Basic Information

Symbol
TNRC6A
RNA class
mRNA
Alias
Trinucleotide Repeat Containing Adaptor 6A CAGH26 KIAA1460 GW182 TNRC6 Trinucleotide Repeat-Containing Gene 6A Protein Glycine-Tryptophan Protein Of 182 KDa Trinucleotide Repeat Containing 6A EMSY Interactor Protein CAG Repeat Protein 26 GW182 Autoantigen Trinucleotide Repeat Containing 6 CTD-2540M10.1 Protein GW1 FAME6 EDIE GW1
Location (GRCh38)
16:24610209-24827632
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014494.4
Sequence length
8491.0 nt
GC content
0.4627

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2573.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2730.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2219.78
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330520.3 NCBI
ACUUCCGGUCUGGGGCCUGCGGCGGCGGCGGUGUCGGCGGCGGCGGCGG… 8344 nt 0.4627
NM_001351850.2 NCBI
AUCAUGUGAUGGCUCCGGUGAUGUUGGAGGCGGCAUGUGACUCCCAGGG… 8506 nt 0.4618
NM_014494.4 NCBI
ACUUCCGGUCUGGGGCCUGCGGCGGCGGCGGUGUCGGCGGCGGCGGCGG… 8491 nt 0.4627
Summary

This gene encodes a member of the trinucleotide repeat containing 6 protein family. The protein functions in post-transcriptional gene silencing through the RNA interference (RNAi) and microRNA pathways. The protein associates with messenger RNAs and Argonaute proteins in cytoplasmic bodies known as GW-bodies or P-bodies. Inhibiting expression of this gene delocalizes other GW-body proteins and impairs RNAi and microRNA-induced gene silencing. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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