Basic Information

Symbol
TRANK1
RNA class
mRNA
Alias
Tetratricopeptide Repeat And Ankyrin Repeat Containing 1 LBA1 KIAA0342 TPR And Ankyrin Repeat-Containing Protein 1 Lupus Brain Antigen 1 Homolog Lupus Brain Antigen 1
Location (GRCh38)
3:36826817-36945057
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001329998.2
Sequence length
10611.0 nt
GC content
0.5031

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3676.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3867.26 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3016.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001329998.2 NCBI
GGAAUAGGUCUGCGGCUGCACACCGCCCGGACGCCGGGGUUCCUGCGUC… 10611 nt 0.5031
NM_014831.3 NCBI
GGAAUAGGUCUGCGGCUGCACACCGCCCGGACGCCGGGGUUCCUGCGUC… 10479 nt 0.5032
Summary

No relevant information is available at the moment.

Forensic Context

A study in human blood samples stored at 4°C demonstrated that the TRANK1 was identified as one of 13 downregulated transcripts overlapping with important variables in a random forest model for predicting the time since deposition (TSD), achieving high predictive efficacy with an AUC of 0.995, precision of 1, and recall of 1 [Zhang et al. DOI:10.1016/j.forsciint.2024.111930].