Basic Information

Symbol
USP4
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Specific Peptidase 4 Unph UNP Ubiquitin Specific Peptidase 4 (Proto-Oncogene) Ubiquitin Carboxyl-Terminal Hydrolase 4 Ubiquitous Nuclear Protein Homolog Deubiquitinating Enzyme 4 Ubiquitin Thioesterase 4 Ubiquitin Specific Protease 4 (Proto-Oncogene) Ubiquitin-Specific Processing Protease 4 Ubiquitin-Specific-Processing Protease 4 Ubiquitin Carboxyl-Terminal Esterase 4 Ubiquitin Thiolesterase 4 EC 3.4.19.12 EC 3.1.2.15 UNPH
Location (GRCh38)
3:49277144-49340712
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003363.4
Sequence length
4070.0 nt
GC content
0.4988

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1344.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1421.46 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1111.82
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001251877.2 NCBI
GGGCCGGCUGGGCCGGGGCCGCGGAGGAGAUGGCGGAAGGUGGAGGCUG… 1553 nt 0.5171
NM_003363.4 NCBI
GGGCCGGCUGGGCCGGGGCCGCGGAGGAGAUGGCGGAAGGUGGAGGCUG… 4070 nt 0.4988
NM_199443.3 NCBI
GGGCCGGCUGGGCCGGGGCCGCGGAGGAGAUGGCGGAAGGUGGAGGCUG… 3929 nt 0.4989
Summary

The protein encoded by this gene is a protease that deubiquitinates target proteins such as ADORA2A and TRIM21. The encoded protein shuttles between the nucleus and cytoplasm and is involved in maintaining operational fidelity in the endoplasmic reticulum. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.