Basic Information

Symbol
UBAP2
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Associated Protein 2 KIAA1491 RNA Polymerase II Degradation Factor UBAP2 Ubiquitin-Associated Protein 2 BA176F3.5 FLJ22435 UBAP-2 AD-012 Protein
Location (GRCh38)
9:33921691-34049420
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001370062.2
Sequence length
4275.0 nt
GC content
0.5163

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1357.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1434.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1139.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((....(..((((((.(..(((((((.((.(.((((((.....)))))).).)).))............((((((..........))))))((((((...(((.....)))....)))))).....))))).).))))))..)....)))((..((((((.(((.........................(((((.((((..(((((((((.(((((.((...(((..((..(((((.(((..((((((((((((((...(((((..........))))).(((((((((((((.((((((.(((((((((((((((.(((((((((...((.((.(((((.((((.....(((............))).(((.....)))...)))).))))))).))...))))))))..........(((((((.......))))))).......(((((((((((........((((.(((..(((..(((((((((...((((........((.((...((((((((((((...(((((((((((.......((((.......((((.(((((....)))))((((((............((.(((......)))))((((((.(((((((((((.((((((((((...((((.((((((((((..(((((((...((((((((((((((((((..(((.....((((.....))))...(((((((.((((.........((.((((((((((((((..((..((..((((..((((((.((((((((((...((..(((.........((((((((((((..........((((....))))(((((((((.((((.....(((((.((..((.((((.(((((....(((((.(((((((((((.......)))))))))))(((((..(((((((((((..((((......))))..))))....))))..)))..)))))......)))))....)))))..)).)).))...)).))))).)))))))))))))............(((((((((.....)))))).))).........................)))))((.((..((((((((..((((....((..((((((...((((......(((((..............)))))(((((((((.(((((((.....(((....))).......))..)))))))))))))))))).))))))..))...))))(((((...((.....))...))))).........(((((((((...((......))...))))).))))((((..........)))).....))))))))..))))..(((((...)))))...........))))))).......)))..)).)))))))(((.(((.(((..(.((......))...)..))).)))...)))((((.((((((((((..((((((....))).))))))))))........))).)))).)))))))))..))))...))..))...)))))))))))).)).))..............(((((.(((.....))).))))))))).)))))))...((((..((((((.((....)))).)))).)))).((((.((....)).).))).....(((......)))..))).)))))))))))))...........)))))...))))))).)))))))))).....((...((((((.(((......((((((....(((..(((((((..........(((((((((((.(((.....))).)))))))))))........((((((..(((.(((.....))).))).............)))))).........)))))))...)))..))))))......))).))))))...)).(((((((((.(((((..(((....)))..))))).))))..............((((.(((((.((....)).))))))))).(((((((((......))))))))).(((...(((....)))....))).......)))))....))))))))))))))....)))))..))).))))))))).(((........)))...(((....))).))))))....(((....)))((((.(((.(((((..............)).)))))).))))..))))..)))).........))))))).))))..)))((((((.((.(((.((.......)).)))...)).)))))).)))))))))..)).))......))))((((.....((.(.(((((((.(((((((.....(((.(((...(.((((((((.(((((..(((((((.((.(((.((((((...(((((((.((((((((((((((.((((...(((((.(((((((((....(((...((...))...)))...((((((((............))))))))...)))))))))..............((((((...(((((....))))).))))))...((((..((((......))))..)))))))))......((((((((((.(........(((((((.....((((......))))(((....))).((.((((((((...))).....))))).))..((((..(((.....((.(((..(((((.....((((.....)))))))))..))).))..((((.((....)).))))........))).)))).....((((((...((((.((((((((((((...(((....)))....(((((((((((.((((..........(.((.((((((.((((((((((((((((((....((((.((((((..((((...((...))....(((((((........))).)))).............((.(((((.......))))).))..))))...((.((((((.....))))))))...))))))))))...((((....))))...)).)))))))))))).....((((((.........)))))))))).)))))).)).)...)))).)))))))).....)))...(((((((..........)))))))..(((((......)))))..............))))))..)))))).))))..((((...(((..((((((((((..((.((((((((.((..(((((...))))).((((((((...((((((.(((((((...((((((.....((((((((.((.....(((((((..........))))))).........))...))))))))....))))))...))))..))).)))))).)).)))))))).)))))))).))..............((((...)))).(((((....((((...........))))..))))))))))))))))))..)))).....))))))(((((((..(((..(.((.(........).)))..)))..))))))).)))))))).)).)).).)))))))))))).)))))).)))..)).))))))).)))...))).)))...)).)))))))........(((..(((((.(((((..((((((((((..(((((((((.(((((((.(.....).)))))))....)))))....))))..))))......((.......)).))))))....(((((....)))))))))))))))...)))(((((((..(((....))).)))))))..))))).)))))))).).))).)))))))).)).)))))).).).))...))))...))))))))))))..))))))).....))))))))))))))))))).....))))).)))..))))))((.((((......)))).)).))))))).......)))))).........((((((((....(.((.((...)))))..))).)).)))(((.(((((((...........))))))))))((((((((.(((((.(((.((((.......)))).))))))))))))).)))............))))))))))))))(((......)))...........))).)))))..))...))).)).)))))...))).)))))))))).)))))(((((....((...((((((....))))))..))...)))))........)))))))))...))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((,((((,..((((((({{(,{{.((.((.(.((((((,...,)))))).).)).)),............(((.(((((......))))).}}}{{{.,,.(({.{{{{.{{{(((|,,|{{{...,)))|{.(((((|,,({{,..,,.....}})).|.}))}}..,,.,{{{,(((((........))))).{{({,....|)}|....,,|}}}}}})))).}}}}.}}},,..||..((((((((((((((.,.{((((..........))))).{((({((((((({.{(((,,.(((((((((((((((.,((((((((...((.{.((((((.((((.....,,{...........,)||{((......))),,.)))).)))))),.})...))))))))..........(((((((.......))))))).......{((((((((((.....,,.{{((.(((..,((..((((((((({..((((........{{.((...((((((((((((...(((((((((((.....((((((..,....,((..((({{,,,.}}}},{((({,.....,,,,...((.(((......)))))((((((.(((((((((((.(((((((((({.(((({,((((((((((..(((((((((.(((((((({{{,,(((((,,{((...,.((((.....))))...(((((({.{(((.....,...{{.({{(((((((((((..((..((.{((((..((((({,((((((((((...{{..(((......,,.(((((((...{{,...,,...{((((....))))|{{{{((((,((((.....,{{{(,((.,((.(((,.{{{{(,,,,({(({.(((((((((((.......))))))))))){{({{..({{((({((((..((((......))))..))))},,.,}}}..))|,,||}||,...},))))),...|||}}..}},)).})...}}.}}|||.}}}}}}}}))))}............|,(((((((.....))))))},)},,,,.{{,,,,,{.....,,.,....,((((({,.,{((((({(((((.....)))))}}|,,{,.,,|||,,...,,|||||}},|,.}.,,,..{||,{((((((((((.(((((((.....{{,....}))...........)))))))))))))))).)}))})),..}||.,)))}|||{{,,,{|,,.,,}}...|||||{......,.{({,(((((...({......}}...))))).)}))||||....,,,}},)),........}}},,..,}},,..{||||,,.})))}...........))))))).,,....)))..}}.))))))){{{.,((.(((..{.({,,,,,,|}..{|,,|},.))),,,,,.||||}||||||{{||..,|}||,..{{|||.....,||,,,.........))}))}).)))))))))..)))),..))..))...))))))))))))}}},{{,,..|,.....,,.{||{|,|{|,...,))),)}}}})))}.}))))))...,,{{,.,{(({(.((....)))).)))|,||||,{((({(,..{{||{,.},,..,.{(((...{{.,,,.}),}.))))))),,,}})}}}}.}}}}}}})})}},.,)))))).)))))))))},,,,}|{...((((({.{((...,..((((((....(((..(((((((......,{..(((((((((((.(((.....))).)))))))))))........((((((.,(({.{((.....}}}.}}}.......,,,...))))))......,}.)))))))...)))..))))))......))}.})))}},,,}}.(({{{((((.(((((.,(((....)))..))))).))))...,..........((((.(((((.{,....}}.))))))))).(((((((((......))))))))),(((...(((....)))....))).......}))},...,})))))))))))))....)))))..})}.))))))))).{{,.,,,,}}.}|}.,.{{|...,})}.}}}}},.{{((((....)))).||.{((,|,,||||............})},,})}},|}|{{{{.........}}})},,,.))))))).))))..)))((((((.{{.(((.({.......}}.))}..,)),)))))).)))))))))..)).||,,,,.,||}}..,,{((((((({({({(.,,,}}},,..((((.((,,...(((((....)))))....},.))..))}}{{(.,(.{(((,..}}|}||||||((((((...((((((((.....{{{(({({{,((((({...|||},.|{},.,,...||,...((((((((............))))))))...}}))))))).......))},})))).))))))(|(((,...}}))),|||.,|{{.{{{{.,|||{.,{.{{{|||,,|,,,|||||{||,...))))}}}))))}......|{{.....},...((((,.,,,,|}||}||}},,}))}}}}})})),||,.,}}|.....,,||||,,..,{{|..,.},}..,},.,})),||||||}.{{({{{...{{||,|{{{|{{,,.......((((.((....)).))))........{{{{{,{{,.((((((.{{({((((({((((({{(((((...(((....)))....(((((((((((.{(((,,......,(({({.((((((.(((((((((((((((({(,,,.(((((((((((..,({{..,((,..|,....{((((((........))).)))}.............((.(((((.......))))).))..))))...({.((((((.....))))))}}...))))))))}},,,((((....))))...)),)))))))))))).....((((((.........)))))))))).)))))),)),,..,)))}.)))))))).....})}...{((((((..........))))))),.(((((......))))),,},....,|....)))}}|,.}})))}{||||{,((({,..{{,.,((((((((((..((,((((((((.({..(((((...))))}.((((((((...((((((.(((((((...((((((.....((((((((.{{.....(((((((..........))))))).........}}...))))))))....))))))...))))..))).)))))).)).))))))}).)))))))).},...{,,........{(((...)))}.(((((....((((...........))))..)))))))))))))))))}..}|||||...||||||(((((((..(((..(.((.(,,...,,|}.}}},.)))..))))))).|,,.||||,{{,.,,}}}|}}}}})}}},}))})))||||||,{,,,}}}}||}}}{{{.((((((((.....)))))))))}}..{{{{..(((((.(((((||{(((((((((..(((((((((.(((((((.{.....}.)))))))....)))))....))))..))))...,,.{{.......)).}))))}....,,||{||..}})),)))))))))),..}}}|,|||))))})}))}.)),)))))))))})))))))))))),}....)))))).))))).}}))))))))),.....,}.,,..,)))))))))))),.))))))).....}))))))))))}))))))).....))))).)))..}))))|((.((((......)))).)),})))))),......}}}))).,.......,,..,(((,.,,,{.,.||},}))),...,,,,.,..,|(((.(((((((.,........,))))))))))|(((((((.(((((.(((.((((.......)))).))))))))))))).)),............)))))))))))))).))).))}.)))}.{({{.........))))},,}},||}||,||.,,,||.......||||||||}}.,,,.,{{|||},,}||...||{(((,...,,}}})}}},...}}}}}........||||,},)))}...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282530.2 NCBI
AUGAUGUUUUAUUUCCAAGCACAUAUCUGAGUUGUAUGUGUGGACAGCA… 2513 nt 0.5468
NM_001370059.2 NCBI
GAGGUCAUCACGGCGCGACGACGAGCUGCAGUUGUGGGCACCUUGUAUG… 4263 nt 0.5149
NM_001370062.2 NCBI
ACAUUGGCAGGUAACGAGCGGCGGCGGCGGCAGCGGGUCUUGGGUCCUC… 4275 nt 0.5163
NM_001370064.2 NCBI
ACAUUGGCAGGUAACGAGCGGCGGCGGCGGCAGCGGGUCUUGGGUCCUC… 4154 nt 0.5173
NM_001370066.2 NCBI
ACAUUGGCAGGUAACGAGCGGCGGCGGCGGCAGCGGGUCUUGGGUCCUC… 4313 nt 0.5166
NM_001370067.2 NCBI
ACAUUGGCAGGUAACGAGCGGCGGCGGCGGCAGCGGGUCUUGGGUCCUC… 4116 nt 0.5170
NM_001370068.2 NCBI
ACAUUGGCAGGUAACGAGCGGCGGCGGCGGCAGCGGGUCUUGGGUCCUC… 4135 nt 0.5207
NM_018449.4 NCBI
GUGACGCGAGGUCACGUGACGGGUUGGGCAGCCUGUGCCGCCGCCGCCG… 4284 nt 0.5161
NM_020867.2 NCBI
UGAUGACUCCGAGUACAAUACAUAUUAUCAAGUCUCCCUUAUUUGUUCC… 4308 nt 0.5204
Summary

The protein encoded by this gene contains a UBA (ubiquitin associated) domain, which is characteristic of proteins that function in the ubiquitination pathway. This gene may show increased expression in the adrenal gland and lymphatic tissues. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2013]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.