Basic Information

Symbol
TRAM1
RNA class
mRNA
Alias
Translocation Associated Membrane Protein 1 TRAM TRAMP Translocating Chain-Associated Membrane Protein 1 Translocating Chain-Associating Membrane Protein Translocation-Associating Membrane Protein 1 Protein TRAM1 PNAS8
Location (GRCh38)
8:70573218-70608449
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014294.6
Sequence length
3056.0 nt
GC content
0.3678

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-777.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -836.37 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 614.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((.(((((....(((.((((((.................((..(((((((.((.((.((...((.((((.(((.............))))))).))..)).)).)).)))))))..)))))))).)))....))))).)))))))..(((((((.((((((((((((.....(((((.(..(.(((((....))))).).).)))))..((((((.....((..((((((((.((.(((((((.(((.(..((.((........((((.((........))))))((((((........))))))))))..))))..))))))).)).....((((..(((....)))..)))).....(((.(((....))))))((((..((((((.((((.((((((((((((....(((((..(((((((........((((((((.((.(((((.((((((((............)).)))))).).)))).)).))))))))((((((.(.....).)))))).......(((((((((((((((.(((((...((((((.......))))..))....)))..))...))))))))).........))))))....))))))))))))........(((((..........)))))..........((((((.((......))))))))((((((((((.((((((..((((((.............((((((....))))))...((.(((((..(((......)))..))))).)).....(((....))).....((((.(((.......(((....)))......)))..))))))))))....))))))..))..))))).))).)))))))))))).))))(((......)))(((((.....(((((((((....(((((..........((((((.((((..(((((..((.(((((((...((((((......)))))).)))))))))))))))))).....((((((((((((...((((((((....((((....)))).......))))))))...))))))))))))((......))......(((((((((....)))))))))..)).))))......)))))......))))))))))))))...((((((......)))))))))))).))))..))))))))..))....))))))..(((.(((((((..(((.(((.(((..((((((.....((((((..((((((.((...((((.(((.(((..((((((((((((((((.(((....(((......((((....))))..((((.(((((.....))))).))))...)))....)))..))))))....................((((((.(((((((((.................(((((((((((....(((...((........)).))).....)))))))))))(((((((.(((.(((((......)))))...........(((((((...)))))))))).))))))).........(((((((................(((((........)))))(((((((((....)))))))))......(((((((((((((((...((.((.(((((....(((.(((((...............))))))))(((((((.........))))))).........(((((((....))))))).((((((((...(((((((........)))))))...)))))))))))))..)).))....))))))))))))))).....((((((((......(((((...))))).(((((..((((((.(((.((.((((((((((((((..(.((((((..((.(((..........(((...............))).........)))))..)))))).)..)))..((((((((.(((((((.((((((((..(((((..((.((((.((((((((((((.......((((((...(((.....)))...........((((..(((......))).)))).((((((..((((((....))))))..............))))))....)))))).....))))))).......))))).)))).)).)))))..)))))))).....))))..)))))))))))))))))))))).))..).)).))))))...)))))......((((((...((........))..))))))..))))))))........(((((....))))).....(((.((.((...)).)).)))..)))))))..........((((.(((..(((.((((((....((((((......)))))).)))))).)))..))).)))).)))))))))))))))...))))))))))..))).))).)))))))))))).......))))))))))))))).))).)))..))))))).)))......................)))))))))))))))))))((((.(((((((((((((((..(((((...(((.(((..((((((((((((((((((((((((((((.((...)).))))).......((((.((.((((..((((((........))))))..)))))).))))....(((((((((...(((((.(((......))))))))....)))))).)))....)))))))).))))))))).)))))).))))))....))))).))))))))..............................(((((...((((((((((.((........(((((((.........((((((((............))))))))......))))))).)).)))))))))).)))))((((.((((.(((.(((...((((((......))))))...))).))).)))).)))).......)))))))))))(((....))).....(((((((......))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((({((((({({{(((.(((((({.{,,,{.,,,,,{(({((..((((((,.(({||,||,,.||}||||,|||..,}}}},.}}}})},)))).)))}}))))}))}))|||||..}},||,,}.,))....,))))}))))))}..(((((({,((((((((((((,....(((((.(..(.(((((....))))).).).)))))..{{{(((.....((..((((((({.{{.(((((((.(((,{..({{(({,,....,|{{(.((........))))}|{(((((........))))))))}),,}))),,))))))).}}...,.((((..(((....)))..)))).....{{,{(({....)))))|((((..((((((.((((.((((((((((((....(((((..(((((((........((((((((.((.(((((.((((((((............)}.)))))).).)))).)).))))))))((((((.(.....).))))))..,,...(((((((((((((((.{,(((...({{(((.......)))}..})....)))..}}...))))))))).........)))))).,,,))))))))))))........(((((..........)))))..........((((((.((,....,))))))))((((((((((.((((((.{((({,...,........,,(((((({...,,||||,,.{|.{((((..(({......}))..))))}.},.....|||}...,,}...}}||||,|||.......(((....)))...,{{|,...,,)))))}}}....))))))..))..))))).))).)))))))))))).)))){({......})}(((((,....{((((((((....(((((....,.....(((({(.((((,.{((((,.({.(((((((...((((((......)))))).)))))))))))))))))}.....{(((((((((((...((((((((({..((((....))))....})))))})}})...)))))))))))}{{......||,...,.(((((((((....)))))))))..}},})))......)))))......))))))))))))))...((((((......)))))))))))).)))),.))))))))..))....))||||,.(((.{((((((..(((.(((.(((..((((((.....((((((,.((((((.((...((((.(((.(((..((((((((((((((((.(((....(((......{(((....)))){,((((.(((((.....))))).)))}.}})))....)))..))))))....................{(((((.(((((((((....{...,,,,,,,,.{((((((((((....(((...,{........}}.))).....))))))))))|(((((((.(((.(((((......)))))...........(((((((...)))))))))).))))))),........(((((({,,,,{...........(((((........))))}(((((((((....)))))))))......{((((((((((((((...,,.{(.(((((....,,{|(((((...............))))))}}(((((((.........))))))).........(((((({....|)))))).((((((((.,,(((((((........))))))).,,))))))))}))))),)).,,....))))))))))))))}.,{{,((,(({,,.....,|,,{|}},}},}}.{,{{.,,,,,{{|{(((,{{,{(((((((((((((..(.((((((..((.(((..........,,,...............}},.......}.)))))..)))))).)..)))..{((((({{{(((({{,.{(((((((..(((({..((.{(({.((((((((((((.,,....((((((...(((|...,)))...........{{{{..(((,....,))).}}}}.((((((,{{,((,{,{{({{,..,.}}|,.,||,,}}.))))))....)))))).,||.))))))),......})))).)))).)}.}))))..)))))))}...,,}}}}..}}})))))))}})))))))))}.,,.,..||{|||....}})))).......,,|||,},,|.....,,,.,,..,}}}},..,)))))))}.......(((((....)))))..,,,|{,.,|.({|,.,}.,),)))..)))))))..........||||.{{{..{{{.{{{{{{....{{{{{{....,,||||||,|}}}}),))),,))).)))}.}))))))))))))),...))))))))))..))).))).)))))))))))).,.....))))))))))))))).))).)))..))))))}.)))...||{|,.,,,}},......}))))))))))))))))))){(({{(((((((((((((((..(((((...(((.(((..((((((((((((((((((((((((((((.({...}).)))))}......((({.((.((((,.((((((........))))))..))))}).}}}},{|{({,{{{{{{..,|||||,|{{,,,,{,|}},,))),,,}}}}}}}.))),...,))))))),})))))))).)))))).))))))....))))).)))))))).....,{{,,......,}},,.........(({((...(((((((({{,((.....,..(((((((.,,.,{...((((((((............)))))))).},,}.))))))).)),)))))))))).)))))((((.((((.(((.(((...((((((......))))))...))).))).)))).)))).......))))))))))|(((....))),....(((((((......))))))).......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001317804.2 NCBI
AUGCUCGCCCCCGCUGCGGGCUAGCUGUUGUGUUUUUUUUUUUCCCCCG… 2973 nt 0.3596
NM_001317805.2 NCBI
GGGACUGCCAGCCUCGGCCGCGGUGAGCGUCAGCCCCGCGAGGGCCGGG… 3509 nt 0.3651
NM_014294.6 NCBI
AUGCUCGCCCCCGCUGCGGGCUAGCUGUUGUGUUUUUUUUUUUCCCCCG… 3056 nt 0.3678
Summary

This gene encodes a multi-pass membrane protein that is part of the mammalian endoplasmic reticulum. The encoded protein influences glycosylation and facilitates the translocation of secretory proteins across the endoplasmic reticulum membrane by regulating which domains of the nascent polypeptide chain are visible to the cytosol during a translocational pause. [provided by RefSeq, Oct 2009]

Forensic Context

A study in pigs (Sus scrofa) demonstrated that the TRAM1 gene exhibited H3K27ac signals around its transcription start site, indicating active regulatory regions [Guo et al. DOI:10.1016/j.jgg.2024.06.017]. A study in humans demonstrated that severe trauma induces a unique bone marrow transcriptomic signature characterized by upregulation of genes encoding erythropoiesis inhibitors and innate immune signaling factors, including TLR4 and its associated pathway components, compared to elective hip replacement patients [Kelly et al. DOI:10.1097/SHK.0000000000001826].