Basic Information

Symbol
TSPAN31
RNA class
mRNA
Alias
Tetraspanin 31 SAS Sarcoma-Amplified Sequence Tetraspanin-31 Tspan-31 Sarcoma Amplified Sequence Transmembrane 4 Protein
Location (GRCh38)
12:57738013-57750219
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005981.5
Sequence length
3678.0 nt
GC content
0.4774

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1541.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1599.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 601.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((.(((((((((........))(((((...)))))((((((((((((((.(((((..(((((((((.(((((.((.((.((((((.....)))))).)).)))))))...((((.(((((.(((((((...((((..(((.((((...(((((((.(((.((((.((((...(((((((((.....))))))))).))))))))))))))).(((((.(((...((((...((((((((((.....(((...(((((((((...(((((........)))))....)))))))))...)))))))))))))...))))...))).)))))....(((((((.((.(.(((((((.(((((((..........)))............(((((((((.((.((((......((((((....(((....))).....)))))).)))).)).)))))))))...)))).))))))).))))))))))...(((((.(((((((...........))))))).....)))))..(((........)))))).)))).)))....)))))))))))))))).)))).((((...(((((....)))))..))))((((........))))........))))))))))))))..))))).......))).))))))........)))))))...((((...(((((((((((((((((.(((((((.................)).).))))))))))))))))......))))).)))).(((((((((((((((((.(((((((.....)))))))(((..((((.....))))..)))...))))).((((((((((....(((((.......)).)))...)))))....(((.((((((..(((((.....(((((((.((((...(((.....(((((........))))).....))).((((((...(((((((..(((.((((((.(((........)))..).))))).)))..))))))).))))))(((((.....)))))...............)))).)))))))..)))))..))))))))))))))..((.........))..(((((...((((((.....))))))...)))))))))))))))))..............))).)))........(((.((((((((((.((((((.(((.....)))(((((((((((((((((((((((((((.((((..(((..((((((((.(...(((((((((((.(((((.((((((((((((((.(((((((((...(((((((((((((((((((((((.((((((.(((((((((((..((........((.(((((...))))))))).))))))))))))))).........(((((((...(((((((...((((((((....))))))))...))))))).((((((......))))))........(((((((((......((((((((((....((((((..((((((((((((...((....))))))))((((((.(((((((((...((((.........)))))))))))...((((((((((((...(((((((.(((..........))).)))))))......)))))).......((((.((((.(((((........))))).)))).))))((((.........)))).(((.............)))..))))))..(((((.......))))).)).))).)))...((((((((.(((((..(((((....(((.(..((((((((.((((((.....))).((......(((((((.((....(((((((.....)))))))...)))))))))....))....))).)))))))).).)))......))...)))..))))).))))))))...(((((.((((.....((.((...((((.......))))....))))....))))))))))))))).))))))..)))))).)))))))))))))........((.((((((...)))))).))..)))))))...(((((((((((((.(((.....((.((((((..........)))).)).)).....))).))))))((((((((((((((.(((.(((((((.(((((.((..(((((((((((((((.((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((....((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((..(.(((((.(((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((.(((.((((((((..(((..(((((((.((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.(.(((((..((..(((((((((((((..(((.((((......(((((.((((...(((((((((........))))))......................(((((((((.(((....))))))...((((((((.......((((...((((........(((((((.((...((((.((((((((((.(((....))))))))((.((...((((..((((((((........))).))))).))))...)).)))))))..))))....)).)))))))...((((..(((((..((.((((((((((((((((......)))))).((((((.((((.(((((.......))))).)))).))))))....((((((((((((..(((.((((.(.((((......(((((((((..((......))...))))))))))))).).)))).)))..)))........))))))..)))....))))))))........)).))..))))).)))))))).)))).....)).))))))....(((((..(.....)..))))))))))).))).)))).)))))....)))).))).))))))).....))).....)))..((((((((....)))))))).((((.((((((..(((((((.............))))))))))).)).))))...((((((((....))))))))...))..))))).).)))))))))))))))))))))))))))))))).)))).)))))))..))))))))))).))).))))))))).))))))))))))))))))))).)))).))))))))))))))))))).))))).)..))))))))))).))))))))).))))))))))))))))))))....))))))))))).))).)))))))))))))))))))))))).))))))).)))).))))))))))))))).)).))))).))))))).)))))))))))))))))....))))))))).)))))))))))))))))))))))...))))))))).)))))))))))))).))))).)))))))))))...).))))))))..)))..)))).)))))))))))))))))))))))))))......................................................)))))).)))))))))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{(,(((.(((((((((,,,.....,,{{{{{...}})))||||||{{((((({.{(({{,{(((((((((,((((,{((.((.((((((.....)))))).)).)))))))...((((.(((((.(((((((..,((((,,(((.,((({...||}}.{||{{.((((,({((...(((((((((.....))))))))).)))))))))))))||,(((((.(((...((((...((((((((((.....(((,..(((((((((.{{(((((........))))).}}.))))))))).,.)))))))))))))...))))...))).)))))}|..{((((({.{{.(.(((((((.(((((((..........))}............{((((((((.((.((((......((((((....(((....))).....)))))).)))).)).)))))))))..})))).))))))).)}}))))))}|{..{{{{.(((((((...........}))))))...,,,,,,},,{|{........)))||}.||||.,,)}},.)))))))))))))))).)))).,{((,,.(((({....)))))..)))}((((........))))........)))))))))))))})}))),|.,,,...|||,}||}}}.,,,.},.)))))))...(((,...,((((((((((((((((.(((({{,......,..........,}.).))))))))))))))))...}}}},,,,})){(.(((((((((((((((((.(((((((.....)))))))(((..((((,...,))))..)))...})))}.((((((((((....(((((.......)}.)))...)))))....,,{.((((((..(((({|....(((((((.((({...(((.....(((((........))))).....}}}.((((((...(((((((,,(((,({{{{|,|||,,....,,|||,,|.}}))).))),,))))))).))))))(((((.....)))))...............}))).))))))).,)))))..))))))}},)))))..{{.........,,..(((((...((((((.....))))))...))))))))))))))))).)}........,,.,)),))}........{((.((((((((((.((((((,(({.....||}(((((((((((((((((((((((((((.((((..(((..((((((((.{...(((((((((((.(((((.((((((((((((({.(((((((((...(((((((((((((((((((((((.((((((.(((((((((((.,({(.{{,...,,}|||||,|{||...,))..))))))))))),|{{,,....,{{(,,,((({{((((((((...((((((((....))))))))...)))}}}|{((((,(.{{...,,,))},)))))}.{((((((((......((((((((((....((((((..((((((((((((...((....))))))))((((((.(((((((((...((((.........)))))))))))...((((((((((((..,(((((({.{{{..,,......}||,}}})))).....,)))))},......,,{,.,{{,.{((((........))))).)))).}))}{(((.........)))}.(({..........,,.))).,))))))..(((((.......))))).)).))).))).,.((((((({.{((((,,(((((....(((.,,.((((((((.((((((.....))).((....,.(((((((.{(....(((((((.....)))))))..,}})))))))....))....})).)))))))).}.))).....}),...))).,)))))})))))))).,.(((({{((((..,,,((,({...((((.......))))....)})).,,.))))))))))))))).))))))..)))))).))))}))))))))........,,.,,,||}}}}))))))}))..,|||,,,...}}}..((((((((.(((.....((.((((((..........)))).)).)).....))).)))))))|((((((((((((.(((.(((((((.(((((.((..(((((((((((((((.((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((....((((((((((((((((((((.(((((((((.(({((((((((..(.(((((.(((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((.(((.((((((({.,(((,.(((((((.((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.(.(((((..((.(((({(((,......,,..))))},}.||{(((((((.,,..,{..((((((........)))))),))}}))),..,,..,,,......{{{.{{((((((.,..(((({.,((((.,{((((((...,{((,.,(((({..,,,,.(((((((.((...((((.({(((((((,{(((....)))))))){(,({..,((((..({((((({........))}.})))).))))...}}.)))))))..))))....)).)))))))..{((((..(((((..((.((((((((((((((((......)))))).((((((.((((.(((((.......))))).)))).))))))..,,((((((((((((..(((.((((.(.((((......(((((((({..((......))...))))))))))))).).)))).)))..)))........))))))..)))..},))))))))........)).))..))))).)))))}))}))))}...,||,(({(((,(({(,(,({{....}}}..,}))),)}},})))))..,,)),...})))))).)))))))))..,...)))),...{(((((,....|})))))}))).)))|||{||,{(((((..(((((((.,...........)))))))))))},},|}}},}}((((((((....))))))))...))..))))).).)))))))))))))))))))))))))))))))).)))).))))))).,))))))))))).))).))))))))).))))))))))))))))))))).)))).))))))))))))))))))).))))).)..))))))))})).))))))))).))))))))))))))))))))....))))))))))).))).)))))))))))))))))))))))).))))))).)))).))))))))))))))).)).))))).))))))).))),))))))))))))},,.....)))))).)))))))))))))))))))))))...))))))))).}))))))))))))).))))).)))))))))))...}.))))))))..)))..)))).))))))))))))))))))))))))))).,,.|,,,..............................................}))))).)))))))))).))}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330168.2 NCBI
AUUGGGUUUGGCUGGCCUCGAUUUAAAGAGACAGAAGCUGUCGGGGUCC… 3429 nt 0.4751
NM_001330169.2 NCBI
AUUGGGUUUGGCUGGCCUCGAUUUAAAGAGACAGAAGCUGUCGGGGUCC… 3692 nt 0.4775
NM_005981.5 NCBI
AUUGGGUUUGGCUGGCCUCGAUUUAAAGAGACAGAAGCUGUCGGGGUCC… 3678 nt 0.4774
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the transmembrane 4 superfamily, also known as the tetraspanin family. Most of these members are cell-surface proteins that are characterized by the presence of four hydrophobic domains. The proteins mediate signal transduction events that play a role in the regulation of cell development, activation, growth and motility. This encoded protein is thought to be involved in growth-related cellular processes. This gene is associated with tumorigenesis and osteosarcoma. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.