Basic Information

Symbol
USP54
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Specific Peptidase 54 BA137L10.3 BA137L10.4 C10orf29 Ubiquitin Carboxyl-Terminal Hydrolase 54 Ubiquitin Specific Protease 54 FLJ37318 Inactive Ubiquitin Carboxyl-Terminal Hydrolase 54 Inactive Ubiquitin-Specific Peptidase 54 Chromosome 10 Open Reading Frame 29 Ubiquitin Specific Proteinase 54 Ubiquitin-Specific Peptidase 54 EC 3.4.19.12
Location (GRCh38)
10:73497538-73626117
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001391956.1
Sequence length
6792.0 nt
GC content
0.4941

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2228.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2348.31 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2206.08
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((...((((((((((...((((.......))))...)))).))).))))))..(.((((((((((((((((......(((((.((((......))))....(((((.(((...((((..(((.((((((((((((((((((((.((((((((.....((((((.(((..(((((((.............)))).)))......))).)))))).....))))...(((((.((((..(((((.....)))))..))))...)))))...........(((.((((((((((((((.(..(((.((((((.((((((((.(((.((((((((.((((((((((((.....(((((((.......((.......)).......)))))))..(((.(((.((.(((((((((.((..((.(((((........)).)))))..))))))))..))).))))).))).......(((((((.((((..............)))))))))))((.(((((((((..(..((((...(((((((((((...(((((((((.(((((((((((..((((...))))..))(((((.(((((((.((((((.((.........((((((((....))))))))(((.((((((.((((....)))).)))))).))).((.(((.(((((((((((...(((((((..((.((..((((...((((.........((((((...(((.(((....))))))(((((......((((.........)))))))))...((((((.((((((((((((.(((...(((((((((((((((((.......(((.((......)).)))....((((((((((((((((((...((..........))(((.((((((.((((.(.....).))))..)).)))).))).((((.(.((((((((((((((((((.(((.((.(.((..((((((....))))))..))..).)).))).))))).)))))...........(((.(((((...((((((((((..(((((..((.....))(((((((((((((.(((((.((((((((......))))..)))).)).......))).))))))))))))).(((((((.(((((...(((.(((..(((((((.(((((((((((........)))))....(((((.........(((((.(((.((((.(((((((.((............((((((((......))))))))...(((((((.(.(((......))).)..)))))))..)).))).)))).((((((((.....(((((.((.......)).))))).....))))))))......)))).))).))))).(((((..((((.(((((((.((((((((.....(((.((((.....)))))))))))..))))))))))).))))..))))))))))..))))))..))))..))).))).)))..)))))))))))).............(((((((..(((((...(((((((.........................)))))))...))))).))).))))....(((((((((((((...(((..((((.(((((........)))))((((((.......)))))).((((........))))))))))))))...)))))))))).....(((.((.((((((.....((((((((.(((....((((.....))))..))).).))..))))))))))).))...))).....(((((((......((((((((......((((.(.............).))))......)))))))).....))))))).((((((((...))))))))...)))))..))))))))))...))))))))...)))))))).)))))...((((((.(((..(((((.(((..(((........)))))))))..))..)))))).)))..)))))))))))((.(((((((...((((.(((((.....(...(((((....(((((((....)).(((((.........)))))...)))..)).)))))...).....))))).))))..)))).))).))..((((((((.((........((((.((((((....(((.((.......)).)))..))))))))))...((......))((((((((((((((((((.(((((((..................)))))....))))))))))..((((.(.((.((((.............))))))).)))).......((((.(((((..........(((((....)).)))((..((((((....(((........)))..))))..))..))......))))).)))).(((((.........))))).((((.((((....))))..))))..((((((((((((............(((((...................))))).....(((((((((......)))))))....)).(((....((((((........))).)))....))).....((((.....)))))))))).)))))).)))))))))).....((....)).)).)))))))))))))))..)))))).))))))...)))))...))).)))))))))))).)))))).))))))..)))).))))..)).)).)))))))......((...))....(((((((((((.(((.........((((((.((.(((((........))))).)).(((.((...(((((....)))))....)).))).)))))).....((((((..(((.((((((.(((((((((((((((((((...........(((((..((((((.(((((.((((.(((((...)))))..))...)).)))))..(((((.(((.((((.((((((..(((((((((((...((((..(((((((((((((..(((((((.((..((((......((((.((...((((...)))).))..))))(((((((((((..(((.((.((((.....((....(((......)))...))..)))).)).)))))))))))))))))).((((.((((..((......(((..(((......)))))).....))..)).))))))(((...((.(((.((.((.((..........)).)).)).))))))))..))))))))).........)))))))).)))))..)))).....(.(((((((....((((.((((((((((((...(((....)))....(((((....((((.(((..(((.((.(((((...........)))))...)))))..)))))))((((((...)))))).......)))))..((((((.((((((......((((((........(((((((((..(((((((.((((....))))))))......((((((.((((.......))))...)))))).....)))..))))))))).((((((...)))))).....((((((.(((...(((((((((.(((((...(((((((.(((...(......)...)))..))))))).....)))))...((((((.((.((((((((........(((..((((........(((((.....(((.(((((((.(.((((..((........))))))...).)))))))((((((((((((....))))).)).........))))).....)))....))))).........)))))))........)))))))).)).))))))..(((((((((((((((((((.(((................(((((......((((....))))........)))))((((...)))))))))).))))))))((((((((.......)).)))))).)))))))))))))..))))(((((((((..........)))))))))(((((((((..((.(((((...(((((((((((..((((((((((.......((....))..(((((....))))).))))).)))))))))))((((((((..........)))))))).(((((..(((((((...(((((..(((((((((((((((((.......))))))))).(((((((((.........))))))))).((((...(((.(((((((((((..(((........)))....))).))))))))))).((((((((..........((((.((((...((((((((.((...(((((((((....))))))....)))...)).)))))))).))))))))..(((((.....((((((...((((((......)))))).....((....))((((((.....(((..((((......))))..)))......)))))).....(((..(((((((((((.............(((((..((((...))))..)))))....((...((((((.(((....))).))))))...)).((((((.(((.((....)).))))))))).))))))))))).))).((((......)))).)))))).....)))))..))))))))....)))).)))))))).))))).....)))))))...(((((.((....(((((....(..((....))..)...)))))....)).)))))..))))).))))))))))))..)))))))))...))))))))).)))))))))))).))))))))))))).((((.((.........))))))((((((...((((.(.((((....)))).).))))((((((((((....)))))))))).....(((((....))))))))))).......)))))...))))....)))))))).)))))))..))))....((((....))))..)))))))))).)))..)))))..))))))..)))))........))))))))).........))))).))))).)).))))..((((((......).)))))..........(((.((((((((.((((((((....((.((((..((((((..(((((((...)))..)))).))).(((.((.(((((......))))))))))))).))))..))...)))).)))).)))))))))))((((...))))..(((......))).)))...)))))).))))))))))))))...............)))))))))))))).)).......)))))))).).))))))))))).(((((.......)))))..............))))))).((((((((((((((.((((((((.((((.(((((.(..((....((.((((..(((((((((...((..(((.(((((((...)))))))..))))).)))).)))))..).))).))..))..).))))).))...(((((((.........)))))))......)))))))))))))))))))))).))....))..)))))))))...))).)).))))))...)))))..))))))))).))(((((((.((((((((.((.((((((((((((...........)))).)).)))))))))))....))))).))))))).((((((((.((.(((((.((((...((((((....))))))((..((((((((.(..((((.(((((((((...........))))))))....).))))..)))))))))..))..................)))).)))).).)))))))))).....))))))....))))))..)))))))))))((((((........((((((((.(((.((.((........)).))))).)))).)))).....)))))).)))))))).))))..................................((.((((((((((.(.((........)).).)))))))))).))...(((((...........))))).((((((..(....(((.((.(((((((........(((((((((((....(((((.(((...(((......)))..))).)))))((((.....(((((...((((.((((((.((((..((((.((..((((....)).))..))...))))..)))))))))).))))..))))))))).......))))))))))).))))))))).)))...)..))))))...)).))).))))))))))))))).)))......)))).))))))))....))))))))))))...))).......(((((((((((((......((((((((.......))))))))...((((.((....)).))))((((((....))))))((((((.((......(((((......)))))...((((((...(.(((............))))..)))))))).))))))..........(((......)))))))).)).))))))..........))))..))).)))))........))))).((((((.(((.....))).).))))).......))))))..)))((((.(((((((.(..(((((...))))).).)))))))...))))..............))))))).).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......((((((((((...((((.......))))...)))).))),|||{{,.,({(,((((((({{{{(({,.{(((({((,,((((,{.,,.,}||,...(((((.(((..,((((,.{{{.(((((((((((((((((((({((((((((.....((((((,{({..(((((((.............)))).)))......))),)))})).....))))...(((((.((({..(((((,...,)))))..})))...)))))...........(((.((((((((((((((.(..(((.(,((((,((..(({{,(({.,(((((((.((((((((((((.....(((((((.......{,.......},.....}.)))))))..,,.{((..(({(((((,(((,((.,({{(((((.,,.....|}.))})),,)}||||||{{..|,|||||{||,...,{,,({{({{((({{{......,,,.....))))))})))).|,|,|||||||{{{,{(({{.{,(({{((({(((...,(((((,,(({,(((((((.,..(({,...,|||{.{{(((((.,,,,,((|(|||||}||,{{,|{|,.((((((((....)))))))){{{.((((((.((((....)))).)))))).))).{(((((,((((,,(((,(,.,((({{{{{{(({(|,....({{{(.(({{{.,.{{,(((.((..{((((((,{{{,||||||,((((......((,({{{{{{{..{|,|(((({(({(({(((,{((((((((((,.,,,},,||,((((((,{{{{{|||,.,,..{{,.,,,}}||.||{{{{{{{{(((((,,,,,|||{{,,,...||}}}}}}}...}}|(({((({,,,(((({({...,|{||,|{{||{|,||,|||,{{{(,({(({(({({((,{{{(((({(((.{{,{,{,..{{|||{..},)))))}..})..,,}),)))})))))}}},}}......,,..}|||.|||,,}}}||,,,|||||}}|,|||}}}.....,{|(((((({((((((.{((((.(((((({{......}},,..})}),)).}}.})})}).))))))})))))).}},{||(|(((((({.....,{({{{{(({{,,{{{{{{{{{{{{{........{{{{,....,{({(,..,(((,.,{{,....}})}}|||,))}},}..,.}}},....{(((((((,....})))))))|.,,(((((((.(.(((......))).)..)))))))..,|,||},}}}}.((((((((.....(((((.((.,...,.)).))))).....))))))))......,.{{{(((,{{((({{((({((((((.(((((((.((((((((.....(((.((({.....}))))))))))..})))))))))).}|||,,,.,|,.{((({((({{.|||,|||.{{{{,..,,.,,,||..,,},)))})..},)))))))}}}.|||{|..||{{{,,.{{{{{(({((,.......,,,}}...{,|||.||||||}..,||}|}.|||{||||.,..(((((((((((((...(((..((((.(((((.......,||}}}((((((.......)))))).,|||,,......)))}))))))))))...)))))))))).{{{{((.{{{||{{{{{,...{(((((({{,(({....{(((.....))))..))),}}},.||}}}}}{{{||.,,.}}))}.....(((((((...,..((((((((......((((.{.............}.))))......)))))))),}...))))))).((((((((...}))))))).,,}},||,.,,||||||||..,||}}}}}},},|||}}}||{|||||...,,,{,,.|||}}|||,,.{||,.||{,.,,,...})})))|||{.,,..,))))}.|}|,,|||||}},,,,||.|||||||,,,||{,.|||||...{{(...,,|||.},}||||,||,...,}.(((((.........)))))...|||{,|.,||||,.,,|,,...|||||.,}}}.,|}}}{|||.,,..{,{||||{.{|........((((.((((((....(((.((.......)).)))..))))))))))...{{..{{{,|,{{{{{{|||||||||||,{((((((({{..{{{{{{{{,,....}||||..{{||||||,|,,..(((({(.{{.{{{{......},,,,,.}}})))).)})),......{{{(,(((,{,,,..(({{.(((((.{{{((((({((...,,.,..{{{(((....,,|{|{|{.{{{{{.||..,,}}..,,))),,.))))}(((((.........))))){(((..,,|}}}.,||||{{|.||{{{,,,,(((((((.......{,,,{{{,{{..,,,..........,,,})))||,,.,,(((((((((......))))||||...{{,,{{{{,{((((((,,,,,,,,}||{||}....,||.,,..{{{|,,,..})),,}))))}),)))),)}}))))))}...,,((....}}.)),)}}))))))}))),)}})|}|||||||}|}...,}))),.,))).)}}}}}|||||,.|||||}.}||||}|||||||||||{{||{||,.|,||||,,||{{{{...|{,||.}|{{,,{((((,,,,.))))},,,||,{{{.(({,(((({{{{.....))))))).,||}||}}}|(((({...,)))),....},}},.}))))).||}}|||||,{{(((((((,(({((((((((((,((((({(,..{{{{...,{(((.((((((((,,,(((({,,,..{((((...}}}}|{{{{{.,||{|,,,,.,||,||.|||}||,..(((({,.{((((((((,(((..((((..(((((((((((((..(((((((.{(.{((({.{....{{{|,||.,.((((...)))).,||.}|||(((((((((({.{(((,((.((({..|||({,...{,,......}}|||,||.,}}}}.)).))}}))))))))))}}}}.||||.||{{..|||.....|||,,|||....,,)),))).....||{|||.}}|||}.{({,.((.(((.,,.||}||.,},......)}.}),)).))}}}.,,..})))))))).........)))))))).)))))..))))..,..{.({{{(((....{{{(,({({,{{,{|{{{..{((....|||{{,,{{||.,,{,({{{.|||,.{{{.{|.{{|||,,.,.,,,,,|||}||..,,||||,,}}}}||},{{{((,,,|||}}}..,,.,,{{{{{{({,{(((((.....,|{,..}||,.....}||||,..((((((.(((((((,{((((....)))))))}.........((((((((((,{(((..(((..{((((((((.........))))))))|((((,...,))))},{,....}}},.)))..))))))}..,))))))).)))).))))))|||}||}}}},}{(((((.{((|.((((((((.{.(((.......))).).))).))))),,..}}}.)))))},........{,,(({{,{,{,,.,((((((,,.(((,..||}.|||,,,||||,||.|},)}||}}|{{{{{{,(((((....))))).)}...,,....}},},.{{|||||,,||}}}}}}}}}}....|,,,}}}}.,|||,....})))).}.))))))}}.|||||,||||,,,||||||.|||}}}}},.....,....,..,|}}}}}.,|||}...))))}.....,.|}|}}||||,...})})))}})})))))}))||{{{||{...,.,,)).)))))}.))))),},)))))}}))}})))))|)))))))}},||||}))))}|||{,{||,||}}||}||.|||}}.|}}},||||,..||||{,|{,,}}}}}}}|}}.}}))..(((((....))))),))))),.)))))))))).}}||}}}.{((((((........))}}.}})},)}}})||,...},......((((((((((((((((((..(((..{.((((((({{,(((({{,..,...,,|||}|{({{(((...(((.(((((((((((..(({,{......)}).,,.))).))))))))))))))))}}|||||.......((((.((((...((((((((.((...(((((((((....))))))}}}}}}}...)).)))))))).)))))))).,,,))),,,{(((((((...((((((......)))))){((((((....)).))))}))))))))))))))).)..))).))))).{{{{......,|.|}}}.,..)))}.))))))))).....)))))),|}})).|{{,...)))),,,||,,....{{|,,{{{{{{,|{{....})),)))))))),))}|{||||}},,.,||||})),)))})))))},)))))))))))}}))),)))).,.,,,}|}}}}},,,..,|||...,,)))}}))))),,)))}))},))}|||}},}}.,,..}}}},||...{{((({(,....||}||.,..,.,,,...,||{{|,..||,))}}}}},.})}}|...||}}},.}})}}},.))|}.},..}})).)}))))).,)),))),))},},))))).))))),,,,,.||||}||,,.....,.|.||.,{{{{||...((((.(.((({....}))).}.))))((((((((((....))))))))))...,.(((((....))))))))||||,.{{..,||||,..|||}..,,)}}}))))}))))))),,}}})},}}||||,,,,))))},}))))))}))}))),.))))}..,}},,,.})))))}......,})))))}}}.....},,.)))}),))}},.,),)))),.(((((,......).))))){((({{{{...(({(,((((,({,,(((((({.{,.({(((,{{(((({{..{{{{{{|...||}..,}}}.,,,.((.{((.(((((......))))))))))},,.,,}}.||{{..,||,..,}}.))))||||||((((({{.|||,..(({,....}))).....,.,)))))),....}))))))))...............},,,))),)))))},))}))))...)),,)))}))))))))))))}.|,|||,,}}}}||}|||......,,,,.}},)}}}|||.{{((((((((((((.((((((((.,{,..{{{{{,({.{,({{{{,.,,,...|(((({{{{,,.((..{{{.(((((((...)))))))..}}},),)))).)))))..},}}},},.}}}..{{|||}|.,|...(((((((.,.....,.))))))),}.}}})))))))))))))))))))))).))}}..{{{{,|,,,,,,}.))))|||||}|,,,},.})))))}}))))),,))}|}(((((((.((((((((.((.((((((,,{(((...........)))).,}.))))))))}))....))))).))))))),((((((((.{{.{((((.((((...((((({....})))))((..((((((((.(..((((.(((((((((.........,.))))))))....).))))..)))))))))..))..................)))).)))).}.},)))))))).....))))))....))))))..)))))))))))|,,||,.}},....((((((((.(({,((.((........}).))))).)))).)))).|..{|||,,,.|,}|({{{.....}))),.............................((.((((((((((.(.((........)).).)))))))))).)).,}}||||..,,,......}))...((((((..(...,((({{{.(((((((........((((((((({{{{,.(((((,(((...{{(......))}.,))).}))))((({....,(((((...((((.({(({,{((((..((((,{{..{{{{....)).)).,)),,.|||}..)))})})))).))))..))))))})).....})))))))))))).)))))))}}.)))},.)..)))))),}}}}.))).})))))))))))))).))).......})))))))))))....))))))))))))...}}}......,(((((((({{{({,,....((((((((,....,,)))))))).}.||{{.{|.}}})).))).((((((....))))))(((((,.,..}}}}}(((((......))))),},|||{{{.,|{.{{|,,,.........))})}}))))))}).))))}}.........,(({......}))))))).)),)})))),,,,,.....)))),,))}.)}}}},,,,,....,...,||||||.,,,.,,,,|||.|.|,,||........)),}),}}))}}|..,,,,,,,}},.|{,,,.{{{||||{{,||,,,||{{.......}}}}....,}}}))))))).........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001320437.2 NCBI
AUCACUUGCCCCACAGAUACCCUCGUGAUUAGAGGUCUUUUGCUGGAGG… 6042 nt 0.5003
NM_001320441.2 NCBI
AUCACUUGCCCCACAGAUACCCUCGUGAUUAGAGGUCUUUUGCUGGAGG… 3197 nt 0.4636
NM_001350995.2 NCBI
GUAGCUAUAGCAGCCGCGGCGGUUAAGUAUGCGGCGCCAGGAGCUCUCU… 6143 nt 0.4986
NM_001378208.1 NCBI
GUAGCUAUAGCAGCCGCGGCGGUUAAGUAUGCGGCGCCAGGAGCUCUCU… 6723 nt 0.4920
NM_001378209.1 NCBI
AGACCUGCUCUAGACGCUGACUGAAUGUUUUCCUAGUUCCAAGUCCUGC… 6768 nt 0.4911
NM_001378210.1 NCBI
AUCACUUGCCCCACAGAUACCCUCGUGAUUAGAGGUCUUUUGCUGGAGG… 6057 nt 0.5004
NM_001391941.1 NCBI
GUAGCUAUAGCAGCCGCGGCGGUUAAGUAUGCGGCGCCAGGAGCUCUCU… 6960 nt 0.4927
NM_001391942.1 NCBI
GUAGCUAUAGCAGCCGCGGCGGUUAAGUAUGCGGCGCCAGGAGCUGCUA… 5917 nt 0.5013
NM_001391945.1 NCBI
GUAGCUAUAGCAGCCGCGGCGGUUAAGUAUGCGGCGCCAGGAGCUCUCU… 6601 nt 0.4949
NM_001391946.1 NCBI
GUAGCUAUAGCAGCCGCGGCGGUUAAGUAUGCGGCGCCAGGAGCUCUCU… 6263 nt 0.4986
Showing 1 to 10 of 21 entries
Summary

Enables K63-linked deubiquitinase activity and cysteine-type deubiquitinase activity. Predicted to be involved in protein deubiquitination and proteolysis. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human body fluids using a custom MPS primer panel demonstrated that the USP54 was included in a refined primer panel (V4) for time since deposition estimation [Hänggi et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103415].