Basic Information

Symbol
USP29
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Specific Peptidase 29 Ubiquitin-Specific-Processing Protease 29 Ubiquitin Carboxyl-Terminal Hydrolase 29 Deubiquitinating Enzyme 29 Ubiquitin Thioesterase 29 Ubiquitin-Specific Processing Protease Ubiquitin Specific Protease 29 Ubiquitin Thiolesterase 29 HOM-TES-84/86 EC 3.4.19.12 EC 3.1.2.15
Location (GRCh38)
19:57119138-57131926
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020903.3
Sequence length
3763.0 nt
GC content
0.4297

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1066.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1135.82 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1047.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001389643.1 NCBI
UUGGCCCCUCGCGCGCCGGGACAGGGCCACAAAUGACUGCACCUGGGCU… 3647 nt 0.4299
NM_001426405.1 NCBI
UUGGCCCCUCGCGCGCCGGGACAGGGCCACAAAUGACUGCACCUGGGCU… 3647 nt 0.4297
NM_001426406.1 NCBI
ACUCUUCUGUUCCCAGGAGAAUCAGGGGAGUCGGCGCCGGAAGGGGCGG… 3763 nt 0.4294
NM_020903.3 NCBI
ACUCUUCUGUUCCCAGGAGAAUCAGGGGAGUCGGCGCCGGAAGGGGCGG… 3763 nt 0.4297
Summary

Predicted to enable cysteine-type deubiquitinase activity and cysteine-type endopeptidase activity. Predicted to be involved in several processes, including G1/S transition of mitotic cell cycle; positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway; and protein K48-linked deubiquitination. Predicted to be located in perinuclear region of cytoplasm. Predicted to be active in cytosol and nucleus. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the USP29 was significantly up-regulated across seven brain regions in ethanol-naïve High Drinking in the Dark (HDID-1) mice compared to control mice, with a fold change range of 1.52–2.14, identifying it as a differentially expressed gene associated with a genetic predisposition for binge drinking [Ferguson et al. DOI:10.1007/S12035-018-1252-0].