Basic Information

Symbol
VAMP8
RNA class
mRNA
Alias
Vesicle Associated Membrane Protein 8 VAMP-8 EDB Vesicle-Associated Membrane Protein 8 Endobrevin Vesicle-Associated Membrane Protein 8 (Endobrevin)
Location (GRCh38)
2:85561562-85582031
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003761.5
Sequence length
679.0 nt
GC content
0.5243

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-224.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -235.38 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 168.07
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((..(((.....)))........(((((.((.((((.......(((((.....(((((((((.(((.(((((.((((((....((((((.(((((....(((.(((((((.(((.((.(.(((((((((((((..(((((((.((..(((((...((..(((((.......)))))..))..)))))..))...((((...))))..((((((.((((......((.....)).....))))..)))))).....))))))).(((.((.(((....))).)).))).......))))).)))))))).).)).))).))))))).)))..)))))))).)))...)))))).........((((.....))))...((((((.......)))).))((((((((((....))))....))))))..))))).))).))))))))))))))(((((.(((((((((((((....((((((((((((.(((.(((.((((...))))...))).)))..))))))(((...))).)))))).......)).)).)))))).))).)))))((((.(((((.......))))).)))).(((.(.((..((((((.....))))))...)).).))))))).)).)))))......))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((((..(((.....))).......,(((((.{(,(((({{(.({(((((((({{.(((((((((.(((.(((((.((((((....((((((.(((((....(((.(((((((.(((.((.(.(((((((({{{({.,((((({(,(({.(((((,,,((..(((((,......))}))..)}..)))))..},...{(({,..}))){.,(((((.((((.{....((.....)}...}.))))..)))))))....})))))}.{,,.,,,{({..{{|||{...,,,}}}))),)))}},}))))))).).)).))).))))))).)))..)))))))).)))...}))}}}.........((((.....))))...{{((((.......)))).}}((((((((((....))))....)))))),.))))),))).))))))))){|{|((((((.(((((((((((((....((((((((((((.(((.(((.((({...})))...))).)))..)))))){({...))}.))))))......,)).)}.)))))).))).)))))}|}},,}}||))))))))),))}}....(((.{.((..((((((.....))))))...)).).))))))),)).))))}......))))))))........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003761.5 NCBI
ACCCUGGGAGGAAGCCGACUAGGCGAAUUCACUUACUGACCGGCCUGGG… 679 nt 0.5243
Summary

This gene encodes an integral membrane protein that belongs to the synaptobrevin/vesicle-associated membrane protein subfamily of soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor attachment protein receptors (SNAREs). The encoded protein is involved in the fusion of synaptic vesicles with the presynaptic membrane.[provided by RefSeq, Jun 2010]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.