Basic Information

Symbol
ACKR3
RNA class
mRNA
Alias
Atypical Chemokine Receptor 3 GPR159 RDC1 Chemokine Orphan Receptor 1 CMKOR1 CXCR7 G-Protein Coupled Receptor RDC1 Homolog Chemokine (C-X-C Motif) Receptor 7 C-X-C Chemokine Receptor Type 7 G-Protein Coupled Receptor 159 CXC-R7 CXCR-7 RDC-1 G Protein-Coupled Receptor
Location (GRCh38)
2:236567692-236582358
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020311.3
Sequence length
2015.0 nt
GC content
0.4888

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-657.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -692.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 568.96
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_020311.3 NCBI
ACAGUUGUUGCAAAGUGCUCAGCACUAAGGGAGCCAGCGCACAGCACAG… 2015 nt 0.4888
Summary

This gene encodes a member of the G-protein coupled receptor family. Although this protein was earlier thought to be a receptor for vasoactive intestinal peptide (VIP), it is now considered to be an orphan receptor, in that its endogenous ligand has not been identified. The protein is also a coreceptor for human immunodeficiency viruses (HIV). Translocations involving this gene and HMGA2 on chromosome 12 have been observed in lipomas. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human menstrual blood-derived stem cells (MenSCs) demonstrated that the ACKR3 is a differentially-expressed gene, specifically a chemokine receptor that was down-regulated with increasing passage number in vitro [Chen et al. DOI:PMC4713568].