Basic Information

Symbol
UMOD
RNA class
mRNA
Alias
Uromodulin Tamm-Horsfall Urinary Glycoprotein Uromucoid THP Uromodulin (Uromucoid, Tamm-Horsfall Glycoprotein) Tamm-Horsfall Glycoprotein ADMCKD2 ADTKD1 HNFJ1 MCKD2 FJHN HNFJ THGP
Location (GRCh38)
16:20331549-20356402
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003361.4
Sequence length
2315.0 nt
GC content
0.5819

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-904.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -944.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 911.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001008389.3 NCBI
AGACUAACUCUACCUUUCUGGCUUCAGGUGCUAUCUAGACCUGAAGUAG… 2252 nt 0.5844
NM_001278614.2 NCBI
AGACUAACUCUACCUUUCUGGCUUCAGGACACCAGACAUCAGAGACAGA… 2414 nt 0.5812
NM_001378232.1 NCBI
AGACUAACUCUACCUUUCUGGCUUCAGUUUCCAGGCAGAGGAUCAGUUA… 2411 nt 0.5761
NM_001378233.1 NCBI
AGACUAACUCUACCUUUCUGGCUUCAGUUUCCAGGCAGAGGAUCAGUUA… 2474 nt 0.5740
NM_001378234.1 NCBI
AGACUAACUCUACCUUUCUGGCUUCAGGUGCUAUCUAGACCUGAAGUAG… 2393 nt 0.5846
NM_001378235.1 NCBI
AGACUAACUCUACCUUUCUGGCUUCAGGACACCAGACAUCAGAGACAGA… 2456 nt 0.5822
NM_003361.4 NCBI
AGACUAACUCUACCUUUCUGGCUUCAGGACACCAGACAUCAGAGACAGA… 2315 nt 0.5819
Summary

The protein encoded by this gene is the most abundant protein in mammalian urine under physiological conditions. Its excretion in urine follows proteolytic cleavage of the ectodomain of its glycosyl phosphatidylinosital-anchored counterpart that is situated on the luminal cell surface of the loop of Henle. This protein may act as a constitutive inhibitor of calcium crystallization in renal fluids. Excretion of this protein in urine may provide defense against urinary tract infections caused by uropathogenic bacteria. Defects in this gene are associated with the renal disorders medullary cystic kidney disease-2 (MCKD2), glomerulocystic kidney disease with hyperuricemia and isosthenuria (GCKDHI), and familial juvenile hyperuricemic nephropathy (FJHN). Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2013]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the UMOD is a known kidney marker tested as a potential urine-specific marker but showed limited sensitivity in this study [van den Berge et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2015.10.011]. A study in humans demonstrated that Tamm-Horsfall protein (THP) is a highly specific biomarker for the forensic identification of urine and aged urine stains [Akutsu et al. DOI:10.1111/J.1556-4029.2010.01325.X]. Using ELISA, THP was detected in all fresh urine samples and in most aged stain extracts stored for three years, while showing no cross-reactivity with blood, saliva, semen, vaginal fluid, or sweat. At the mRNA level, THP gene expression was also specific to urine, with a single exception in one semen sample, confirming its utility as a reliable and specific marker for urine identification in forensic contexts.