Basic Information

Symbol
TUB
RNA class
mRNA
Alias
TUB Bipartite Transcription Factor Rd5 Tubby Bipartite Transcription Factor Tubby Protein Homolog Tubby (Mouse) Homolog Tubby Homolog (Mouse) Tubby Homologue Tubby Homolog RDOB
Location (GRCh38)
11:8019244-8106243
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_177972.3
Sequence length
6445.0 nt
GC content
0.5170

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2356.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2471.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1833.45
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003320.5 NCBI
CUUGAGGAUUCAGUCUGGUCCUGAAGGGUUUGGGGGGAGACUGCGACCA… 6551 nt 0.5037
NM_177972.3 NCBI
ACUCCCGCCUUGGCGCCAGAGGGGCGCGGGACGGUGCGGUCGGCCUCCC… 6445 nt 0.5170
Summary

This gene encodes a member of the Tubby family of bipartite transcription factors. The encoded protein may play a role in obesity and sensorineural degradation. The crystal structure has been determined for a similar protein in mouse, and it functions as a membrane-bound transcription regulator that translocates to the nucleus in response to phosphoinositide hydrolysis. Two transcript variants encoding distinct isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.