Basic Information

Symbol
TOX2
RNA class
mRNA
Alias
TOX High Mobility Group Box Family Member 2 GCX-1 DJ1108D11.2 C20orf100 Granulosa Cell HMG Box 1 GCX1 Chromosome 20 Open Reading Frame 100 Granulosa Cell HMG Box Protein 1 DJ495O3.1
Location (GRCh38)
20:43914844-44069616
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001098797.2
Sequence length
2491.0 nt
GC content
0.6030

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-907.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -948.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001098796.2 NCBI
ACUCGGAGCCCGGAUUGAACAGCGCGCGUGGGUUUCCCGCAGCCCUGGC… 2431 nt 0.5944
NM_001098797.2 NCBI
ACUGCCCGCGGGAGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGCCCGCCAUGGACGUC… 2491 nt 0.6030
NM_001098798.2 NCBI
CUCUUUCUCUGCUGAUUAUGCAGCAGACUCGCACAGAGGCUGUCGCGGG… 2414 nt 0.5899
NM_032883.3 NCBI
ACUCGGAGCCCGGAUUGAACAGCGCGCGUGGGUUUCCCGCAGCCCUGGC… 2556 nt 0.5861
Summary

Enables transcription coactivator activity. Involved in positive regulation of transcription by RNA polymerase II. Located in nucleoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in zebrafish and mice demonstrated that the TOX2 transcript, a transcription factor involved in immunity, exhibited a significant increase in relative abundance beginning at 12 hours postmortem, reaching its maximum level at 24 hours in zebrafish [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].