Basic Information

Symbol
TRMT2B
RNA class
mRNA
Alias
TRNA Methyltransferase 2B TRNA Methyltransferase 2 Homolog B CXorf34 TRNA (Uracil-5-)-Methyltransferase Homolog B RRNA (Uracil-5-)-Methyltransferase TRMT2B TRM2 Homolog B EC 2.1.1.35 FLJ12687 TRNA Methyltransferase 2 Homolog B (S. Cerevisiae) TRNA (Uracil(54)-C(5))-Methyltransferase Homolog TRNA (Uracil-5-)-Methyltransferase Homolog TRM2 TRNA Methyltransferase 2 Homolog B Chromosome X Open Reading Frame 34 TRM2 Homolog DJ341D10.3 EC 2.1.1.-
Location (GRCh38)
X:101009346-101052135
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024917.6
Sequence length
3547.0 nt
GC content
0.4999

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1351.3 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1412.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 800.7
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001167970.2 NCBI
AGGAGAGGAGAACUUAGAGAAGGAAGGCGGCGGGUGUCAGGGCUAUGAG… 3154 nt 0.4930
NM_001167971.2 NCBI
AGGAGAGGAGAACUUAGAGAAGGAAGGCGGCGGGUGUCAGGGCUAUGAG… 3135 nt 0.4992
NM_001167972.2 NCBI
AGGAGAGGAGAACUUAGAGAAGGAAGGCGGCGGGUGUCAGGGCUAUGAG… 3097 nt 0.4869
NM_024917.6 NCBI
AGGAGAGGAGAACUUAGAGAAGGAAGGCGGCGGGUGUCAGGGCUAUGAG… 3547 nt 0.4999
Summary

This gene encodes a homolog of the TRM2 gene in S. cerevisiae. The yeast gene encodes a tRNA methyltransferase that plays a role in tRNA maturation. The yeast protein also has endo-exonuclease activity and may be involved in DNA double strand break repair. Alternative splicing results in multiple transcripts encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Nov 2009]

Forensic Context

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