Basic Information

Symbol
TRPC6
RNA class
mRNA
Alias
Transient Receptor Potential Cation Channel Subfamily C Member 6 TRP6 Short Transient Receptor Potential Channel 6 Focal Segmental Glomerulosclerosis 2 Transient Receptor Protein 6 FSGS2 TRP-6 Transient Receptor Potential Cation Channel, Subfamily C, Member 6 TrpC6
Location (GRCh38)
11:101451470-101872562
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004621.6
Sequence length
4691.0 nt
GC content
0.4381

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1406.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1498.59 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1332.70
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((.....(((((((.(((((..((((((((...(((((((........((..((..((((((((........)))))))).(((((((((((.((((((((..(((....)))..((((((((((((..((((....))))..)))))))))))))))))))).))))))))).))....))..))........)))))))..)))))).))..(((((...(((((...((...(((((((((((((((..(((((((((...((((.(((((((((.((((((((((((..((......)).....((((((((.((((.((((.......((((((((((.(((((.....(((.(((...(((..((((((((((((......))))))))......(((..(((((.((((....(((((...(((..(((((..((((((((((.(((.(((((....)))))(((((((.(((..(((((((((((.......))))....)))))))))).))))))).)))))))))))))...)))))..))).)))))....)))))))))...)))((((.((......))))))..)))).)))))).)))...))))).))).)))))))....(((((((((....(((((((.(((((.(((.((((((.(((......(.((((....)))))......))).)))))).))).))))))).....)))))...)))))..))))...((((((((((....((((((.((((...(((........)))..))))..)))).)).)))))))))).......)))).)))).))).(((((((........((((((........((((((((((..........((((......)))))))))))))))))))).....)))))))))))).....((((((.(((((((((.(((.....))).))..(((((((.((((..((((((.(((.(((((((((((((((...(((((((....))))))).....)))..)))))))))))).))).)))))).)))).....)))))))..(((.(((((((((.......((((((((.......))))))))((((........))))...((((.((.....((((((((((........)))))))...)))....))))))(((((((...)).)))))((((((.((....((((((((((((.((((((....((((.....))))..))))))((..((((((((..((..(((((((((((.((((((.......)))....))).))))..)))..)))).))..)))).)).))..)).......)))))))).))))...)).))))))......)))).))))).))).....))))))).)))))).....((((...........)))).....)))))))))..........)))...))))))))).)))).........))..)))))))..))))))..)))))))))))...)))))))))).((((((....))))))............((((((.((..((((((..(((((((((((........((((..........))))((((((((((((((....((((((.(((.(((((((.(((......(((.((........)).))).(((((((((((...((((..((((..((((...(((((..((((((..((((..((((((..(.(((...(((.(((((((.((((....((((((..(((..(.....)..))..)..)))))).....)))).))))))).))))))).)))))).))))..)).((((....(((.(((((.........)))))..))).....)))).((((((..((......))....(((((((....)))))))........((((((((..(((((((.((((((((.(((.(((((.((((((((((....((..((....))..))....)))))......))))))))))(((((((..((((((((.......)))))))).)))))))((((((.........))))))((..((((.((...)).))))..))(((..(((((((.((((((......)))))).)))))..))..))).....((((((((((.....))))))....)))).....))).)))))))).)))))).)..)))).))))........))))))((((((((((((...((.(((.((((((((((((((.......(((((.(((((.......))))).)))))((((.(((.(((((((...(((((.((((...(((...))).)))))))))....(((((((..(((....)))..))))))).....(((((((...)))))))((((((((....(((((((((.............(((((....(((((((((((....)))))....))))))..)))))(((((((((((((.(((((((.((((((((....((((.................))))...)))))))).))..))))).)))))))).))))).....(((((((.((...((.......)).....)).))))))).....(((((((((....))).))))))))))))))))))))))).))))))).))))))).(((((((((((((...((((((.((((((........)))).)))))))).((((.((..(((.((((((((...(((((.(((.....).))..)))))...)))))).)).))))).))))((((........))))...)))))))).)))))......................)))))))))))))).))).))..))))))))))))((((.........)))).......))))..)))))))))...))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))(((((((...........(((((.((((......((((((......))))))...))))))).))((((((..(((......(((((.....((((((((((..(((((((((((((((..((((((.((((.......))))..))).)))..)))))........((((.((((..(((....((((.....(((((..((((((..((((.(((((.((...((((.......(((((.(((....((((((((....(((..((.....))...))).))))))))..))).)))))..))))..)).)))))..))))))))))))))).....))))..........(((((((....((((((((((((.((((..((((((.(((((.((((....(((((........(((.(......).))).......)))))..)))).))))).)).)))).......)))))))))))))))))))))))......)))..)))).))))...((((......((((((....))))))....))))((((((.((...........)))))))).((((.((((....))))..))))...))))...))))))...))))))))))..)))))))).)))))).(((.((((((((....))))).))))))...))))))).((((..((((((...((((...((((((..(((((((........)))))..))..))))))..)))).....)))))).))))..(((((((((((.(((.((((((.......)))))).))).....(((((((..((((((.((.((.((((((....((((.........))))......(((((((.(((((((.(((.((....)).))).))))..(((((((((((((........)))))))))))))(((((((((..(((((((......).)))...((((....)))).)))..)))))))))..((((((((..........))))))))((((.........)))).........)))))))))).......(((((((..((...))..)))))))(((((..((.(((((....))))).))...))))).((((....))))..((((((((.(((.....))).)))...))))).....((((..((((((((.((((((......).))))).)))...)))))..)))).....)))))).)).)).)))))))))))))))))))))))).....))))))))))))))....)))))..))))))..)))))))).))))))......(((((((((....)))).))))).......((((((((((((((...)))))))...(((((..(((((.......)))))......)))))(((((((((....).))))))))....((((((...)))))))))))))(((((...))))).))))).)))))))))).......(((((...((.(.((((((((((((((((...(((((((((((((........)))))).....)))))))...)))...((((......))))...)))))..))))))))).))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,,,...{{(((((((,((({,,,((((,((({..(((((,({{{{{{{..,..((((((((((((........)))))))).|,(((((((((.((((((((..(((....)))..((((((((((((..((((....))))..)))))))))))))))))))).))))))))),{{{.{{{{{{{{{.{{{{{.|||||||.,||}}||((((.....{{,,|||}||,,{,{..({..,,..}})}}}||,,{{,(((((((.....))))))),||,...|||,.,((((,,.....}.)))).,.....|||||||.||{||||{{,,{,((((((((((.(((((...,,(({.(((...(((..((((((((((((......))))))))....{{(,{{{(((,(.{(((....(((((...(((,.(((((..((((((((((.(((.(((((....)))))(((((((.(((..(((((((.{({..{{...,.))..}.)))))))))).))))))).)))))))))))))...))))),.))).))))).,}}}}))))))}.,,)},((({,((,....,))))))..)))).)))))).))).}.))))).)))}}})))))....(((((((((....(((((((.(((((.(((.((((((.(((.,..,.(.((((....))))).,..,.))).)))))).))).))))),,.,),,}))))...)))))..))))...{{{{{{{{{{,.,|||{|||,{{||,|.{{{...,,))))),.,))),..})))})}.})))}}}}}}|...,.,|||,})))))}}}}|}.}}},}}}.,...((((((........(((((((((({{.....}},((((......)))),)))))))))))))))....}})).||||}}},...,,,,.((((..(((.(((.((.....)).))).)))..)))).((((..((((((.(((.(((((((((((,.,{..,(((((({{{{{,,,,))),}},,)}},,)))))))))))).))).)))))).))))..)}}))..)))}.||||,...,{{{({,.,,,{(((((((({{{.{{,|||||{((((((........)))))},{{,{{,...,.,||{(((((((.{,,,.{{|||||||.{{{{........)))}{{{|||,,,))..))))||||||,{({{{,(({{((((({({.{(((((....((((.....))))..)))))}.,.,,,|||||{},||}}|{{{{,{{{{{.,,,{(({{,,..((||.,,,|||||||||.}}},.}))}.||{{||}}|||||,,{||,.|,.,,||||}}}}.}|||...,}.}}}))).,||.,||||{{((({((({{{..,,((((,..((((((((.(((((.........(((((....))))).........))))).))))))))((((((,{.,.(((.....))).,.,.))))))|{(({,,,.{{(((,({,(({.{{{{({{.,{((,,((((((....)))))),...})).})}}))}}..}}}}}.||||}....|||{,{{,.......,,{,{{||,,,,,,,,,|||||.,||||,,,||{{|{||||,}},|||||||{|,.,|||||||..|,}.((((.(((((((((.((((..((....))..))))...}))))))))..)))),,..,,|||||,||{{.,{{{{({..(,({{...{((.(((((((.((((....((((((..{,{..{.....,..))..}..))))))...,.)))).))))))).))))))},)))))),})}}..|||{{{{.,,.,,,.(((((.........)))))..,,},,,,,}}|{{.,,,...,||....,,))})}.(((((((....)))))))..,}}}}}|||||||||{{((((({.({{{{{{|,|{{,,||||||{,..(((((....((..((....))..))....))))){{{{.,,...}}|}}}|{(((((..((((((((.......)))))))).))))}||((((({.........})))))}}..||}}}}}.||}}|}}}}||||||{{{(((((((.((((((......)))))).)))))..)),|||.....,})).{{{|||,,...)}})))......,}.,,,,))),)))))))}.}|}||}...,}|}},})})|,..,{,,,...{(((((((((((((...((.(((.((((((((((((((.,.{{{,(((((.(((({.......})))).)))))((((.(((.(((((((...(((({(((((...(((...))).)))))))))....(((((((..(((....)))..))))))).....(((((((...)))))))((((((((....((((((((({{{{{{{,,{((.(((((....(((((((({{,....,)))}....))))))..))))),||||{(((((((.{((((,{.{(({{(((,{..{{{,..,...,,,......,,|}}}..,||}}}}}}.},..}}}}}.)))))))}.})))},.,,,|||||||}|}}}}}}......,||,.,,.},.}})}},},}|{,(((((((((....))).))))))})))))))))))))))).))))))).))))))){(((,(((,,,((,...((((((.((((((........)))).)))))))).,{||.||}}}}|.,.,,||{|.{{((((({((({....||{|{{||,||...}},))).}),}}},|,||}|{(((........))),.},})))),},.}))))}}}}}},.,.............)))))))))))))).))).))..)))))))))))))}}..}})}),}|},}},,,...,))))}||}}}........,.|||{{{{,...{|{{{{,,||{{||||.,}}}}....,|||||......{{{.{,,,((,,((((......((((((......))))))...))))))).,)|{|||({{(({{{{.{((((((.,...((((((((((..(((((({{(,(((((..((((((.((((.......)))}}.))).)))..))))).,,{{....|||,,,,,...,,,{{{{{.,{{{,.{{{{{..{(((({..{(((.(({{{.,,,..{(((.......(((((.(((....((((((((,({.{((...{,,....),..)}),)))))))).}))).)))))..)))}..,,.))))),.}}},}})))))}}}}{((..{{|||,,,......(((((((....({((((((((({,((((.,(((({{.(((((.((((....(((((........(((.{......}.))).......)))))..)))).))))).}}.)))).......))))))))))))))))))))))}......|||,||||,.|{,,...{({,,{....((((((....))))))...})))){{{|{||,|,,,.,}}}.}})),,))}).((((.((((....))))..))))..}))))},}))))))...))))))))))..,,}))))))),))),}|||.||{(((((....))))).|||||},,,|{{,,,||||{,...{{{{||}.{{|||||||||...,||{||||,,||,,,.,,,||{,{|((((((((((((((({.,...,,.....{{{{(((((((((((.((,.((((((.......)))))).|||,,...,{(({({..((((((.({.{{.({{{((......,,.........,,||......{{(((({{(({((((.(((.((....)).))).))))..{{(((((((((((,,......)))))))))))))(((((((((..(((((((......).)))...((((....)))).)))..)))))))))..,{{{{{{{,,,,....,,}}}}},}}||,{..,..,,{{||,,...}}}}}})))}}}}}},.......(((((((,.(,...,).}))))))){((({..{,.(((((....))))).,,...}}))}.{{{{....))))..{(((((((.(((,...,))).)))...))))).....((((..((((((((.{(((((......),})))).)))...)))))..)))).....}}}}}}.,,.,,.))))))}))})),)))))))))))......))))..,,.||.,..,..,||.......))}))))))))).))))))}....,|||||{|||,,,,)))).}}}}}.........,,,,,|||||||}}}))))}))))},,},...|||||,,},,,|}}||}.,,,,....))))||{,{{,...,|,||}||}}|...(((((((...)))))))..||}}||||,,,,}))}},})))),),.||||||,{,....,||,||,,}}|.,.{{{,|{{{|{{{{{{{...{((({({((((((........))))))..,,,))))))),,,)}}.},||{,,,,.,.}}))}}})))))..}}))))))},)))))))}}}....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004621.6 NCBI
AUACCGCCUCCUGAAAGUUGUGGCUACAGGACAGGCUUUGGCUGCUUUC… 4691 nt 0.4381
Summary

The protein encoded by this gene forms a receptor-activated calcium channel in the cell membrane. The channel is activated by diacylglycerol and is thought to be under the control of a phosphatidylinositol second messenger system. Activation of this channel occurs independently of protein kinase C and is not triggered by low levels of intracellular calcium. Defects in this gene are a cause of focal segmental glomerulosclerosis 2 (FSGS2). [provided by RefSeq, Mar 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.