Basic Information

Symbol
TRIM62
RNA class
mRNA
Alias
Tripartite Motif Containing 62 DEAR1 Ductal Epithelium-Associated RING Chromosome 1 Tripartite Motif-Containing Protein 62 E3 Ubiquitin-Protein Ligase TRIM62 FLJ10759 RING-Type E3 Ubiquitin Transferase TRIM62 Tripartite Motif-Containing 62 EC 2.3.2.27
Location (GRCh38)
1:33145399-33182059
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_018207.3
Sequence length
3817.0 nt
GC content
0.6002

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1500.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1563.17 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 813.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((.(((((.(((((((...((.((.(((((.(((.((...((((((((..(((((.(((..((((.((((.((((((..(((((((((((((((.((.((((((((..............))))))))..((((.......))))..)).))))))))..........)))))))....)))))).)))).))))....)))...))))).)))))(((((((((..........((((........))))))))))))).......(((.(((((.....))))))))...........(((.(((.......))).))).)))..)).))).)).))).)).))...))))))).....)))))..((.(((((((.(((((((............((((((..(((...)))..).)))))((((...........)))).(((((......((((..(((((.(((((.((((((((((...))))).(((((((((((((((..((((..((..((((((((((((((((.......)))))))(((.((.(.((((.(((.....((((...))))...(((...((.(((.(((((((..(((((((.((((.....(((.((((((..(((((((((...((((.(......)))))((((((((..(((((((.(((.((............))))).)).))).))..)))))))).((((..(((((...((((((((((((((......)))(((((((......))))).)).))))..))))))).)))))..)))).........)))))))))..))))))..))).)))).)))))))......((((((......))))))....))))))).)))))...)))...(((.((((..((....)).((((.(((((((..(((((((((((.....(((((..((((....))))...)))))....(((.(((.(((.....))).)))))))))))))))))((((((.((.......)).))))))))).)))).)))).........)))).)))((((((((((..........(((.((((((...))).))).)))((.((((((.((......)).)).))))))..))))))))))...))).)))).).)).))).....(((...))).)))).)))))..))))))..)))))))))(((((.((.....(((((((..((.(((((((......))).)))).))..((((((((((((.((((...(((((((((.(((((((((((....((.((((((.....((..((((((((((((..(((((...(((.((((((..(((....))).)))).))...))).........(((((((.((.......((((.((((...))))..))))....)).)))))))((((...)))).........)))))...)))))))))...((((....((((...)))).)))).))).))...)))))).)).((((.((.(((((((((.((((......(((((((.((((((((((((((((((...(((((((......))))))).)))...)))))))...((((((((((((((...)))))))).)))))).))))))))((.......)).))))))).(((..........))).)))).)))))))))))))))..........))).)))))))).(((..((((((((((((...))))))).....))))).))).)))))).)))..((((((((........))))))))....((((....)))))))).))))))))))))..(((((.(((.((.(((((..(......)..))))))).))).))).))..........((.((.......)).))....)))))))........(((.((((.........))))..))).....)).)))))...(((((((.......)))))))........))))))..)))))..(((((((((((((..((..(((........).))..))))))))))........(((((.((((((.(((...)))...))))))...)))))...)))))........(((((((((..........))))))))).....((((((((((..((((((((.((((..(((.((((((....((((((..(((..((((((((.(((((...))))).))))....(((....((((((((((.(((((((((.......................)))))))))....(((((((((((.....(((.((((.((((((.((((.....(((((........((((.....)))).........)))))((((((...(((((.(((....))).))))).(((((..(((((..(((.(((.((((.((........))..))))...)))))))))))..)))))....((((....((((.((..(((((.....)))))..)).))))....)))).(((((....)))))..........((((((((....))))))))....))))))(((((((((((((....(((((..(((...............)))..)))))...)))))).....)))))))))))..))))))..)))).........(((((((.......))))))).....(((((((((.(((..(((((((((((.(((..((((.........(((((.....))))).........)))).))).)))))...((((.((((....)))))))))))))))))....))))))))).......))).....)))))))))))..(((((((((((((.((((((((((((((((.(((.(((((((.((....)))))).))).....))))))).........))))).....))))))).......(((((((.((((((.((.........((((((.((..((((((((((((...)))))...)))))))...)).)))))).(((((.......)))))..)).))))))......(((....(((((((..(((..((.........))..)))..)))))))....))).......)))).)))..)).))))))))))).))))))))))...)))....))))...)))...(((((((....(..(((((((...)))))))..).....)))))))...))))))..)))))).))))))).))))))))(((((((((...))))))).)).)))))).))))((((((((........))))))))((((((((((....))).........)))))))..))))).)))))..))))......)))))..(((((((.((.(((.........))).)).))))))).)))))))))))))).)).((((...........)))).(((((....((((.........)))))))))((((((((((((...(((((((..((((((...........(((((.(.((((((..(.((........((((((.((......))..)))))))))..))))..)).).)))))..........))))))....)))))))............)))))))))))))).))).((((((((((.....))))))))))...............((((..(((((((............)))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,,{.(((((.(((((((...((.((((((((((,..,{...(((((({(..(((((,({(,.(((,.(((({((((((..(((({{{((((((({.((,((((((((..............)))))))).,((((.......)))).,)).})))))))..........))},,)))...)))))),,,,,.))))..,,}))...}}|||......|||....,|}}}}}.....(((,.....|||{{,.,|||{..,,....,},|||,(((((.....)))))}})}}}}))..,,.,{,.,.,.......,||,|,,..)),,..)))))))}..,.)).))...))))))).....))))}..((.(((((((.(((((((...{{{(....}|||,((,.(((...))),.}.}}}}|((((...........)))}.(((((......((((..(((((.(((((.((((((((((...))))).(((((((((((((((..((,,{{((..((((((((((((((((,....}.)))))))((({(....,|||,||......((((...))))...(({,,,,(,(((.{((((({..(((((((.((((....,(((.((((((..(((((((((...((((.{......}))))((((((((..(((((((.(((.((,.......}}},}}})),}}.})).))..)))))))),{(((.,{{(((,,.(((({{{.(((,||,,..,,,||(((((((,..,,,)))}).)).})))),))))))),)})))..))))}........)))))))))..)))))),})},.)))).)))))))......(((((({...,,|}}}}}....})))})),))}.},..,|},,.,((.((((.||,....|}.((((.((((,,{..(((((((((((,..{.(((((..((((....))))...))))),..,{((.(((.(((.....))).)))))))))))))))))((((((.((.......)).))))))))).)))).)))).........}}||,|}|((((((((((..,.......{((.((((((...)))}})).))}{{.((((((.((......)).)).))))))}.)))))))))),.,))),)}}||||},.,|||,,..))),..))..)))).)))))..))))}},,)))))))))(((((.((....,(((((({..{{.(((((((...,,.}}}.)))).}}..((((((((((({.((((,..(((((((((.(((((((((((...,{{,{,(({......{((.((.(((((((((..(((((...(((.((((((.,(({....))).)))).))...)))......,..(((((((.((.......((((.((((...))))..))))....)).)))))))((((...)))).........)))))...))))))))).}),.))}..,((((...||}}..,,},}})})..,,.}}}}|,,|.((((.((.(((((((((.((((.....,(((((((.(((((({(((((((((({...(((((((......))))))).}})),.)))))))}..((((((((((((((...))))))))))))))).,}))))))((.,....})}.))))))).{{{|,......,.})}.)))).))))))))))))))),.,,......)))))))))))).(((..((((((((((((...))))))).....))))).))).)))))).))),,((((((((........))))))))....{(((....)))))))).})))))))))))..({(((.(((.((.(((((..(......)..))))))).))).))).}}.....,,,..{{.,{,,|,,..}}|)|.,|,})))))).....,,.|{,.{(((..,.}},..)}}}..)))..},.)}.))})),|.(((((((.......))))))).......,))))))..)))))..,,,,,((((((((..,...(({....,...).)}..,}))))))))......{.(((((.((((((.(({...}))...))))))...))))).,,|||}|,,,,....(((((((((..........)))))))))....,((((((((((..{(((((((.((((..(((.((((((..,.((((((.{(({..(((({(((.(((((...))))).)))|....(((....((((((((((.(((((((((.......................)))))))))....(((((((((((.....(((.((((.((((((.((((.....(((((.,.{{...((((,...,)))).}}.,....))))){(((((,,.{({{{.(((,..,|||,}}}}|,{{(((..(((((,.{((.(((,((((.((........)).}))},.,.}))))))))))..)))))....((((....((((.((..(((((.....)))))..)).))))....)))).(((((....)))))..........((((((((....))))))))..,.}))))}((((((((({(((....(((((..(((.,...........,.)))..)))))...)))})),..)))))))))))))..))))))..)))).........(((((((.......))))))).....(((((((((.(((..(((((((((((.(((..((((.........(((((.....))))).........)))).))).)))))...((((.{(((....)))))))))))))))))....))))))))).......))).....))))))))))).,((((((((((({{.((((((({(({{{(({...,.{{{{(({|{(,..,|}||||,||}...,,|{.,,,.,}}}},)},))}}}.....))))))).....,.,{(((((.{{((((,((,,.,.....,(((((.{(..((((((((((((...)))))...)))))))...)).)))))}.(((((.......)))))..}}.)))))}...,,,(({....{((((((..(({,,||..,,.....}),,)))..)))))))....))).......)))).)))..)}.))))))))))).))))))))))...)))....))))...,,....{((((((.{{.(..(((((({...}))))))..),}),,))))))),}})))))).,)))))).))))))).)))))))|(((((((((...))))))).)),))))))},)))|{((((((........))))))}}({{{{{{{((....))}.......,,)))})))..))))).)))))..))))......)))))..(((((((.((.(((.........))).)).))))))).)))))))))))))).)).{(((...........)))).{{{((.,..((((.........))))}}))|((((((((((((...(((((((..((((((...........(((((.(.,(((((..{.((,.......((((((.((......))..))))))}}}..})})}}..,,.))))).....,,...))))))....)))))))............)))))))))))))},))}.((((((((((.....))))))))))...............((({..(((((((............)))))))))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330483.2 NCBI
UCUCAGGUUCCUAACCCCCAGAGAGGGGAUCCGAUUCAGUCUCAGCCGC… 2941 nt 0.5644
NM_018207.3 NCBI
GGGUUGAGAGGCUGCGCUGGACCGAAGCGGUGGCUGCUAAGCUCGCGGG… 3817 nt 0.6002
Summary

Enables identical protein binding activity; transcription coactivator activity; and ubiquitin protein ligase activity. Involved in several processes, including negative regulation of viral transcription; positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity; and positive regulation of antifungal innate immune response. Is active in cytoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that exertional heat stroke induces a sustained epigenetic memory in the left ventricular myocardium lasting over 30 days of recovery, characterized by the identification of 947 significant differentially methylated regions (DMRs) within 897 genes [Murray et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00147.2021].