Basic Information

Symbol
UHRF1
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Like With PHD And Ring Finger Domains 1 ICBP90 RNF106 TDRD22 Np95 Ubiquitin-Like PHD And RING Finger Domain-Containing Protein 1 Inverted CCAAT Box-Binding Protein Of 90 KDa RING-Type E3 Ubiquitin Transferase UHRF1 Inverted CCAAT Box Binding Protein 90 E3 Ubiquitin-Protein Ligase UHRF1 Nuclear Zinc Finger Protein Np95 Transcription Factor ICBP90 RING Finger Protein 106 Nuclear Protein 95 FLJ21925 HUHRF1 HuNp95 Ubiquitin-Like-Containing PHD And RING Finger Domains Protein 1 Nuclear Phosphoprotein 95 EC 2.3.2.27 EC 6.3.2 HNP95 HNp95 NP95
Location (GRCh38)
19:4903080-4962154
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001048201.3
Sequence length
3898.0 nt
GC content
0.5575

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1454.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1527.26 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 887.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001048201.3 NCBI
AGAGCAGCUGGCAGCGCGGCGGGCAGCGUUUGCCGAGCGGGCGCUCCGG… 3898 nt 0.5575
NM_001290050.2 NCBI
GCAGGGGUGCCAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCAUGGGUUCAAG… 4309 nt 0.5456
NM_001290051.2 NCBI
GUGGGCUCGCUGGCGCGACCCGCGCGGGCCAGUGGGAGUGCGGGAGGGA… 3846 nt 0.5554
NM_001290052.2 NCBI
UGGGCACCGAGGGGUCCCGGGGUCCGCGGAUCUCGGGUGGGGUUUUUCC… 3871 nt 0.5528
NM_013282.5 NCBI
UGGGCACCGAGGGGUCCCGGGGUCCGCGGAUCUCGGGUGGGGUUUUUCC… 4252 nt 0.5489
Summary

This gene encodes a member of a subfamily of RING-finger type E3 ubiquitin ligases. The protein binds to specific DNA sequences, and recruits a histone deacetylase to regulate gene expression. Its expression peaks at late G1 phase and continues during G2 and M phases of the cell cycle. It plays a major role in the G1/S transition by regulating topoisomerase IIalpha and retinoblastoma gene expression, and functions in the p53-dependent DNA damage checkpoint. It is regarded as a hub protein for the integration of epigenetic information. This gene is up-regulated in various cancers, and it is therefore considered to be a therapeutic target. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. A related pseudogene exists on chromosome 12. [provided by RefSeq, Feb 2014]

Forensic Context

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