Basic Information

Symbol
TSPAN18
RNA class
mRNA
Alias
Tetraspanin 18 TSPAN Tetraspanin-18 Tspan-18
Location (GRCh38)
11:44726322-44932427
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_130783.5
Sequence length
4557.0 nt
GC content
0.5695

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1710.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1788.73 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1026.70
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...((.(((.(((((.((((((..((((((.......)))))).....(((......))))))))).))))).)))))...)))(((.((((..(((((..((((((((((((((.((((((((..((((((...(((..((((((.((.(((((((.....(((((.((....)))))))))).))))..)).)))).))..)))...))))))..(((((((((.((((((((.(....(((((.(((((.(((.((((((.....((((.((((...)))).))))...(((((((((...(((((((((..(((((((.(((.(((((((.(((...(((((.(((........((((...........))))((((((...((........))((((...((((((.(((.((.((((((.(........).)))))).)))))..))))))..)))).(((..........)))..((((..((((.(((....((((...((((((((....(((((((((....(((((((.(.(((.((((((((...)))).)))).))).).))).))))))))).))))......)))))))).))))......))).))))..))).))))))).))).)))))....))).))))))))))(((((...)))))..)))))))......)))))))))...))))....((....))))))).......))))))...)))))))).)))))...)))))))))..))..))))))).))))))))...((((((.((((((...(((.....(((((((((((..(((((((((((.((((((((((((((((((((..((((...))))..........((((((..((((....))))...........((((((........(((((((((((((....(((((((((.((((((...(((.....((.(((.((..((((((....))))))..)).)))))....)))..))))))............))))))..))).....)).)))))).)))))..((((.(((((.(((.....)))((.(((((((((......))).(((((...(((((((((((((((((((.(((((....)))))..))))))).....((((((((((......((((........))))....((((....))))...(((((((.(((((.......))))).)))))))(((.(((((..((((((.(((((((...(((((((....)))))))...))))))).))))))..))))).)))....................(((...)))..(((.(((((...((((.......((((((((((((((((...(((((((......(((((((...)))))))....((((((....((((((((((((((.(((((...................))))).)))).))..(.(((((((...(((((.(((((...((((.(((((((((...(((.((.(((...)))(((((((.....(((((.......(((((((((.......(((.....))).))))))))))))))....)))))))(((...(((((((((((.(((...))).)))......))))))))...)))...((((((((((...((.((((((.....((((.((........)))))).....))))))..))))))...)))))).)).)))))))))))).))))...))))))))))...))))))).))))))))))))))).(((..((((((....((.(.((((.....)))).)))....)))))).))).(((((...))))))))))))...((((......))))........))))..))))))))))))..........((((..((((..(((((...(((((((....)).)))))...)))))....)))).))))...))))..))))).))).))))))))))((......))...))))).))))))))))))))))))))..........(((.((((((....((((........((...(((....)))...))........)))).))))))))).))).)))))))))))).........(((((((.......(((...)))......))))))).........))))))......(((((((....((((((((.((..........(((.(.((...((((..((((((((..((((((((((.(((.((.......((((((((((............)))))))..)))(((..((((............))))..)))..)).))))))))..)))))....((((((((((((((((((.....((((.....(((((((((.(((((((((..((((........))))...........((((((((((.......))))))))))...........((((.......))))...(((....(((((((.(..(((((((..............)))..))))..).)))))))....)))...)))))))))..)))))......))))......)))).....).))))...))))))(((....(((.(((.((((((((.......)).)))))))))...)))))).((.((((....((((((((.((((((((.....)))).)))).)))))))).(((...))).....((((((....)))))))))).)))))))))....))))))))..)).))...)).).)))..)))))))))).))))))).....)))).))))....)))))))))......)))..))))))).))))........(((((((((.(((((((((((........)))))).))))).))))...))))).....)))))))))))))).)))).))))))))..((((((((.(.(((((....((((...((((((((((((((.....((((..((((((.((.(((.(((........).)).))).))))))))(((((.(((..((((.((.((((((.((((((.((..((.....))))))))))....)))))).)).((((.((((....((((((((((((((((..((((((((((....(((.((((((((.((((....(((((..............)))))....))))(((.....))).........((((.((((..(((.(((...))).))).))))))))))))))))....)))....)))(((((((.((((....((((....))))..............(((.(((((..((((((.((((.......)))).)))))).))))).)))...............................)))).)))))))))))))).))......)))))))....(((((....((...((((..(((((....)))))))))...)))))))..)))))))....))))....(((((((..((..(((.((((.((((...(.((((((...((((.(....(((((((......))))...))).....).))))...)))))).)....))))..))))...)))..))))))))).((((((.........))))))..))))..((((((.(((....)))))))))))))..))).))))).....((.....))..)))))))))))).........)))))).)))).......((((((((.......))).)))))((((((.........)))))).....(((((...((((......))))....)))))...))))).))))))))))))))))))..)))))..))))))))).))).....((((((((((((((((((((.........((((((((((.((((..(((((..(.(((........)))).)))))......((.((((..((..............)).)))))).........((((((.((((((.((....))...))))))..))))))...))))))))))))))))))))((((.((((....)))).))))..........(((((((((.....(((((((((...(((..(((((..((((........))))..))))))))..))))))).....))......)))))))))((((.....((((((..((((((((..........)))).....)))).......((((((.....))))))...(((((........)))))(((((((((((..........(((((........)))))...(((((.((((...))))..))))).)))))))))))........((....)).....))))))......))))(((((((((.......)))))))))..))))))))))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{..,({((((.(((((.((((((.,({({((,,{{,..|,,.}),}},.|||......)}})))))).))))).))))},,,}||((({((({{{((((({,({{(((((({((({.((((((({..((((((...(((..((((((.((.(((((((..,,,((({(,{,.,,}))))))}))).)))).,}}.)))).))..)))...))))))..{(((((({(.((((((({,(..,.(((((.((((({(,(.((((((.....((((.((((...)))).))))...(((((((((...(((((((((,.(((((((.(((.(((((((.(((...(((((.(((.({,{{...,....{{{{(({.((...}}||||,,}||........,)||||...((((((.(((.((.((((((.(........).)))))).)))))..))))))..}}}}...,,,,,,......((..{{||{.{{{|,|||....{{(({,.((((((((.,,.(((((((((....(((((((.(.(((.((((((((...)))).)))).))).).))).))))))))).}))).,,...)))))))).})),....,,))).,,})}.))),)).}))}}))).)))))....))).)))))))))}(((((...)))))..)))))))......)))))))))...))))....((....))))))).......))))))...,))))))).)))))...)))))))))..}).,))))))),))))))))...((((({,({(({(...(({.,...(((((((((((..(((((((((((.((((((((((((,,{,.((((((((.(((.(((((((.,{,{,.((({{..{(((....)))}.||,|}}.,,.,}}}||,.......(((((((((((((....(((((((((.((((((...(((.,.,.(.,(((.({..{(((((....)))))}.,)).)))))...,)))..))))))............))))))}.,}).....)).)))))).)))))..)))).))))))))},)))))..((.(((((((((......))).(((((,..{((((((((((((((((((.(((((....)))))..,)))))).....((((((((((......((((........}}}}...,((((....))))...(((((((.(((((.......))))).))))))){{(.(((((..((((((.(((((((...(((((((....)))))))...))))))).))))))..))))).))).,..,,},,...........{((...))}..(((.(((((...((((.......((((((((((((((((...,{{(({{..,{..((((({(,.,|||||}}.{{,((((({...(((((((((((((((.(((((..,.........,,.....))))).)))).))..{.(((((((...(((((.(((((...((((.(((((((((...(((.((.{,,...,,{(((((((...,.(((((.......(((((((((.......(((.....))).)))))))))))))).,..)))))))|{{...(((((((((((.(((...))).)))......))))))))...})}...{{(((((((,..,((.((((((.....((((.{(........)})))).....))))))..))))))...)))))).)).)))))))))))).))))...))))))))))...))))))).})))))))))|||}|.(((..((((((....((,({((,,....}))),,}))....)))))).)))||,|||..}))}}}))))))),}}},,|}}.}}..}}..))})...))))..))))))))))))..........({{{..((((..{((((.,.(((((((....))}}|)))...}))))...,)))).))))...))))..))))).))).))))))))))((......))...)))))}}))))))))))))))))))).|{{,((.((((({((((((....((({..,..,..|,...(((....)))...}}........}))).)))))),,,...,.)))))),),............(((((((...((.,(((...))).}.,}.)))))))..{{{{{{..,,.},}|},..(((((((,(..((((((((.{(.....,,...{((.,.((...{,((..((((((((..((((((((({{(((.((.......((((((((((............)))))))..)))(((..((((............))))..)))..)}.))))))),.,))))).{,,((((((((((((((((((.....((((.....(((((((((.(((((((((..{(({........}}}}..,||......((((((((((.......))))))))))..,..,,....((((.......))))...(((....(((((((.(..((((,{,......,.,,,...,)}}.))))..).)))))))....)))...)))))))))..)))))......))))......)))).....).))))...)))))){,,,,,,(,,.(((.{(((((((,....,})).))))))))).,.)))))}.{{.{{{{..{,((((((((.((({((((.....)))).)))).)))))))}.||,...,}}..,..((((((....)))))))))).}}))))))).}),))))))))..)),))...)).,.)))..}}))))))))}))))))).......}..}}))))}})))))))))......)))..))))))).))))........(((((((((.(((((((((((........)))))).))))).))))...))})).....)))))))))))))).)))}.))))))))..((((((((.{.(((((....((((...((((((((((((((.....((((.,((((((.((.(((.(((........).)).))).))))))))|((((.(((..((((,((.((((({.((((({{((..((...,.}}))))))))....}}}})}.)).{{{{.((((....(((((((((((((({{,,(((((({{(({{..({,.({((((((.((((..,{(((((..............))))).}}.)))){((,,.,{|||.........((((.((({,.(((.(((...))).))).)))))))))))}||}}....,)),...,,|(((({{,.,{||}}}.{|||,...))||,,..,..,,,.,,,{{(,((({{..(((({{.{{{|,....,,))}},))}))),))))),}}}...............................}},,.},,))))))))))).)),.....)))))))....{(((({{..,,..,(({{..((({(,,,,|||}}}}}).,}))))))}..)))))))....))))..{{(((((((..((,,(((..,(({(((,...({((((({..((((((......,.)))))).,..}}|},,,,}},,.....,))),.})},)))})}})}))))}},,}|,,,||,,{|||||||||.|||||{,.|,,....))})))..))))..((((((.(((....)))))))))))))..))).)))))..,..((.....))..)))))))))))).........)))))).)))).......((((((((.......)))}}))))((((((.........)))))).....(((((,,.((((......)))).,,.)))))...))))).,)))))))))))))))))}||||||{,||||}||||,|||,....{{{{{{{{{{{{{{((((((.........((((((((((.((((.{(((({.{(...,.....,{{{((((,((,,...({.(({......}.}}.}}.....}},}))}))},..{,.{{,..,||{{((.((((((.((....))...))))))..)))))}..))))))))))))))))))))){(((.((({....)))).)))}..........(((((((((,....(((((((((...(({.{(((((..{(((........))))..))))))))..))))))).....)}......))))))))),,|||,,..}}||{,,.,,,,||,|},}.,.,,.,}}}},},,,}}||((({...{{{{{{.....})}}},...{{.||{{{{{||||{{{{,,(((((((({|...,,,...(({((.{....,.))))}...,,,,,.,,,,...,,,}.||}})).,|||||||........}}}}}}}..}}...,,),))))}}))},})))|((((((((.......))))))))}..,,))))))))})),.......}}}}}},,,..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_130783.5 NCBI
AGCUGCCGCCGGCGUCGCGGGGCUCCAGGCUGCGGGGCGGACGUAGCGC… 4557 nt 0.5695
Summary

Involved in regulation of sprouting angiogenesis. Predicted to be located in membrane. Predicted to be active in plasma membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the TSPAN18 is a migrasome-related gene allocated to a kinetic pattern associated with lysosome and autophagy functions, showing decreasing expression along macrophage pseudo-time in cardiac Cd45+ cells from AMI-induced models [Zhu et al. DOI:10.3390/biomedicines12071626].