Basic Information

Symbol
UBE2Q1
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Conjugating Enzyme E2 Q1 PRO3094 NICE-5 UBE2Q Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2 Q1 E2 Ubiquitin-Conjugating Enzyme Q1 Ubiquitin Carrier Protein Q1 Ubiquitin-Protein Ligase Q1 Protein NICE-5 NICE5 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2Q Family Member 1 Ubiquitin Conjugating Enzyme E2Q Family Member 1 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2Q (Putative) 1 Ubiquitin-Conjugating Enzyme E2Q (Putative) Galactosyl Transferase-Associated Protein EC 2.3.2.23 EC 6.3.2.19 GTAP
Location (GRCh38)
1:154548550-154559028
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017582.7
Sequence length
3239.0 nt
GC content
0.5054

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1138.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1196.18 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 836.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((((.((.((.((....)).)).)).))))((((((.(((.(((((...........))))).)))))))))..(((((((((.(((..((((((((((((((((((...((((((((((((((((.(((((....(((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((.(((((.((((((((((.((((.((((....)))).)))).)))).(((((..((.(((((.(((((.(.((............)).).)))))))))).)).)))))....(((((((.(.(((((...))).)).((((((.(((((....)))))))))))).))))))))))))).)))))...(((((.(((((...)))))..))))).((.((((...)))).))...(((.(........).)))....)))))..)))))))))..))))))...((.(((....)))))...)))))))))))))))))...))))).)(((.....((.(((((.(((((((((....))..(((((...(((((.(((.((...(((((((..(((((.....(((((((........)).).)))).((((((...........)))))).)).)))..)))))))..)).))))))))...))))).......(((..(((((((((((......((((....(((........))).((((((((((.....(((((.......(((((.((((((((((...(..........)...)))))).................((.(((((.((...((((......))))...)).))))).)).(((((((.(.(((.((((.((((..(((((......(((((...(((((((((((.(.(((...((((..(((....))).....))))...))).).)))))..)))))).)))))...)))))....)))).)).)).))).).)))))))....)))).))))))))))(((((((.((((.......)))).)))).)))..))))))))))........((((((((((.(((............((((..((.((((((((((...(((.(((...(((((..(((((.......)))))..)))))..))).)))...))))))))))))..))))((((....))))((.(((((.....))))).)).......))).)))))))))).....((((.(((((.......)))))..........(((....)))))))...))))......)))))))).)))..)))...........(((((.....................)))))......)))))))..))))).))...)))((((......)))).((((.(((...........))).)))).......)))))))))))))))..........((((((((((.((((((((((((((.....)))).........)))))))....))))).))))))))..((((.(((((.((((.....(((.(.((...((.(..(((((((...((..((((((((((....(((((.((.((((...(((((....)))))......(((..(((..........)))..))).(((((((((((((...(.((((.....((........)).......((((.(((((...((((((((((((((((((......))...)))))))).))))).)))...)))))))))(((((((((((..(((((.......)))))..)))))))))))((((((...((((((((((((...(((((...(((((.((((((((((..........))).))))))).))))).))))).............))))))))))))))))))....(((((.....)))))((((((((.((.((.((..((......)).)).)).)).)).))))))....))))))))))))))..)))).....((((((((((((((..((((((((((((((..........))))))))).......((((.((((...)))).))))..((((((((..((((.(((.......((((..((.((((.(((((((((.(((((((((((...))))....)))))))(((((((..(((((((((((((((...)))))))...........((((......)))).(((((....)))))....)))))))))))))))..((((......))))((((.((.......))))))(((.(((((.((..(.....)..)).)))))))).........)))))))))..)))).))....)))).......)))))))........((((((((((((((...)))).))))))))))..(((((...)))))....))))))))))))).))))))))))))))..(((.....)))((((.(.(((......)))).))))..)))).)).))))).)).)))))))))).))))))).).)).))).)))..)))).)))))))))....((((((((.((((((.(((.......)))))))))..)))))))))))).))))))).))))).))....)))))))))))).(((((((((((((.((((........((((((...((((((.(((.........((((..((((((((((((((((((((((((((((..........)))))))))((((((((((((.(.......).)))).)))))..)))..((((.((...)).)))).))))))).))))))).)))))..))))......(((((.......)))))))).))))))...))))))((((((((.((((((((....((((..........)))).....)))))..)))...))))))))....)))).))))...........)))))))))........((......((((((((.......((((((((((((((......))))..)).)))))))).)))))))).......)).(((((....))))).....((((...((((.(((((.....))))).)))).)))))))))))....(((((.(((((.(((((...((((((......))))))...)))))..)))))..)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((({((((.((.((.((....)).)).)).))))((((((.(((.(((((.,........,))))).)))))))))..(((((((((({(({{{(((((((((((((((((.|,{(((((((((((((({.(((((,,,.(((((((((((((((((((((((({(((.((({((((.(((((((.((((((((((.((((.((((....)))).)))).)))}.((({{{{((.,,,{{.||||{.|}||.....,,.{{.{||{{.|},|||||||,||.}||||,,,.({,(({{|{,{|,((...}},})..||||{{,|{|||....)))))))))))))}))}))))))))).))))).)).}....(((((...))))).})))))}((.((((...)))).))..,|{{,{.......,)}})),...)))).))).))))))),.,.|{{,{,,((.(((....)))))...}}.))))))))))))))...|||||{|(({......{.{((((.{{{{{((((....))}}(((((...(((({.(((,({,..(((((((..(((((.....((((,{{.,{,,...,}})})))).((((((..,,.....},)))))).)).)))..)))))))..)}.}}}))))),..}}}))|||,|,.(((,,{(((((((({(......((({,{,.{({,,,,|...||,.((((((((((.....((((({......{((((.((({((((((...(..........)...))))))....,,...........({.(((((.((...,,(({,.....)))|,.)).))))).}}.((((((({,.(((.{(((((..((,{((((.,..{{{,,,,...||{{((((,(({({({,...(((,......,}}.,,.}}}}))))},.|||{|.||||...}}}))),,)))),..))))))}.})))).})})}.},}.)}}}}))))....)))}.)))))))))}{((((((.((((.......)))).)))).))}..)))))))))}...,....((((((((((.(({,,,.....,...((((..((.((((((((((.,.(((.(((.{.(((((,.(((((.......))))).,))))).,))).)))...))))))))))))..))))((((....))))((.(((((.....))))).))...,,.,))),))))))))))...,||||{.{{{{{,......},,,},,|......,{{{,...}}}}}}}.,,}}))......)))))))),)}},,}}}...........((,{({,....}}}.,,.........,||},...,..|}})}}}..})})),}}.,.}}}((((......)))).((((.(((........,..))).)))).,,.,..))))))))))))))},,........((((((((((.((((((((((((((.....)))).........)))))))....))))),}))))))}..{{,{{(((((.{(((,,,,.,{(.{{({...{,,,..{{{((({...((..{{{(((((((,,..{{{{{.||,||||,..(((((....)))))..,{{{,(({.,,,.......}}},))},,,,.(((((((((((((.,,{,({,{,,....,.....,..)),......,{{{.(((((...(({((((((((((((({{......}}...)))))))).))))).}})...))))),}},(((((((((({..(((((.......)))))..})))))))))).((((({,,{{{{{{{{{{{,...(((((...(((((.((((((((((.,........))).))))))).))))).))))).......,,,,,,|||||}||||}},}}}},}},,|{{||,,,,,)))))((((((((.((.((.({..({......)).)).)).)).)).)))))).,}}))))))))))))))..)))).....((((((((((((((..((((((((((((({..,......,))))))))).......{(((.(((,...|})).)))},.{{((((({...{((.{,,......,,|||..{{.((((.((((((((({(((((((((((...}}))....}))))))|{{((({..(({((((((((((((...)))))))........,,.((((......)))).|||{{....))))),,..))))))))))))))},,{(((......)))}{|{||,|...,.,,))}}}}(({.(((((.((..(.....)..)).)))))}))}.,.,,...)))))))))..)))).}}....}}},{{({,,.,.|}}}}....,,..(((((((((({({,...,})).))))))))))..(((((...))))),,..})))))))))))).)))))))))))))),,|||.....,},((((.(,(((......}))).))))..}})),)),))))),}}.}))))))))),))))))),)})),)}),}}},.)))).)))))))}}..,,((((((((.((((((((((.......)))))))))..})))))))))))}})))))).))))),)),}..}))))))))))).(((((((((((((.((((........((((((...((((((.(((.........((((..((((((((((((((((((((((((((((..{....,..))))))))){{((((((((((.{.......}.)))).))))),.,}}..((((.((...)).)))).))))))).))))))),}))))..))))......(((((.......)))))))).))))))...)))))){(((((((.((((((((....((((..........)))).....)))))..)}}...)))))))}....)))).))))...........)))))))))....{{((((..{{{,((((((({.......((((((((((((((......)))),.,)}}))))))).))))))))....,,,|,.(((((....)))))...}}||{{...{{{,.{{{{{.....)))))}),,)})))))))))))....{{(({.(((((.(((((.,.((((((......)))))).,.)))))..)))))..)))},

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_017582.7 NCBI
AGGAAGUGCGGACCGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGA… 3239 nt 0.5054
Summary

The modification of proteins with ubiquitin is an important cellular mechanism for targeting abnormal or short-lived proteins for degradation. Ubiquitination involves at least three classes of enzymes: ubiquitin-activating enzymes (E1s), ubiquitin-conjugating enzymes (E2s), and ubiquitin-protein ligases (E3s). This gene encodes a member of the E2 ubiquitin-conjugating enzyme family. The encoded protein is 98% identical to the mouse counterpart. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans using RNA-Seq data from dried blood stains and whole blood identified the UBE2Q1 as a candidate mRNA marker for age estimation, noting its expression direction was conflicting between the RNAgE and U.S. data sets [Dørum et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102976].