Basic Information

Symbol
VAPB
RNA class
mRNA
Alias
VAMP Associated Protein B And C VAP-B ALS8 VAMP (Vesicle-Associated Membrane Protein)-Associated Protein B And C Vesicle-Associated Membrane Protein-Associated Protein B/C VAP-C VAMP-Associated 33 KDa Protein VAMP-Associated Protein B/C VAMP-B/VAMP-C VAP-B/VAP-C VAMP-B
Location (GRCh38)
20:58389119-58451101
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004738.5
Sequence length
7829.0 nt
GC content
0.4402

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2393.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2547.60 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2414.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001195677.2 NCBI
GCGUGCCGUCAGCUCGCCGGGCACCGCGGCCUCGCCCUCGCCCUCCGCC… 7467 nt 0.4425
NM_004738.5 NCBI
GCGUGCCGUCAGCUCGCCGGGCACCGCGGCCUCGCCCUCGCCCUCCGCC… 7829 nt 0.4402
Summary

The protein encoded by this gene is a type IV membrane protein found in plasma and intracellular vesicle membranes. The encoded protein is found as a homodimer and as a heterodimer with VAPA. This protein also can interact with VAMP1 and VAMP2 and may be involved in vesicle trafficking. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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