Basic Information

Symbol
BLNK
RNA class
mRNA
Alias
B Cell Linker SLP-65 SLP65 BASH B-Cell Adapter Containing A SH2 Domain Protein BLNK-S Ly57 Bca Src Homology [SH2] Domain-Containing Leukocyte Protein Of 65 KD Src Homology 2 Domain-Containing Leukocyte Protein Of 65 KDa B-Cell Adapter Containing A Src Homology 2 Domain Protein B Cell Adaptor Containing SH2 Domain Cytoplasmic Adapter Protein B-Cell Linker Protein B-Cell Activation AGM4
Location (GRCh38)
10:96189171-96272658
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013314.4
Sequence length
4344.0 nt
GC content
0.4187

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1145.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1230.31 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1021.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001114094.2 NCBI
ACUUCUCCCUAGAGCAGGGGUGUUUGCCAGCAGCCUGCACUCUCAGAAA… 4275 nt 0.4168
NM_001258440.2 NCBI
ACUUCUCCCUAGAGCAGGGGUGUUUGCCAGCAGCCUGCACUCUCAGAAA… 4188 nt 0.4212
NM_001258441.2 NCBI
ACUUCUCCCUAGAGCAGGGGUGUUUGCCAGCAGCCUGCACUCUCAGAAA… 4119 nt 0.4193
NM_001258442.2 NCBI
ACUUCUCCCUAGAGCAGGGGUGUUUGCCAGCAGCCUGCACUCUCAGAAA… 3873 nt 0.4131
NM_013314.4 NCBI
ACUUCUCCCUAGAGCAGGGGUGUUUGCCAGCAGCCUGCACUCUCAGAAA… 4344 nt 0.4187
Summary

This gene encodes a cytoplasmic linker or adaptor protein that plays a critical role in B cell development. This protein bridges B cell receptor-associated kinase activation with downstream signaling pathways, thereby affecting various biological functions. The phosphorylation of five tyrosine residues is necessary for this protein to nucleate distinct signaling effectors following B cell receptor activation. Mutations in this gene cause hypoglobulinemia and absent B cells, a disease in which the pro- to pre-B-cell transition is developmentally blocked. Deficiency in this protein has also been shown in some cases of pre-B acute lymphoblastic leukemia. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2012]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.