Basic Information

Symbol
USP6
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Specific Peptidase 6 Ubiquitin Carboxyl-Terminal Hydrolase 6 Tre-2 TRE17 Tre2 HRP1 Ubiquitin Specific Peptidase 6 (Tre-2 Oncogene) Ubiquitin Specific Protease 6 (Tre-2 Oncogene) Ubiquitin-Specific-Processing Protease 6 Deubiquitinating Enzyme 6 Ubiquitin Thioesterase 6 TBC1D3 And USP32 Fusion Proto-Oncogene TRE-2 TRESMCR RN-Tre TRE Oncogene, Smith Magenis Syndrome Chromosome Region Ubiquitin-Specific Protease USP6 Ubiquitin Thiolesterase 6 Hyperpolymorphic Gene 1 Tre-2 Oncogene EC 3.4.19.12 EC 3.1.2.15 USP6-Short TRE2
Location (GRCh38)
17:5116032-5175034
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001304284.2
Sequence length
8870.0 nt
GC content
0.4874

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2989.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3146.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2516.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001304284.2 NCBI
GGACAGCUAGCGGCGCGGCGGGACGGGCGGGCCCCGACGCCCAGCUCCA… 8870 nt 0.4874
NM_004505.4 NCBI
GUCUGUGUUCUACGGCAGUUACACACACGCAGUGGUAUUCACAAGCGGU… 7516 nt 0.4671
Summary

Enables cysteine-type deubiquitinase activity. Involved in protein deubiquitination and regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization. Located in plasma membrane and recycling endosome. Is active in glutamatergic synapse and postsynaptic density, intracellular component. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

The review of human studies compiled by Solovev et al. notes that the USP6 is a gene associated with epigenetic aging clocks, specifically listed among top genes associated with 11 such clocks [Solovev et al. DOI:10.1016/j.mad.2019.111192].