Basic Information

Symbol
UBE2K
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Conjugating Enzyme E2 K HYPG UBC1 HIP2 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2K (UBC1 Homolog, Yeast) Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2(25K) Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2 K E2 Ubiquitin-Conjugating Enzyme K Huntingtin-Interacting Protein 2 Ubiquitin Carrier Protein Ubiquitin-Protein Ligase HIP-2 LIG Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2-25 KDA Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2-25 KDa Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2-25K Huntingtin Interacting Protein 2 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2K Ubiquitin Conjugating Enzyme E2K EC 2.3.2.23 EC 6.3.2.19 E2(25K) E2-25K
Location (GRCh38)
4:39698109-39782792
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Tissue/body fluid identification Drug abuse diagnoses Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005339.5
Sequence length
5153.0 nt
GC content
0.3611

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1328.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1432.79 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1483.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001111112.2 NCBI
GCCAUUUUGGUGGCCGGGCGCGGAGGUGAUUCCACACUGAGGCGAGCGC… 5024 nt 0.3599
NM_001111113.2 NCBI
GCCAUUUUGGUGGCCGGGCGCGGAGGUGAUUCCACACUGAGGCGAGCGC… 5000 nt 0.3612
NM_001312646.2 NCBI
GCCAUUUUGGUGGCCGGGCGCGGAGGUGAUUCCACACUGAGGCGAGCGC… 4970 nt 0.3579
NM_001312647.2 NCBI
GCCAUUUUGGUGGCCGGGCGCGGAGGUGAUUCCACACUGAGGCGAGCGC… 5065 nt 0.3570
NM_001312648.2 NCBI
GCCAUUUUGGUGGCCGGGCGCGGAGGUGAUUCCACACUGAGGCGAGCGC… 5059 nt 0.3613
NM_005339.5 NCBI
GCCAUUUUGGUGGCCGGGCGCGGAGGUGAUUCCACACUGAGGCGAGCGC… 5153 nt 0.3611
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the ubiquitin-conjugating enzyme family. This protein interacts with RING finger proteins, and it can ubiquitinate huntingtin, the gene product for Huntington's disease. Known functions for this protein include a role in aggregate formation of expanded polyglutamine proteins and the suppression of apoptosis in polyglutamine diseases, a role in the dislocation of newly synthesized MHC class I heavy chains from the endoplasmic reticulum, and involvement in foam cell formation. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the UBE2K was identified as a degrading housekeeping gene in outdoor vaginal secretion samples during an investigation of RNA degradation patterns for time since deposition estimation [Salzmann et al. DOI:10.2524]. In a separate human study, the UBE2K was implicated as a single-gene biomarker within a ubiquitin-mediated proteolysis module associated with methamphetamine-associated psychosis, having been previously associated with positive symptoms of psychosis in an independent blood study [Breen et al. DOI:10.1038/tp.2016.67].