Basic Information

Symbol
TSPAN1
RNA class
mRNA
Alias
Tetraspanin 1 Tetraspanin-1 TSPAN-1 NET-1 Tetraspanin TM4-C Tetraspan NET-1 Tetraspan 1 Tspan-1 TM4SF NET1 TM4C
Location (GRCh38)
1:46173794-46185968
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005727.4
Sequence length
1619.0 nt
GC content
0.5207

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-561.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -586.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 397.91
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((.((((((((..((((.((((......(((((((((((((((((........................)))))......((((..................)))))))))...))))))).........(((...((((((((((((((....)))).....(((((.(((((.(..(((((((...(((((........)))))...(((..(((..((((((....))))))..)))..))).)))).)))..)))))))))))..........((((((((((..((((..(((.((((((..((....((((((((((((((.(.(((((.(.(((.(((((((((........))))......((((((((((...(((.....))).....))))))))))....((((..(((........)))..))))(((((.((((((((((((......(((......((((..((....))..))))......))).......))))))))))..))))))).))))).)))).))))).).)).......(((((((.(((.((..((.((((.(.((((..((.((((((.((((.((((.....((((((.((((.(.........).)))).))))))......))))...))))...)))))).))..)))).).))))))...)).))).))))))).((((((((.......................(((((((((((((((((((.(((.(((..((((((((((...(((((.(((.((((..(((((((...(((.((((((...)))))).)))................)))))))..)))).)))..))))).))))))........))))))))))))))))))))))((........))..(((((((..........)))))))...(((((...............)))))))))))).))))))))..))))).))).......))))....))..))))))))).))))....))))).)))))(((......)))...)))).)))))).)))........)))).))))...)))))))).)))))...(((.((((.......)))).)))))..)))))).((((((.((...(((..((((((....((((((((..(.((((((((((((((((((..((.(((..((......))...)))))....))))))))(((((((((((((((((((((...............((((((...))).))).((((.(((((((((....)))))).))).))))....((((((..(((((((((((..((.(((.((((((....)))))).))).)).))))))).....))))..)))).))...)))))))).)))..))))))))))..............(((((((.....(((....)))..((((((((...))))))))..........((((........)))))))))))))))......)))))).)...)))))))).))))))..)))...))..)))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..,.(((((.((((((((..((((.((((......(((((((((((((((((........................))))}......((((....{........,....}}}})))))...))))))).........{{{...((((({((((((((....})))...,.((((,,(((((.(..(((((((...(((((........)))))...(((..(((..((((((....))))))..)))..))).)))).)))..)))))))))))..........((((((((((..((((..((,,((((((..((,.{.((((((((((((((.(.(((((,(.{{,.{{({{|({{{{{...}})))}......((((((((((..,(((.....))).....))))))))))....,(((..(((,,,,,,..}}}..))}|(((((.((((((((((((......(((...,,,((((..{{....)}..))))......))).......))))))))))..)))))))}))))),)))}.))))).),)}.......(((((((.(((,((..{(.((((.(.((((..((.((((((.((((.((((.....((((((.((((.{.........}.)))).))))))......))))...))))...)))))).))..)))).).)))))).}})}.})).))))))),((((((((............,.,{,,,{,{,,,,(((.((((((((((((.(((.(((..((((((((((...(((((.(((.((((..(((((((...{((.((((((...)))))).))}....,,......,,,.)))))))..)))).)))..))))).))))))........))))})}))))))))))))))).}},......))},..|||||}.........,,,,,,,}}}(((((...............)))))},,,})}.))))))))..})))},))).......)))).,..))..))))))))).))))....))))).)))))(((......)))...}))}.)))))).},,....,}..)))).))))...)))))))).)))))...(((.((((.......)))).)))}}..)))))).((((((.{{...(((..((((({....{(((((({..{.(((((({((({((((((({||,.(((..{(......})},.))))))}..))))})))|((((((((((({(((({{{{........}||.,,{((((((,,.|||.}}},((((.(((((((((....)))))).))).))))....{{(({{..(((((((((({..{{.(((.((((({....)))))).))).)}.}))))}}.....))))..}))).))...)))))),,,)))..)))))))))).,{{,,....,}},|{(((((....,(((....)))..{(((((({...})))))))..........((((........))))))))))}}}}}......)))))).,...)))))))),))))))..)))...)}..))))))..............,......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005727.4 NCBI
AGACACACACACCAGCAGCUACACCUACACGCUGACCAUCACAGGCACA… 1619 nt 0.5207
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the transmembrane 4 superfamily, also known as the tetraspanin family. Most of these members are cell-surface proteins that are characterized by the presence of four hydrophobic domains. The proteins mediate signal transduction events that play a role in the regulation of cell development, activation, growth and motility. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans and mice demonstrated that the TSPAN1 is a migrasome-related gene component of a diagnostic signature for acute myocardial infarction (AMI), where it was found to be upregulated in AMI cases in the training cohort [Zhu et al. DOI:10.3390/biomedicines12071626].