Basic Information

Symbol
TNS1
RNA class
mRNA
Alias
Tensin 1 PPP1R155 TNS Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 155 Matrix-Remodelling Associated 6 DKFZp586K0617 Tensin-1 MXRA6 Matrix-Remodelling-Associated Protein 6 EC 3.1.3.- MSTP091 MSTP122 MSTP127 Tensin MST091 MST122 MST127
Location (GRCh38)
2:217799588-218033982
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001387777.1
Sequence length
10311.0 nt
GC content
0.5690

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4022.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4198.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3310.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001308022.2 NCBI
GUGGCUGCCCCCUGCGUUCCUCCAUCCAACCAUGAGCUGGUGCCCAUCA… 10023 nt 0.5674
NM_001308023.2 NCBI
AGUUGCUCCCAGCAGUGGCCCUGGGACCAGCUCUGCUCCUUGCACCCCG… 10208 nt 0.5692
NM_001387777.1 NCBI
AGAUGCUGGCGGAGCCGGAGCAGCCGCGGACUCAGAGAGCCCUUCUGCC… 10311 nt 0.5690
NM_022648.7 NCBI
AGUUGCUCCCAGCAGUGGCCCUGGGACCAGCUCUGCUCCUUGCACCCCG… 10271 nt 0.5691
Summary

The protein encoded by this gene localizes to focal adhesions, regions of the plasma membrane where the cell attaches to the extracellular matrix. This protein crosslinks actin filaments and contains a Src homology 2 (SH2) domain, which is often found in molecules involved in signal transduction. This protein is a substrate of calpain II. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Apr 2015]

Forensic Context

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