Basic Information

Symbol
VEGFA
RNA class
mRNA
Alias
Vascular Endothelial Growth Factor A VPF VEGF Vascular Endothelial Growth Factor A, Long Form Vascular Permeability Factor VEGF-A L-VEGF Vascular Endothelial Growth Factor A121 Vascular Endothelial Growth Factor A165 Vascular Endothelial Growth Factor MVCD1
Location (GRCh38)
6:43770184-43786487
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003376.6
Sequence length
3609.0 nt
GC content
0.5126

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1317.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1384.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 799.17
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001171626.2 NCBI
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGC… 3537 nt 0.5134
NM_001171627.2 NCBI
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGC… 3502 nt 0.5134
NM_001171628.2 NCBI
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGC… 3405 nt 0.5140
NM_001171629.2 NCBI
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGC… 3471 nt 0.5108
NM_001171630.2 NCBI
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGC… 3375 nt 0.5156
NM_001204384.2 NCBI
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGC… 3477 nt 0.5131
NM_001204385.2 NCBI
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGC… 3477 nt 0.5131
NM_001287044.2 NCBI
GCGGAGCCGAUUACAUCAGCCCGGGCCUGGCCGGCCGCGUGUUCCCGGA… 2569 nt 0.4644
NM_001317010.2 NCBI
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGC… 3537 nt 0.5134
NM_003376.6 NCBI
GCGGAGGCUUGGGGCAGCCGGGUAGCUCGGAGGUCGUGGCGCUGGGGGC… 3609 nt 0.5126
Showing 11 to 20 of 20 entries
Summary

This gene is a member of the PDGF/VEGF growth factor family. It encodes a heparin-binding protein, which exists as a disulfide-linked homodimer. This growth factor induces proliferation and migration of vascular endothelial cells, and is essential for both physiological and pathological angiogenesis. Disruption of this gene in mice resulted in abnormal embryonic blood vessel formation. This gene is upregulated in many known tumors and its expression is correlated with tumor stage and progression. Elevated levels of this protein are found in patients with POEMS syndrome, also known as Crow-Fukase syndrome. Allelic variants of this gene have been associated with microvascular complications of diabetes 1 (MVCD1) and atherosclerosis. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described. There is also evidence for alternative translation initiation from upstream non-AUG (CUG) codons resulting in additional isoforms. A recent study showed that a C-terminally extended isoform is produced by use of an alternative in-frame translation termination codon via a stop codon readthrough mechanism, and that this isoform is antiangiogenic. Expression of some isoforms derived from the AUG start codon is regulated by a small upstream open reading frame, which is located within an internal ribosome entry site. The levels of VEGF are increased during infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), thus promoting inflammation by facilitating recruitment of inflammatory cells, and by increasing the level of angiopoietin II (Ang II), one of two products of the SARS-CoV-2 binding target, angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). In turn, Ang II facilitates the elevation of VEGF, thus forming a vicious cycle in the release of inflammatory cytokines. [provided by RefSeq, Jun 2020] CIViC Summary for VEGFA Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the VEGFA mRNA, a hypoxia-sensitive marker, exhibits a linear decrease in expression over time when normalized with ACTB in blood (R²=0.93) and semen, and a cubic curve in saliva, enabling the development of predictive models for stain age [Fisal Asaghiar; Graham A Williams DOI:10.1016/j.scijus.2020.09.001]. A study in preterm human newborns demonstrated that the VEGFA was significantly increased in peripheral blood plasma of patients with culture-positive early-onset neonatal sepsis compared to gestational age-matched controls, with concentrations of 196.0 ± 70.5 pg/ml versus 59.6 ± 8.5 pg/ml (P = 0.02) [Janec et al. DOI:10.14712/fb2023069050173].