antigen Ligand CD252 Antigen CD134 Ligand OX40 Ligand CD134L TNLG2B OX4OL OX40L
Location (GRCh38)
1:173162645-173477583
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003326.5
Sequence length
3492.0 nt
GC content
0.3986

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-973.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1039.78 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 863.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001297562.2 NCBI
AAGGCUAACUGAUUGCACAACGGCUCUGAGCAGGAGAGAGCAAAAGGUG… 3406 nt 0.3964
NM_003326.5 NCBI
CAAUCGCCUUUUAUCUCUGGCCCUGGGACCUUUGCCUAUUUUCUGAUUG… 3492 nt 0.3986
Summary

This gene encodes a cytokine of the tumor necrosis factor (TNF) ligand family. The encoded protein functions in T cell antigen-presenting cell (APC) interactions and mediates adhesion of activated T cells to endothelial cells. Polymorphisms in this gene have been associated with Sjogren's syndrome and systemic lupus erythematosus. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

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