Basic Information

Symbol
TPT1
RNA class
mRNA
Alias
Tumor Protein, Translationally-Controlled 1 Fortilin TCTP Translationally-Controlled Tumor Protein Histamine-Releasing Factor HRF P23 P02
Location (GRCh38)
13:45333471-45341284
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003295.4
Sequence length
4548.0 nt
GC content
0.4369

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1486 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1561.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1018.35
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001286272.2 NCBI
CUUUUCCGCCCGCUCCCCCCUCCCCCCGAGCGCCGCUCCGGCUGCACCG… 4713 nt 0.4348
NM_001286273.2 NCBI
CUUUUCCGCCCGCUCCCCCCUCCCCCCGAGCGCCGCUCCGGCUGCACCG… 4474 nt 0.4345
NM_003295.4 NCBI
CUUUUCCGCCCGCUCCCCCCUCCCCCCGAGCGCCGCUCCGGCUGCACCG… 4548 nt 0.4369
Summary

This gene encodes a protein that is a regulator of cellular growth and proliferation. Its mRNA is highly structured and contains an oligopyrimidine tract (5'-TOP) in its 5' untranslated region that functions to repress its translation under quiescent conditions. The encoded protein is involved in a variety of cellular pathways, including apoptosis, protein synthesis and cell division. It binds to and stabilizes microtubules, and removal of this protein through phosphorylation is required for progression through mitotic and meiotic cell divisions. This gene is known to play a role in carcinogenesis, and is upregulated in some cancer cells. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Aug 2017] CIViC Summary for TPT1 Gene

Forensic Context

A study in human postmortem cardiac tissue demonstrated that tumor protein translationally controlled 1 (TPT1) was validated as an endogenous reference gene with medium postmortem stability (M value of 0.755) for mRNA normalization in quantitative PCR analyses of myocardial infarction samples [Wilmes et al. DOI:10.1007/S00414-019-02051-Y][Wilmes et al. DOI:10.1007/S00414-020-02311-2].