Basic Information

Symbol
TRDN
RNA class
mRNA
Alias
Triadin TRISK Triadin In Skeletal Muscle CARDAR CPVT5 TDN
Location (GRCh38)
6:123215088-123637260
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006073.4
Sequence length
4627.0 nt
GC content
0.3609

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1060.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1143.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1210.19
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001251987.2 NCBI
AGAGGAGAGGCAAAGUUCAACAGGACAACAAAGAAGCAGCAGAAACAGC… 4606 nt 0.3252
NM_001256020.2 NCBI
AGAGGAGAGGCAAAGUUCAACAGGACAACAAAGAAGCAGCAGAAACAGC… 1702 nt 0.3837
NM_001256021.2 NCBI
AGAGGAGAGGCAAAGUUCAACAGGACAACAAAGAAGCAGCAGAAACAGC… 2859 nt 0.3354
NM_001256022.2 NCBI
AGAGGAGAGGCAAAGUUCAACAGGACAACAAAGAAGCAGCAGAAACAGC… 1277 nt 0.4056
NM_001407315.1 NCBI
AGAGGAGAGGCAAAGUUCAACAGGACAACAAAGAAGCAGCAGAAACAGC… 4546 nt 0.3249
NM_006073.4 NCBI
AGAGGAGAGGCAAAGUUCAACAGGACAACAAAGAAGCAGCAGAAACAGC… 4627 nt 0.3609
Summary

This gene encodes an integral membrane protein found in skeletal and cardiac muscle. The encoded protein plays a role in skeletal muscle excitation-contraction coupling as part of the calcium release complex and is required for normal skeletal muscle strength. This protein indirectly links triads and microtubules in skeletal muscle. Mutations in this gene are associated with cardiac arrythmia syndrome and some variants in this gene may be associated with sudden cardiac death. [provided by RefSeq, May 2022]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the TRDN mRNA, identified as a hypo-methylated and down-regulated transcript following spinal cord injury, showed significantly decreased expression three days post-injury, as validated by qRT-PCR [Ni et al. DOI:10.3389/fnins.2022.904573].