Basic Information

Symbol
TP53INP2
RNA class
mRNA
Alias
Tumor Protein P53 Inducible Nuclear Protein 2 PINH DOR DJ1181N3.1 C20orf110 Tumor Protein P53-Inducible Nuclear Protein 2 P53-Inducible Protein U DKFZp434B2411 DKFZp434O0827 FLJ21759 FLJ23500 PIG-U Chromosome 20 Open Reading Frame 110 Diabetes And Obesity-Regulated Gene Diabetes And Obesity Regulated Diabetes And Obesity-Regulated PIGU
Location (GRCh38)
20:34701662-34713439
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021202.3
Sequence length
4127.0 nt
GC content
0.5605

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1483.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1554.65 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1210.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...........((((...))))(((((..((((((..(((((...(((((...)))))......(((........)))..(((((.((((...((((((((.((((.((...)).))))..))))).........)))..)))).))))).....((((.......))))......(((((((((.(((.((.(((.((((((((((((.((.(((.((.((((.((((...(((((((.(((((...........(((((.(((((....(((....((.((((((((.....((((....)))).......((((((((...................))))))))((((((((((((....((........)).....))))....(((..((......))..))).((((((((((((((...((..((((.((.(((....))))).))))..))((...((((((((..........))))))))....))...(((((((........)))))))........((((((((...(((((..((((.((((((..(((........))).)))))).(((((..(((......)))..)))))..(((....)))((((....))))....))))..))))).))))))))..))))..(((((((((....))))).((((..(((.......))).))))..((.(((((((..(((....)))((((((((...((..((((((.(((..((((((.((((((.((((((.....))).))).))))........))))))))(((((.(((((((((((((((((.((((((((((((...((((((.(((..((((((.....))).)))((((.(((((.....)))))..))))....))).))))))...))))).)))))))))))).............))))..))).))))).))))).))).))))))..)).))))).)))....)))))))))...........))))..((((((....)))))))))))))))).....))))))))....)))))))).)))))...))).)).)))))((((.((((.(((((((((((((.(((..((((((.((.((...((((...((((((((((((((((((....))))..................(((......)))..((((..........)))).......((((((.(((((((((..........(((...)))........(((((((((....(((((.((((((((((((((((((((((((((((((...((((((((.....((((........))))..............................(((((...((........))...))))).........(((((..((((((((.........(((....((((((((....))))))))..)))(((((((..(((..(((((...)))))..))).)))))))((.......)).....))))))))..)))))....))))))))...................)))))))(((((((....))).)))).))))).)))..)))............))))))))).)))..)))))..))))))))).)))))))))...))))))...)))))))...)))))))...))))..))...))...)))))).((((((.((((((((((..((....((((..(((...)))..)))).....)).....))))))))))((((((..((.(((.(((((..((((.(((.....(((.....(((((((((((.((((((((((.((((...((((.(((((((((((((....(((((..................))))).((((((((.((((..........))))...)))))...))).))))))))))..)))))))((((((.((((((((..((((((((...((((((((..((((......))))...(((((((.((......))))))))).((.....)).(((((((....)))))))(((((((....)))))))...))))))))..)))))))).......(((((((((((.((.(((....))).)).))))))))).))...((((.......))))...))))))...))))))))..)))))))))))))).))))))).............((((((.((((..((((((((((.((((((((((((((((((..(((.................))).)))))).))))))...))))))))))))))....))...)))).)))))).((((((((...((((.....)))))))))))).))))..)))..)))...))))..))))).)))))..))))))..(((((.((........)).))))).....((((...((...((((.....((.(((....))).))....)))).))...))))......((.((((((....))))))))..((((((.........(((((((((((((....((((...))))..)))))))))....))))........)))))).....))))))(((((((.(((.(((........)))..))).))))))).))))))))))))))))..))))))))))))).)))))))))))))))..)).)))..)).))))))((((......))))........................((((....((......))..))))...)))))).))).)).))).(((...)))..........(((((.....)))))......((((..((((((((..(((((((.((((((((.(((((..((((((((...((((((..........))))))...........(((..((.((............)).))..))).)))))))).....))))).)))))))).).......)))))).))))))))..))))(((((((((...((((............))))...)))...)))))).(((((((.((....))..))))))).)))))))))....)))))))))))..)))))...((((((((((..(((((((((((....((((((((..(((.(((((((..............((((.((((....((((((((.....((((((((((((((((((((((((((((((..((....((((........)))).......(((.....))).....))))))))))))).............(((..((((((.......(((((((..((.(((((........)).)))))(((((((((((((..(.((((((.(((((((((((((((((......))))))).....))))))))((..((((((......))))))..))(((...)))...........(((((((((.......((((((.(...((((((........))))))...).))))))..(((.....))).).))))))))...((((((......))))))......(((((..((((.....)))).((((((......((((...((.((((.....(((((....)))))..)))))).))))..(((....)))(((((...)))))(((((((........))))).)))))))).((((((.(((((((.(((((..........))))).).))))))..))).)))))))))).))))))...)..))))))))))))).....)))))))...............(((((....)))))...))))))..)))((.(((....)))))......))).)))))))).......))))))))............(((((((.((((((((..(((........)))...)))))).)))))))))...)))).)).)).....)))).))))))))))).)))..))))))))...)))))))))))..........))))))))))...(((((......)))))...))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((...........((((...||}}(((((..(({(((,,({({{.,,(((({...))})},||..,|||}||,,,,{|||..(((((.((((..,((,(((((.((((.((...)).))))..))))).........,},..)))).))))).....{(({.......))))..,.,|(((((({(({({({(...,{,|||,{,((({{(.((,(({.{{,..{({((..({{(((.{(({(((({,..,,{{.((((.....)))).))))))}}...{((((((....,(....({,.{((((((,{{,.{.((((((((..,,..........},...)))))))).}..(((({{(({{(((({,,,,,,{{{....,||||...,{{..,{{....|||,||}}|{(((((,(((((,.,.((((..((((.((.(((....))))).))))..)},}}.,((((((,(,,,,{{{{..(((({,,.....)))))(((((((........))))))).,,,,,,.((((((((...(((((..((((.((((((..(((........))).)))))).(((((..(((......)))..)))))..(((....)))((((....))))....))))..))))).))))))))..{{{{,.,((((({{(,...||}|}.((((..(((.......))).))))..|{,|{{||{{,,|||,,,,)}){{{{{{{|,,.{|,,|{{{{{.(((,,((((({{((((((.((((((.....))).))).))))........))))))))||{||,||||||||||||(((((.((((((((((((...((((((.(((..((((((.....))).)))((((.(((((.....)))))..))))....))).))))))...))))).))))))))))))..........,,,||}|,.}}}.}}}||,|||}}.|||,||||}}..}},)))}),))},,..)))}}}}}}..,.......,}}}|..((((({....|||||}.,,.,||||}...))))),})),,,{,,,.......,,,,....,|||||||||||||||}|,.}}}}}}}}}}))})))))}},|||....{({.({((((((({.,..,{..(((((((((({....,})}.................,((,........},,((((..........}}}}.......{(((((.(((((((((..........{((...}|,..,.....(((((((((....(((((.(((((((((((({({((((((((({{{{({...(((({(((...,,((((.,,,,{,.}}||.....,{{{{{{{.................{(({,..,||........||||.||.||,,,.......,,{{,.,,,,,,,..........,,|},,.,{|{{|||....)))))))}{{{||((((({(..(((.,(((((...))))).|)}),}}}})))||.......||,,,..,},,})))}}))))),...}}}}}}))...{{,,........,...,))))))||{,{,,.,.,)))}))}},))))),)),.}))}.,},...,,,,.))))))))).)))..)))))..))))))))).)))))))))...))))))...)))))))..,)))))))))).))).,}}.,.,},,,))}))))))}})}.|||{||||||..,{..,,|{|{|.|{,..,})).,))}),,,}|)),....,}}}}}|}||((((((..(|{(((.(((((..((((.{{{..{{,,{{,,,.....{(((((((.(((((((({{{((((...((({,(((((((((((((,...(((((................).))))).|{{(((({.((((..........))))...}}}}},...)}.)))))))))}..))))))){(((({{((((((({..((((((((...((((((((..{(((......)))}.,,(((((((.({......)})))))),.{{....,)).|((((((....))))))|(((((((....)))))))}..))))))))..)))))))).......,{(((((((((.({.(((....))).}).))))))))).}}...(({{.......)})}...})))))...)))))))}..)))))))))))))).)))))))...........,,((((((,((((..{{((((({{{(((((((((((((((((((..(((.................))).)))))).))))))...)))))))))))))).,,,)....}}))})))))).||(((((|.,{({{{.....}))))))))))}})))).)))}..)}}...))))..))))).)))))..)))))}..,|||,}||}}}},|,,))....}}...}}}}}}}..,,..,((((.....((.(((....))).)}....)))).},,,,}.))}}})..))}||{{{{....}}))}|||,,.{{{{{.,,{{.{{{{{||((((({(((.,..{{{{,..}}})},)))))))),....,,,{{{{{{|,..|||||{{..,,,,,,}}|||||(((..((((((({((((...{{....))))))),))})))).))))|{|||(,,,||}}}}))))))|||||}|||||..||||,.|||{{},,||||||{(((......)))}........................((({....((......))..))))...,})))}}}},,}),}},.,|||}}|,)}},,,,,,,.(((((.....))))).,,...((((..((((((((..(((((({.((((((((.(((((..((((((((...((((((........}.))))))...........(((..((.((............)).))..))).)))))))).....))))).)))))))).}.......)))))).))))))))..)))){((((((((...((((............))))...)))...)))))}.|{|||||}||....)}..}}}}))),}))))))},,,...)))))))))).,))))),,,(({(((({{,..(((((((((((....((((((((..(((.(((((((.....,{{{.{,{,(({{..,||........{(((,{{.{((((((((((((((((,(,((((((((({{..{{....(({(.,,.,,..}))).}.}},.|||.....}},..,),)}))))))))))).............{(({{(((,,{.......(((((({..{{|({,,,....,.,.,}.,,,..{((((((((((((..{.((((((.{{((((((({(((((({...,.,|}}}))|,,,..}}}}}},,{(,,((((((......)))))).,}}{{{..,||,...,|,}|,|,{{(((({{{,,,,...|||||{}}},}((((((........))))))...},}}}}}}..{((.....}}|{|,||||||||,..((((((......))))))....|,(((((..((((.....)))).((((((..,...((((...((.((((.....(((((....)))))..})))}).)))).,||,....,}.(((({...))))),|(((((........))))).}}}}}}|}.((((((.(((((((.(((((.........,))))).}.))))))..))).)))}})))...))))))...,..))))))))))))),....}))))))..{{...||......(((((....)))))...,,,}},,.)}}|{.(({....))),))}}}}})}).)))))))).......)))))))}.,||.,,,|.|.(((((({{((((((({.,(((........)))...)))))).))))))))),,,},)},.))})}}.}})})},)}}}))))))).)))..))))))))...))))))))))).....,..,,)}}}}},,,....,{{{{......},}}}...))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001329429.2 NCBI
GCACAGACUCAAAGCCCCGCGGGCGAGCUCAGCAGCCCGGAGCGACCGC… 4109 nt 0.5610
NM_001329430.2 NCBI
GCACAGACUCAAAGCCCCGCGGGCGAGCUCAGCAGCCCGGAGCGACCGC… 4010 nt 0.5623
NM_001329431.2 NCBI
AGGCUCGGGUCGCUUGUCCUCCCGUGACCCGGUAGCCGCUGUGUCGGGG… 4018 nt 0.5533
NM_021202.3 NCBI
GCACAGACUCAAAGCCCCGCGGGCGAGCUCAGCAGCCCGGAGCGACCGC… 4127 nt 0.5605
Summary

The protein encoded by this gene promotes autophagy and is essential for proper autophagosome formation and processing. In addition, the encoded protein can enhance rDNA transcription by helping in the assembly of the POLR1/RNA polymerase I preinitiation complex. Finally, this protein serves as a transcriptional activator for some genes. [provided by RefSeq, Jul 2016]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.