Basic Information

Symbol
UBE2D3
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Conjugating Enzyme E2 D3 UbcH5C Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2D 3 (Homologous To Yeast UBC4/5) Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2D 3 (UBC4/5 Homolog, Yeast) (E3-Independent) E2 Ubiquitin-Conjugating Enzyme D3 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2-17 KDa 3 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2(17)KB 3 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2 D3 E2 Ubiquitin-Conjugating Enzyme D3 Ubiquitin Carrier Protein D3 Ubiquitin-Protein Ligase D3 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2D 3 Ubiquitin Conjugating Enzyme E2D 3 EC 2.3.2.23 EC 2.3.2.24 EC 6.3.2.19 E2(17)KB3 UBC4/5 UBCH5C UBC5C
Location (GRCh38)
4:102793516-102869287
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_181891.3
Sequence length
3729.0 nt
GC content
0.3781

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-983.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1054.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 764.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001300795.2 NCBI
GUAGUUGCAGCUUUUCACCCGAAGCUAUUUAUCCGAGGGACACCGGGAA… 3656 nt 0.3632
NM_003340.6 NCBI
ACCAAGUGAGGAAACUGGGGGACGCUGUGGGGAGGGGCGUGGGGCUGGA… 3976 nt 0.3871
NM_181886.3 NCBI
ACCAAGUGAGGAAACUGGGGGACGCUGUGGGGAGGGGCGUGGGGCUGGA… 4184 nt 0.3984
NM_181887.3 NCBI
AGUUCCGUCAGAGCGGACAUCUUGUGGCUGUGUCGUGCGCGUGAGCCCC… 3937 nt 0.3907
NM_181888.3 NCBI
ACCAAGUGAGGAAACUGGGGGACGCUGUGGGGAGGGGCGUGGGGCUGGA… 3833 nt 0.3780
NM_181889.2 NCBI
UGGGGAAUUCCAUUUCCUCUACCAACCACCGGCAUAAGCAUUCAGGGGC… 3856 nt 0.3763
NM_181890.3 NCBI
GCGGCGGACUGCCGAGGCGCGGGAACUGGCGGGUAGCGAGGCCCUCCUC… 3785 nt 0.3752
NM_181891.3 NCBI
AGUUCCGUCAGAGCGGACAUCUUGUGGCUGUGUCGUGCGCGUGAGCCCC… 3729 nt 0.3781
NM_181892.4 NCBI
CUCUUCCUUUCUAGAGGCCGGGAAGUUAAACUUGUAGCCACCACCUCCG… 3876 nt 0.3803
NM_181893.3 NCBI
GCGGCGGACUGCCGAGGCGCGGGAACUGGCGGGUAGCGAGGCCCUCCUC… 3633 nt 0.3675
Summary

The modification of proteins with ubiquitin is an important cellular mechanism for targeting abnormal or short-lived proteins for degradation. Ubiquitination involves at least three classes of enzymes: ubiquitin-activating enzymes, or E1s, ubiquitin-conjugating enzymes, or E2s, and ubiquitin-protein ligases, or E3s. This gene encodes a member of the E2 ubiquitin-conjugating enzyme family. This enzyme functions in the ubiquitination of the tumor-suppressor protein p53, which is induced by an E3 ubiquitin-protein ligase. [provided by RefSeq, Jan 2017]

Forensic Context

A study in human body fluid stains demonstrated that the UBE2D3 was stable across all tested body fluids (blood, menstrual blood, saliva, semen, and vaginal secretion) in indoor conditions over the experimental timeline, identifying it as a candidate housekeeping gene for time since deposition (TsD) estimation [Salzmann et al. DOI:10.2524].