Basic Information

Symbol
UPB1
RNA class
mRNA
Alias
Beta-Ureidopropionase 1 BUP1 N-Carbamoyl-Beta-Alanine Amidohydrolase Ureidopropionase, Beta Beta-Ureidopropionase Beta-Alanine Synthase EC 3.5.1.6 BUP-1
Location (GRCh38)
22:24494107-24528390
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016327.3
Sequence length
3823.0 nt
GC content
0.4986

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1321.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1388.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1071.34
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_016327.3 NCBI
GGGCACCUCCUCCCACUGCGGGCAAAGGGCAGGCAGUUCGUGCGCGGAC… 3823 nt 0.4986
Summary

This gene encodes a protein that belongs to the CN hydrolase family. Beta-ureidopropionase catalyzes the last step in the pyrimidine degradation pathway. The pyrimidine bases uracil and thymine are degraded via the consecutive action of dihydropyrimidine dehydrogenase (DHPDH), dihydropyrimidinase (DHP) and beta-ureidopropionase (UP) to beta-alanine and beta-aminoisobutyric acid, respectively. UP deficiencies are associated with N-carbamyl-beta-amino aciduria and may lead to abnormalities in neurological activity. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans established a targeted RNA sequencing protocol for predicting the time-of-day of bloodstain deposition, where the UPB1 was identified as a top-ranking mRNA marker with a large negative coefficient in the final penalised regression model's cosine component, having shown its highest expression at 8 AM in prior whole transcriptome sequencing [Gosch et al. DOI:10.1101/2025.02.03.636230][Gosch et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2025.103287]. The final model, incorporating this and other diurnally rhythmic markers, achieved a root mean squared error of 3 hours and 44 minutes, with 78% of predictions correct within ±4 hours via five-fold cross-validation.