Basic Information

Symbol
TUG1
RNA class
mRNA
Alias
Taurine Up-Regulated 1 NCRNA00080 LINC00080 FLJ20618 Taurine Up-Regulated 1 (Non-Protein Coding) Taurine Upregulated 1 (Non-Protein Coding) Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 80 Taurine Up-Regulated 1 Protein Taurine Upregulated Gene 1 Non-Protein Coding RNA 80 NONHSAG033691.2 HSALNG0134930 TI-227H TUG1
Location (GRCh38)
22:30969245-30979395
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001396518.1
Sequence length
7474.0 nt
GC content
0.4312

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2141.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2283.42 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1938.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.((.(((((.(((..((.((((....)))).))..))).))))).))))))))(((((.....((((((......(((((.(((...(((((((((((.(((((.(((....))).)))).)..)))..)))))))).(((((((((....)))))))))))))))))((((((((((....(((((((...(((..((((((((.(((.((.((((.(((.(((.((((((((((.(((...((((((.((((.((((((((.((((((....((((....)))).....)))))).....))))))))....((((((((..(((((.(((((....)))))))))))))).)))))))).))))))))).)))))))))).).....)).))))))).)).)))((((((((((.(((((........))))).).)))))))))..)))))))).....))))))))))))))))))))))))))((((((.(((.....((((.....))))...)))...))))))...(((((((.......(((((....)))))))))))).)))))(((((((((((.(((....(((..(((..(((((((..((((((((((((((((...((((.(((((((((((((......).)))))))))).....(((((.((((((((((((((.(((((((((........)))))........(((((((((...)))))))))(((((....(((((.(((....))).))))).........((((((.......))))))(((((((((((((((..(((((((.......))))))).))))))...(((((....)))))..(((((.((((((((......)))))))).)))))....((((((((((((.((..(..((((..........))))..)..)).)..))))).)))))).))))))))).)))))((((((..............))))))......)))))))))))))))))).)))))(((......))).(((((.........))))).(((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.(((.....(((((((..((.(((((((((....(((((((((..((((.........))))..)))))).)))...)))).))))).)).(((((((.((((((((((.((((..(((((((........(((((((((((........))))))...........(((.............)))......))))).......))))))).))))))))))..................)))))))))))........((.((((((((((.......(.(((.(((....((.(((.(((((....(((((((.(((((.((....)).)))))(((((((((..(((((.(((..((((.(((.(....).))).))))..))))))))...((((.((((((((....((((((((........((((((((.(((((((((.((((.((((((((((((...(((.((((...(((((((....((..((((.((((....(((..(((.....(((((((((((......(((((.........))))).....((((((((...(((((((....((((.((((.((.((..(..((((.(((((...((..((.....))..)).)))))....)))).........(((((..((((.((((....((.((((((((((((.........)))))))))))).))))))))))))))))..)))).)))).))))....)))))))..))))))))((((......))))...(((((((.((((((((((((.......))))..........)))))))).............((...((((((....))))))...)).)))))))..)))))))))))....))).)))((((..((((((.......))))))..))))...........)))).).)))..))..))))))).)))).)))..........))))))....((((...((((((((..........((((..((((.((((....((((((((.(((((..((((.((((((((((.((((.((((((((..(((((.(((((((((((....((((..((((....(((((.(((....)))......((..(((((...(((((...........))))).)))))..)))))))...))))..))))...))).))))))))..))).))..)))))))).)))).)))))).)))).((((((......(((((...((((((((.((.(((((((((.(((...((((........))))....)))....(((((((.....((((((.(((((((....)))))))(((((.........((((......((((((((((..(((((.(((.(((((((...((((..(((((((.......(((((((........)))..))))...(((((...(((((.((......)).))))).))))).....((((((..(((........)))))))))..((((((((....(((((......(((((......))))).....)))))....((((.(((.(((....)))..))).))))....)))))))).))))))))))).......(((((((....)))))))............((((.((((((((......(((((..(((.....(((......))).....)))..))))))))))))).)).)).((((........(((..(((((((((((..(((((((.....))))))).)))).))))))))))....)))).(((((......))))).......))))))).)))(((((((....(((((..(((...(((((((((...((((......((((....)))))))).)))))))))..))))))))...))))))).))))).)))))))).)).....)))))))))....))))))...)))))))....((((.((((((((....)))))))).))))...(((((((((((((((((..............)))((((((.((.((((..(((.((((((...((...(((.((((.(((((.((((((...............))))))...))))))))).)))..)).)))))).)))..).)))..))))))))....((((((((..........))))))))..(((((((((.((((.((.(((....)))..)).)))).).)))).))))..((((((...))))))....))))))))).)))))....((((((.(((((((((..((.((((((.((((((.(.((..((((((......))))))....((((((((((((...((((((((......(((...((((((((((((((((((....))))))))).....))...))))))))))....)))))))).....(((((((....))))))).......)))))).))))))(((((.((((((((...(((..................((((.......))))....((((((((((......)))))...((...((((...))))..))......)))))..........(((((....(((((........))))).))))).((.((.((((....)))).))))....)))..)))))...))).)))))..))))))))).))))))))(((((...)))))((((.(((((((((((((((((..((......((.((((....))))))......))))))))))).........((((((..(((((....((((((((((.(((((..((((((.((((.......((((.(((((.......((((........((((.((((...((((((..(((((...)))))...)))))).)))).)))).........))))..))))).))))((((....))))....................((((((((((....((((........((((....))))........)))).......))..))))))))..........((((.........)))).....))))...)))))).............(((((....)))))))))).))).......)))))))...)))))..)))))).))))))))...)))).((((((((..(((....)))...))))))))........(((((((.......)))))))))))))))).)))).))((((..((((.((((.....)))).))))..))))(((((((((.((.....))...(((((((((((((........(((((........))))).((((((.(.((.(((((((.(((((((....))..))))).))))(((((....)))))..((((((.........((((......))))........)))))).....))).)).).))))))..((((((.(((.......))).)))))).......(((((....(((....))).)))))))))))))))))).((((.....)))).((((((((((.((((.(((.........)))..)))).)).))).)))))..................(((((..(((((..((..((((......))))..))...)))))..)))))......))))))))).)))))))))..)).))))))))..(((((((.....((((...(((...........)))...)))).....)))))))(((((.......)))))..))))).((.(((((((((....((((((..((..(.....)..))..))))))))))))))).)).(((((...........)))))..............))))))...........))))..))))).))........)))))).))).).))))))))........))))))))....)))).......(((((.......)))))..((((((......))))))((.(((.(((...((((((...)))))).))).))))))))))).)))).))))))))).))))....)))).((((.(........).)))).....)))))))))))).)))).))))..........)))))))))...)))))))...))))).))).))...))).))).)..(((((.......)))))........))))))))))))............((((((((((.............)))))))))))))))))......)))..))).)))))))......)))))..((((((......))))))...(((......)))(((((...)))))...(((((....((((((..((((((((....((((((((..(((((((...((((((....))).)))))))...((((.(((.(((......(((......))).(((((......)))))((((((................)))))).(((((......)))))..))).))).)))).)))..))...))))))...))))(((.........))))))).)))))))))))...))))))))).((((.((((.((((..((....)).....)))))))).))))....(((((..........))))).............................))))...)))))))........))))))........((((((((.......))..)))))).....((((((((((..(((.(((((((((((....))))).)))))).)))..))..)))))))))).))))...))........))))))))))))))..)..)))))).....)))..)))..)))))))).....(((((((((((((.............((((((((((((((((...)))))).............((((..(((((.((((((((......((((....(((((......((((((((..(.....)..))).).))))..(((((..(((...((((.(((.(((..(((((((....(((((((.......)))))))((.(((((((((((....))))))....))))).))...((((.((((...)))))))).......(((((((.((..((((((((((((((.((((((((((((((((((.(((((((..................))))))).))))))...(((...................)))))))).)))).))).))....)))))))))....)))..)).)))))))......))))))).))))))..)))).))))))))((((((((((.((....(((((((((((((....(((((..((.((((((((((((.(.(((((.............))))).))).)))...))))))).)).................)))))....)))))))((((.(((((....))))).))))..(((((((((..(((.....)))..)).)))))))(((((((((..........(((((((((((((...(((((((....((..(((..........)))..))....)).))))).))))))......(((((((((..((((......(((...)))...((((......))))..(((((((((.....((((.((((((..(((...((((((((((........)))))......................)))))...))))))))))))).....))))))))).))))..))).))))))))))).......((((((...)))))).................(((.((((..........)))).)))..)).........))))))))).............((((.(((..(((((.......)))))))).))))))))))..(((((.((.((.....)).))(((((...(((((((.......)))))))....)))))...)))))...)).)))))))).))....)))))....)))).....)))))))).)))))..))))....))))))))))(((((........)))))....((((((((((.((....)).))).....)))))))...((((...))))........)))))))))))))..........))))))...(((.((((((((((((((...)))))))....))))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.((((((.((.(((((.(((..((.((((....)))).))..))).))))).))))))))|(((((.(((((((((......(((({{(((...(((((((((((.{((((.(({....})).)))).)..)))..)))))))).(((((((((....)))))))))))))})}}((((((((((....(((((({..,(((.,((((((((.(((.((.((((.(((.(((.((((((((((.(((...((((((.((({,((((((({.((((((,{.,((((....))))..,.,))))))...,,)}))))))...{((((((((..(((((.(((((....)))))))))))))).)))))))).))))))))).)))))))))).))....,}.))))))).)).))){(((((((((.(((((........))))).).))))))))}..)))))))).....))))))))))))))))))))))))))((((((.{{,.{{{.((((,...,))))...)))...))))))...,.(((((((.....))))))).|,{,(({{,((({{.{(((((,,,{({{,.|.{||||||,...))},,}}))).),}))))))))))),)).))).))}}..,(((((((((((......).)))))))))).....(((((.((((((((((((({{((((((((({{...,..)))))........(((((((((...)))))))))(((((....,{{{{,({,,{{{||,.|||}}||||,,,.,{|||||.,,,...))))}}(((((((((((((((..(((((((.,...,.))))))).))))))|,{(((((....)))}}}}|{(((.((((((((......)))))))).)))},....((((((((((((({,{{(.,((((,,....,,,,)}}}..}}})}.)},}))))))))))).})))))))).)))))((((((,.............))))))......)))))))))))))))))).))))),......(((...(((((.,.....,.)))))})),,..})).))))}|{{,{{{{((.((({(((((((((((((((((({((((,,,({{{{{....((((((((((((((((.(((((,,,..,,,|}|.{((((,.(((((((((((((((((((((((({{{...((((((..(((({({((((..(((((((........(((((((((((........))))))...........(((.............)))......))))).......))))))).))))))))))))))))....||.....((((((((((((.((..((,,({(|,.(({({{.......})}}...}}....}}})))..))..))))))))))))(((({.,(,,..|}.}}}}}.,(((,..|}}(((((.(((..((((.(((.(....).))).))))..)))))))).{{((((((((,{.(({.{(((((((((,.,{{{{,,,,,.|||||||{|||{..(((((......))))).,,,,,....,{{{{{(((({|{{{,|{{,{{{{,{||||||||.,,,||,,,,}.|||{|{||||,}}}.,|||.||}}},,,,.(((((.{.((((.(((((..,.(((....))).}}.))))).)))).).)))))})))))),)),.},})))}}.,}})},)))))))))),.........}}))))}(((..(((,,((((.,,.,,.((((((((((((.........)))))))))))).))))))))))}))((((.{((...))))))).)))))).}...))))},,,..((((......))))...,{{{(((((({,((({({({{{,....}}},,,,,,..{....|,,|}}}.....,...,},|,...((((((....))))))..{||{,,,,...}})),|||{{|||,...,,||}}||||,....,,((,.,,{{{||||||{{||||{,|,...,......}}}.}}|,,.,}}}||}|||||{|}|(((((..(((((.{({,{(((........}})|((((......((({.(((((((((,...|})}.,,.(((.((((((((,,..((((((((((((.{(((((((....,....((((,.(((..(((((..........)))))..))).}.))))...,..)}))}..((..(((((...(((((.{{,...,}}.))))).)))))..))((((((((((({{..((((((((..(({{.{((((((({({,.....||||||,|{({{..,{,,((((((.(.((((((.(((((...((((((((.((.(((((((((..,,{{,((((....{,,((((((((.,{((((((((((((.....((((((.{((((((....))))))|(((((.........((((......((((((((((..(((((.(((.(((((({...((((..(((((((.......(((((((........)))..))))...{((((...((({{,{(......)).})})),))))).....((((((..(((........)))))))))..((((((((....(((((......(((((......))))).....)))))....((((,({(.(((....)))..})).))))....)))))))).)))))))))))....,..(((((((....)))))))............((((.((((((((......(((((..{{{.....((,......,}}.....}))},)))))}))))))}.)).)).((((........(({..(((((((((((.((((({({.....})))))).)))).)))))))))}....)))).(((((......))))).......))))))).)))((((((({{..(((((..(((...(((((((((...((((......((((....)))))))).)))))))))..,)))))))}}.))))))).))))).)))))))).)).....))))))))),...))))))...)))))))....((((.((((((((....)))))))).))))...(((((((((((((({{{..............}))((((({,((.((((..(((.((((((...{{.,,(({.{(((.{((((.((((((.,.,.,...,},...))))))...))))})))},)))..},.)))))).)))..}.)))..))))))))....((((((({..,,....,,))))))))..(((((((({.(({(.((,(((,,..}},..)),)))).,.}))).))))..{(((({...}))))}....)))))))))}}))))......((((.(((((((((..{(.((((((.((((((.,,((..((((((......))))))....,{((((((((((...((((((((....,.(((...((((((({{(((((((((....))))))))).....}}...)))))))))),...)))))))).,...(((((((....))))))).......)))))).))))||(((((.({{(((((({,({(......,...........{{{{,,...,.}))}....({(({{((((......))))}...({.{.(((,...}))).,))......))))).....,,..,|,.|||,..{((((........))))),||||{{({.{{.{|||,...)))).}),,....,,,,..}}}},,.,}}.))))),.))))))))).)))))))}(((((...)))))(({{.((((((({(((((((({..((......(,{((((....))))))......))))))))))).........{(((({..{((,({...((((((((((.(((((..{(((((.{{{,......,{{{{.({{{,............,,.....,{||,|{{{...((((((..(((((...)))))..}}})))).}}},.||||......,}|)|,...}})}}.,}}|((((....)))}}...................((((((({{{,,..((((........((((....))))........)))).......}}..)))))))}...,.....}}}}}},.{{{{{{.||....,})))),..)))))}.,,...,},....{{{||,...)}))}))))).))).......)))))))...)),))..}))))}.})))))))...))}).((((((((..(((....)))...))))))))........(((((((.......)))))))))))))))).)))).{((((,.....,.,))))}..{((......))}|((((.........,.....))))}.(((((((((((((,,,,....(((((........))))).((((((,(.({,(((,{{{.{{{{{,,...,},,,),,,)}))..{|{{{.,,.))))}..{{{(((....,,,..{{({......}}}|,,......}}}))),,,,|}}}.})}),}}}}},..((((((.(((.......))).))))))...,}..{{{{{....,,{....,}}.}})))))))))))))))).{(((.....)))}.((((((((((.((((.(((.........)))..)))).)).))).)))))........))))),.)))))))).,,,.....((((((,,.,,}||{|}}.,}|,..,}}.,},.})))},...,,,}}),..,,)))))))))..)).)))))))).,(((((((..,{{({{{...{((,..........}})...)))).,,,,)))))))|{((((({((.{{{|,,,|||{,...,.(((((((((....((((((..{{,.,.....),.}}..))))))))))))))).|{{((,,,{({{{.{{{{{|}|||.........,,,{{{(({..((((((((..{{{.{{((({{{{......,{{{.,,},.}}}},..,{.{|||.....{.{{{{{{.|,,..,,{{{,,.....}||,,,...}}}})),),..||||{|.,,.,{||||||{{.((({((,...((((((...)))))).|||.,|||}||||||..,,|,|,...,|||,,.,,.....,,}}||{{.{,,,...,.),)})),.,}}},,,,(((((((({.,...........,{{{{..,.....)}}}}...))))))))).,.)))}}),..}}}|)}}}}}}.}||}}}))})),.)))..))}}}}))))))}},|||........,}..((((((((((..,{,....}}..)))))))))),,,..{||}|,....,},,}}|||}|||,.,.}},..,,,,.,,,,,|,}}}},)))),)}}}},,.}}}}}..}||||{,,.||}}}...(((((....((((((..((((((((.,..((((((((..(((((((...,{{{{|....}}|.||||||,...,{,,.,.||{|,....,.{{{,.....))){(({,,......,,},|(({,,........,|{||||..||,,..,}))}},},}}}))))},|}}},}}},)))}})))..))...))))))...))))(((.........))))))).))))))))))).....,....||}}}.)))}}}}}}}}}}}.)))))).}.}}}))),..,,,}|||,.,{((((,.........)))))},,...,,,,,}},,........,}}}}........((((.....)))){{,{((((((((.{{,{{,((((({.....,||,.,}}}|,,,|,,}})|,}.....,}}},}|)))}|||,))})},,.,)))))).)}}...{((((.(((((((.((((((,..........,)))))))))))))))))))),.))))....)))))))){((((((,..{{.....}).}.))))))),|,,,,,,,,..,,,|,|,....((((((...))))))...{{.{{..{{{{{(...,{{,,..,(((((.........))))).|||||,.....((((((((..,....,}..))).},})))..{{{{{{{..,...))),)))).||{{{((((({{...((((((((.,.....))))))))...|||,,,,,||.{{((({((.(((.,,,,,,,|...|}|,,}}|.....,{.(((((....))))).}}.,,....,.((((((.(((.....)}|.}},}}}|,((({((({,.,,|}}}}},..........,))),))})))))}})))}})},.........)}})}}.,))}),)),,)))))))))).......,))).)))))))))))).|,,))),....,})))))).....))))))..})))......))))),,.)).)))))..)))))..,.........{(((.{{({,,,,,,,)})),)))},,,,.,,}}}})},,,,})))),}}))),)},,))))))|,|},},.||||,}..,,,,,})))...),)))))}(((((.(((((....))))).))))).(((((((((..(((.....)))..)),,))))))((((...))))))))))))))))).))))))))..{{.{{{({,..,,.|||,..{{{({,.,((((((((((((((({||,..,,,{{{.||,,..{{{{,(({{(((({(........)))).)}}|}))).}}}}|}}.}}|..,,,.,,.....,..(((((({....|}))))|{(((((((((((((((.....,,................{((((((.{{{{..,|{,|{{{,{{{{{.{||.,,......))).}.)))),,,)))}|||.......((((({...})))))...........}}}...(((.((((..........)))).)))....}}...))))...)))))))}))))))))}}}}))))}))).))))))))..})))))))))..,||{((({...)))))}|,.{{...,,)},}}},))))},..|}}}},......}))))))))))))))),..,})))))).,},,..{{(((((((...{{((,({(((((((.(((((.(((.((((....(({{...{{((((.(((...(((({{.....|{{,((({{(.{,,,,....,,)}))}}.))))))..))),).))))))}},..))))))).))))).)))))))}.)))),)))))).))}}))...{((.((((((((((((((...}))))))....))))))).))}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001396518.1 NCBI
GAGCGACGCAGCCGGGACGGUAGCUGCGGUGCGGACCGGAGGAGCCAUC… 7474 nt 0.4312
NM_001398476.1 NCBI
GAGCGACGCAGCCGGGACGGUAGCUGCGGUGCGGACCGGAGGAGCCAUC… 7544 nt 0.4303
NM_001398477.1 NCBI
GAGCGACGCAGCCGGGACGGUAGCUGCGGUGCGGACCGGAGGAGCCAUC… 7488 nt 0.4312
NM_001398478.1 NCBI
GAGCGACGCAGCCGGGACGGUAGCUGCGGUGCGGACCGGAGGAGCCAUC… 7405 nt 0.4304
NM_001398479.1 NCBI
GAGCGACGCAGCCGGGACGGUAGCUGCGGUGCGGACCGGAGGAGCCAUC… 7419 nt 0.4304
NM_001398480.1 NCBI
GAGCGACGCAGCCGGGACGGUAGCUGCGGUGCGGACCGGAGGAGCCAUC… 7599 nt 0.4311
Summary

Predicted to enable cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to act upstream of or within several processes, including mitochondrion organization; photoreceptor cell development; and spermatogenesis. Predicted to be located in mitochondrial membrane and nuclear membrane. Predicted to be active in nucleus. Biomarker of Huntington's disease. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice and ex vivo human PBMCs demonstrated that the TUG1 is upregulated after whole-body irradiation and serves as a biomarker for radiation exposure [May et al. DOI:10.1016/j.trsl.2021.02.005]. In forensic contexts, research in human endothelial cells indicates that the TUG1 is activated by hypoxia and is implicated in injury time estimation for wound age determination [Li et al. DOI:10.1093/fsr/owad003].