Basic Information

Symbol
TSN
RNA class
mRNA
Alias
Translin BCLF-1 REHF-1 TRSLN Recombination Hotspot Associated Factor Component 3 Of Promoter Of RISC C3PO Recombination Hotspot-Binding Protein Testis Brain-RNA Binding Protein EC 3.1.-.- RCHF1 TBRBP
Location (GRCh38)
2:121737103-121767853
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004622.3
Sequence length
3302.0 nt
GC content
0.4070

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-926.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -992.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1157.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001261401.2 NCBI
GGUCGUGGCGUAAGACCGGGGGGACGCGGCGGUAGCGGCGGCCGUUGCG… 3222 nt 0.4066
NM_004622.3 NCBI
GGUCGUGGCGUAAGACCGGGGGGACGCGGCGGUAGCGGCGGCCGUUGCG… 3302 nt 0.4070
Summary

This gene encodes a DNA-binding protein which specifically recognizes conserved target sequences at the breakpoint junction of chromosomal translocations. Translin polypeptides form a multimeric structure that is responsible for its DNA-binding activity. Recombination-associated motifs and translin-binding sites are present at recombination hotspots and may serve as indicators of breakpoints in genes which are fused by translocations. These binding activities may play a crucial role in chromosomal translocation in lymphoid neoplasms. This protein encoded by this gene, when complexed with translin-associated protein X, also forms a Mg ion-dependent endoribonuclease that promotes RNA-induced silencing complex (RISC) activation. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2012]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.