Basic Information

Symbol
USP9Y
RNA class
mRNA
Alias
Ubiquitin Specific Peptidase 9 Y-Linked DFFRY FAF-Y Ubiquitin Specific Peptidase 9, Y-Linked (Fat Facets-Like, Drosophila) Ubiquitin-Specific Protease 9, Y Chromosome Ubiquitin Carboxyl-Terminal Hydrolase 9Y Fat Facets Protein-Related, Y-Linked Deubiquitinating Enzyme FAF-Y Ubiquitin Thioesterase FAF-Y Azoospermia Factor A AZFA Probable Ubiquitin Carboxyl-Terminal Hydrolase FAF-Y Ubiquitin-Specific Processing Protease FAF-Y Ubiquitin-Specific-Processing Protease FAF-Y Fat Facets-Like Homolog (Drosophila) Ubiquitin Thiolesterase FAF-Y EC 3.4.19.12 EC 3.1.2.15 SPGFY2
Location (GRCh38)
Y:12537650-12860852
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004654.4
Sequence length
10036.0 nt
GC content
0.3809

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2612.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2823.63 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2344.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004654.4 NCBI
UGAAUAAUUGAACUUUGUUUAUUUCUCCAUAUUUUUGCAGUGGUAAUUC… 10036 nt 0.3809
Summary

This gene is a member of the peptidase C19 family. It encodes a protein that is similar to ubiquitin-specific proteases, which cleave the ubiquitin moiety from ubiquitin-fused precursors and ubiquitinylated proteins. [provided by RefSeq, Mar 2009]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the USP9Y was identified as an important transcript for multiple organ failure outcome prediction by XGBoost analysis of blood transcriptomes collected within 24 hours of traumatic injury [Duran et al. DOI:10.1186/s13613-024-01364-5]. Another study in humans analyzing heart tissue from patients with various structural heart diseases found the USP9Y was significantly up-regulated, with a mean fold change of 2.3565, and was part of a 62-gene expression signature that achieved approximately 95% classification accuracy for distinguishing diseased from control samples [Fajarda et al. DOI:10.1186/s13040-020-00217-8].