Basic Information

Symbol
TPP2
RNA class
mRNA
Alias
Tripeptidyl Peptidase 2 TPPII Tripeptidyl Aminopeptidase Tripeptidyl-Peptidase II Tripeptidyl-Peptidase 2 EC 3.4.14.10 TPP-II TPP-2 Tripeptidyl Peptidase II IMD78
Location (GRCh38)
13:102596958-102679958
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001330588.2
Sequence length
5484.0 nt
GC content
0.3977

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1443.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1544.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1198.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.(((((((((((((((((((((((((((.(((((.....(.(((((.((.....(((((((.((((.(.(((.......(((.(((((((((........))))))))))))((((((.....(((((........)))))......))))))))).).)))))))))))))))))).)))))).)).(((((.....)))))....(((.......))).(((....)))......((((.((((...)))))))))))))))))))).......)))))))..(((((((...(((((((((((((((((.((.((((..((((((((((((((....(((..(((((((((((......(((((((.....(((((..(.(((.....))).)))))).((((.((((..........)))).))))............(.((((......((((((((...)))).)))).....)))).)....))))).))......((((((....((((((.(((.((.((((((((((((.............((((((.((......((..((((...(((.(((((...((((((...))))))....))))))))))))..)).......)).))))))..(((((..((((...(((.((((((((..(((((....)))))....((((...((((((...((.........))...))).))).....)))).......)))))))).)))...))))..))))).......(((((((..........))))))).....(((((((((((....))))))).)))).((((.....))))((((((...))))))(((((.....)))))........((((((((...(((..((((((((((........(((((((.....(((((........))))).....))))))).((((....)))).....((..((((((....))))))..))(((((......)))))((((((((((((.(((((((((....(((...((((((((...))))))))...)))...........((((((.(((((((((......)))))))))..))))))........((((((((((((((.(((.(((((..(((....))).....))))).))))))))))).))).)))..))))))))))))).)).))))))((((.(((((((...(((.(......((((....(((...((((.((((((....)))))).)))).)))))))..))))...))))))))))).))))))))))..))).....))))))))............))))))).....))))).))..)))))))))....)))))).....(((((((((((((.(((((((((.....))))).(((((((((.................))))..)))))((((((((((....(((.((((((..((((((((((...........((((((......((((..((((((((..(((((.....))))))))).))))..)))).)))))).(((((((((........((((.....((((((.((((....)))).))))))...))))....((((.((...(((((....))))).))))))(((((...((((((((((((((((((.(((((...........)))))...))))))......((((......)))).(((........)))....))))))))))))...)))))(((((((((.((((...(((((............)))))(((((((..((((((((.....))).....(((.((((....)))))))(((((...)))))..)))))......)))))))..)))))))))))))...((((.......))))....)))))))))(((((......))))).)))))))))).......(((((((..((..((...((((..(((.(((((...))))).)))..))))...))..))..))))))).)))))).)))..)))))))))).......)))).))...))))))))))))))))))))))))).....)))).(((.(((........))).)))((((.((((((.(((....))).))))))..))))...))))))))))....)))).))...((((.......))))..(((((......))))))))))).((((((((((..((((((.......(((((((((((.(..(((((..((((.....))))...)))))..).))).)))))))).......(((((...(((((......)))))...))))).(((...((((((((......))....(((((((.((.....)).)))))))((((((((((.((((((((((.......))))..)))))).......((((((..........)))))).....(((((((..((((.(((....((((((((..(((........))).)))))).)))))))))...)))))))....((((((((..(((.((.((((((((.(((((..((((....((((((.((((((...((((...))))..)).)))).)...)))))....))))..))))).)))).)))).)).).)).))))))))..(((((.(((.((((((..(((((.(.((...)).).))))).)))))))))))))).((.(((((((..........))))))).))((((...))))..)))))))))).))))))...))))))))).....))))))))))................))))))))))))))))))(((((((((..........((....))((((((((((((..........(((((.(((((..(.((((...((((((..((((.........)))).))))))...))))...)..)))))..........((.((((...(((((((((((........................((((((((((((.((.(((((((..(((...((.(((((.((((((...............((((......((((.((((.((..((((..(((((.(((((((.....(((((...)))))..)))))))...)))))..))))......)).))))...))))))))......(((((((((((((((.((((((((....(((...............))).......((((((...))))))..((((((...(((.....)))...)))))).(((..((((((..((((((..(((.((..(((((.((((((((((.....((((..(((((.((((((..........)))).(((((.((.....)).)).)))...((((.(((....)))))))..(((((((.......(((((......))))).(((((.(((...)))..))))).)))))))(((((((.((((((((((.(((((...............)))))....))))).)))))..)))))))(((......))).)).)))))...))))....))))))))..........)).)))))..)).)))....)))))).))))))..)))........(((............))).......)))))))).))))))))))...(((......)))..))))))))))).)))))..))...)))..))).(((((((.....(((((...((.(((((...))))).))((((((((..............)))))))))))))....)))))))........)))))).)))))))))))).(((((((((.......(((....)))....((((..(((((..((((.((...((((((.........(((((((......)))))))..........)))))).))))))..)))))..)))).(((.....(((((((((((((.....)))))..))))))))...))).....((((((.....))))))..))))))))).((((((((((((((....)))))).....))))))))((((((........))))))...))))))))))).....)))).))...((.(((((.((((((((.((.(((.((((.......((((((.......))))))........(((((((((((((..((((((((....(((((((((((....................)))))).)))))...............(((((...(((((((.(((.......(((((((......(((((((....))))))).............(((((((((((..(((((.(((((((.(((((..((.((.((((((...........)))))).)).))....))))).))))).(((....)))...........(((.(((((((..((..(((.((.((((((.(((........)))))))))...)).)))..))..))))))).)))(((((((..((((((.((((((((((((..(((((((.((((.(((((.((.(((..((((.(((.((((......)))).))).).))).))).)).))))).)))).))))))).....))))..........................(((((((((.((((.............((((....(((..((((........))))..))))))).............)))).)))))))))))))))))..(((((((((((((((((.(((((((....((.(((.........)))))........))))......))).)))))))))...)))))))).(((((.((.........))...)))))))))))...)))))))...((((((......)))))).....)))))))..))))))).)))).........)))))))....))).))))))).....((((((.((((.((((.(((((((.....)))))))((((((((.(((....(((......(((.((((((......))))))))).....))).....)))..))))))))...)))).))))..)))))).......((((..........))))))))).))))).))).))))))))))))).....(((.((((.(((............)))))))))).........))))..))))).))))))))..))))).))..)))))........))))))))))))...)))))))))((((.(((.....)))....))))..((((((.........)))))).)).)))))))(((((((.(((((......))))).))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((.(((((((((((((((((((((((((((.((,{{..{{{(.(((((.((.....(((((((.((((.(.(((.......{((.(((((((((........)))))))))))}((((((...,.(((((........)))))...},.))))))))).).)))))))))))))))))).)))))).)),(((((,...,))))),,,.(((.......))),||{....}},......((((.((((...))))))))}))))))))))).......)))))))..(((((((...(((((((((((((((({,((,((({.{({((((((((((,,.,,.(((..(((((((((((.....(((((((..(((((((((((({(((.....,,{{(({,{,{((((.,,{{,,(((((((...(({(((...((((.....{....,.......))))....))).)))...))))}.})}|||.||}}}(((((.....)))))...,...,{,,{,,(((......))){(((({{{{{,,,....,{{.....,{{({,.,||}|,..||,,,,,{{{,{||||...|||{{|}}}))))),{{{{||}|,,,,,,}},|}}}}}.{(.(((({.,..,,.(((((((.(.(((.((((((((((((((((((((((..{((({({{((((((((((((({,{({.{.((((({....,|,.|,..,.,{{{,,,,..,,.((((((((((((.((((......))))......(((((((..........))))))).....{((((((((((....))))))))}|||,((((.....)))){||||{...|||||}(((((.....))))).((,,((((((.(((.(((((((.((((((((((........{((((((.....(((((........))))).....))))))}.((((....)))).{{{{(({{((((((....,,,,},.}))|||||}....}))))){((((((({(((.(((((((((...,(((..,((((((((...))))))))...})}...........((((((.(((((((((......)))))))))..))))))....,,,.{{{((({(((((((.(((.(((((.((((....))}.}...))))).)))))))))))}))).))}..)))))))))}))}.)).)))))}((({,(((((((...{{(.{......((((....(((...((((.((((({....}))))).)))).)))))))..})))...))))))))))),)))))))))){,{{,,,,|||},{((((({..{.|,...,.}.,))))}}},}}}.||||..,,,..}})).||{|{{|||,.,,..,..,}.))))))}}))))))}.))).)))))))))...}}}}........,{{{{....)))},,....)))))))))))).,,,,...{,,,{{,{{|,{|||||,}}}}}}.}.}},}}}})})}},|(((..((((((({..(((((.....))))))))).))))..)))}.{{{{{{{(((..(((({{{.....((((.....((((((.((((....)))).))))))...))))(((.((({,((...(((((....))))).)))))).|||,}}}||||,|||,,,|}}}}}}.{((((....,,,....}))))........},,,.,,||||}}}},.,)),.||{.|||........,}})))))))),)))},.}}})}})}}...}}}})))))))))))),((({(........))))|{,,,..,,((((((.......{{,.,{(,.((({(,..,}|,},,,{||,|,,,)}}))}.)))}).....,))))))))))))))).)))).)))).))).,},,,)))))},...,....,{.{{{({......})))),}}}}}|}}....}|||.(((((((..((..({...(({(..{{|.{{{{,...})))).)))..)))),..})..)).,)))}))).)))))))...)))))..))))))).,,..(({..{..,,,.,,}},})).)))))))))))}},,,...||||.{,{.(((........))).,},,||||{{{(((|(||....))),)))))}..}}}}...{{{{{(((,,........))))))||,,..,,,,,}}}},||{|||...}}}))))))))))).((((((((((..((({({.......(((((((((((.{..(((((..((((.....))))...)))))..}.))).)))))))}.......(((((,{,(((({......})))}...))))).{{{.,,((((({|,......}}....(((((((.((.....)).)))))))((((((((((,(.......((((({{({{{,|,{{}|||}.......|{||||..,.......},))))}})}}(((((((..((((.((,...{((((((((..{((........))).)))))).)))))))))...))))))),,,,((((((((,,{{,.,,,|||{{{{{.(((((..((((....((((({.((((((.,.((((...)))),.)).)))).},..}))))....)))).,)))),.}}}}.,}}}.,},}.},.))))))),..(((((.(((.((((((..(((((.(.{,...,).).))))).)))))))))))))).((.(((((((..........))))))).))((({...}))).})))))))))).)))))).,.}),}))))).,...))))))))))................))))))))))))))))))(((((((((.,,,,.....((,...))|(((((((((((.{,.,,....(((((.(((((..,.((((...((((((..((((.........)))).))))))...))))...,..)))))..........((.((((((.(((((((((((.........,,,,,,,,.......((((((((((((.({,((({(((..(((...((.(((((.((((((,.{(((({,......,{.((({...,||}}.||...|,,||||..{,{{({({((({(.....,{{((,,.}}}||..},||||,...},}})},}}}}.,,..,}},...,..))})})})},.....{((((((((((((((.((((((((.....,,...............,,,.......{(((((...)))))}..((((((...(((.....)))...)))))).{{,,,((((((..((((((..(((.((..(((((.((((((((((.....{{{,..(((((.{,{(((..........}))}.{,{{{{{{....{||.||.}))...((((.(((....)))}))).,(((((((.......(((((......))))).{((((.(((...)))..))))},)))))))|((((((.((((((((((.(((((............,,.))))}....))))).)))))..))))))},,{......}}}.}).)))))...}}},....))))))))..........)).)))))..)).)))....)))))).)))))),{|||........|||.,,.........}}}.......)))))))).))))))))))...{((......)))..))))))))))).)))))..))...)))..))).{(({{,,.{{{{,(((({,.((.(((({...})))).))((((((((...,,.....,...)))))))).))))}}.})))}}},........)))))).)))))))))))).(((((((((.......,,,,,,.||,..,}|{{(..{{{{{,,(((|.||...((((((.........(((((((......)))))))..........)))))).,,}}}},,))}}}..})))|{{{.....(((((((((((((.....)))))..))))))))...})).....{{||||,,,..}}}}}}..))))))))).,,,|||{{{||{{|,,,.}}}}}},....,}}}}|((((((((........))))))))})))))))))))..},.)))).))...((.(((((.((((((((.((.(((.((((.......((((((.......))))))....,,.{(((((((((((((..((((((((....(((((((((((....................)))))).)))))...............((((,...(((((((.(((.......(((((((.{{((,(((((((....))))))}.............,{(((((((((..(((({,(,(((({.(({({..((.{{,((({{(,,,.....,,,)))})}.,,.}}...,|||||,}}|}|{{((...{|{{.{(({{.....(((.(((((((..{{..(((.((.{{{{|{{{{{........}}}}}|}}}...)).)))..,,..))))))).)))||||{{{,,|{{{{{.((((((((((((..(((((((.((((.(((((.,,..||..|{(({((,,((((.{{,..},,,.)}},),,)),)),.)),))))).)))).))))))).....))))..........................(((((((((.(((({((.,..,,....{{,{,...{||,.||{{...,,,,,,}||,.|||}}}}.,,,.,}},.))}))}).)))))))))))))))))..{{{{{{{{{{{({{{{{.{{{||||,.,.||}|||,|.......,})}}........,},,......})).}}}}}}}}}|..|}}})))}.(((({.{{.........))...)))))))))))...))))))}...{{{{{{......)))))).,},})})))))..))))))).))))}},......)))))))....))).)))))))...,,,(((((.((((.((((.(((((((.....)))))))((((((((.(((.,..(((......(((.((((((......))))))))).....))).....)))..))))))))...)))).,,))}})))))),.....,((((..........))))))))).))))).))).)))))))))))))}....(((.((((.(((............)))))))))).........))))..))))).))))))))..))))).))..)))))..,,....)))))))))))),},))))))))){{{{.(((.....)))....}}}}..((((((.........)))))).)).)))))))(((((((.(((((......))))).))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330588.2 NCBI
AGUCCGCGCGCAGCCUGGCAGUUUGCCGCUUCCUCGUCCUCCAUCCUGC… 5484 nt 0.3977
NM_001367947.1 NCBI
AGUCCGCGCGCAGCCUGGCAGUUUGCCGCUUCCUCGUCCUCCAUCCUGC… 5571 nt 0.4015
NM_003291.4 NCBI
AGUCCGCGCGCAGCCUGGCAGUUUGCCGCUUCCUCGUCCUCCAUCCUGC… 5445 nt 0.3976
Summary

This gene encodes a mammalian peptidase that, at neutral pH, removes tripeptides from the N terminus of longer peptides. The protein has a specialized function that is essential for some MHC class I antigen presentation. The protein is a high molecular mass serine exopeptidase; the amino acid sequence surrounding the serine residue at the active site is similar to the peptidases of the subtilisin class rather than the trypsin class. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.