Basic Information

Symbol
VEGFC
RNA class
mRNA
Alias
Vascular Endothelial Growth Factor C VRP Vascular Endothelial Growth Factor-Related Protein VEGF-C Flt4-L FLT4 Ligand DHM Flt4 Ligand LMPH1D LMPHM4
Location (GRCh38)
4:176683538-176792922
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005429.5
Sequence length
2259.0 nt
GC content
0.5436

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-814.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -859.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 609.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((((((..(((((((.(((..((.(((((((((.......))))).))...)).)).....))).)).)))))....)))).......(((((((..((((((((.((((((((((.((((((((...)))).....(((...(((((.......)))))..)))(((((.......))))).)))).)))))))))))).)).)))).))))))).(((((((((((.(((((((....))))))).((((.....))))..)))))))))))...((((((.(((((((((((.(((.((.((((((..((.((((((....((.(((((((((((....(.(((((.((((..((((((.((((((((((((.....((((((....((((((((..((((((....))))))))))))....))...))))))..(((((.(((((((.(((.(((((.(((((((((((..((((.....)))).))).)))))....)))))))).))).))....)))))))))))))))))))(((((((((((.....((((..((...(((.((((((((((..........))))))).....(((.((....))))).............((((.((.....)).))))))))))..))....))))...)))).)))))))((.((....)).))....))).)))))))))).))))).)...))))))))).)).))))))))...))((((....))))........)))))))).))).)))))))))))..))))))(((....)))...(((((.....(((......))).....)))))..((((((((..........))))))))........(((...(((....)))...))).))).)).................(((....)))..((((((((((.........((((((((((((....((((..(((((((...((((((....(((((((((((........(((((((((.(((((..(...)..))))).)))))))))(((((((((((.(((......))).)))))))))))..........(((((((((.(.((((.((.....))))))))))).)))))(((((((.....(((...((((.((((((........)))).....))..)))))))...)))))))....)))))))))))...))))))(((((...)))))(((((((((((.((((.((((((...((((.((((.(((((....(((((.....)))))..))))).))))..........((((.........))))........((((....))))((((((((((((((((.....))))))))......(((..((....))..))).((((((((.((((((((((((((...(((..(.(((((..((((((..(((.(((.....)))))).(.((((((.((((......)))).)).)))).)..........(((((.((.(......).)).))))).........)))))).))))))..)))(((((......((..(((..((...((((((....))))))...))..)))..)))))))...........((........)).........(((((....)))))...)))))))))......)))))...))))......)))).......(((((..((((((...)))))))))))((((...(((....))))))))))))))).(((((((...))))))).(((.(((......(((.........)))...))))))..((((((((((((......)))))..)))))))......))))..)))))).((((((....)))))).))))))))))))))).....(((((....)))))...........((((....)))))))))))........((((((....))))))....(((.(((..(.((((..(((.((((((((((...))))..)))))).)))..)))).)...))))))((.((((((..((((..((.((.((((((((((.....(((((.................))))).....)))))..))))).)).))..))))..)).))))))))))...))))))))))))...((((.....................))))....))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,({{{,(({{{{(((((((,{({{((((({(({(({({...||.||}}|{({...((,,..,,}.}))),)}))))}...}))))...,|,.(((((((..((((((((.((((((((((.(((({(((...{{{|{..{{((,...,,,|,.}}}}..)))))..)))(((((.......))))).)))).)))))))))))).)).)))).))))))).{((((((((((.({{{{{{,,,,||}|}}}.(({{..,,,)))}..))))))))))}...((((((.(((((((((((.{((.((.((((((.,{({((((((....((.(((((((((((..,.({(((((.((((..((((((.,(((((((((((.....{{{{{{....({((((({..((((((....)))))))))))),,,.}}...))})))..(((((.(((((((.(((.(((((.(((((((((((.,,(((...,})}),.)))}}})))....)))))))).))).))....)))))))))))))))))))(((((({{(((.....{{{{..{{...{({{((((((((((..........))))))).....{({.((....))}))}..........{{((((.((.....)).))))))}}})|.}}....)))}...}))).))})}})((.({.,,.)).))...,))|.))))))}))).)))))}}}..))))))))).)).))))))))}...,||{,..,.,}))...,,...)))))))).))}.))))))))))}..)))))),{{..,.}}}|||(((((.....(((,....,))).....))))}.,{{{{{{{{........,.)))})))}........|{|...|{|,,..}}}...}}}.,}}.|||..}},...........|||,},,)},..{(((((((((,...,....((((((((((((..{,(((({,({{((((...((((((.,..(((((((((((.,,.....(((((((((.(((((..{...}..))))).)))))))))(((((((((((.(((......))).))))))))))),{{,...,}}|((((((((.{.((((.((.....))))))})))).)))),((((((((((({({(...,,...(.((((........)))),......,}))))).....)))))))..,,)))))))))))..,))))))|{({,...}}}}|((((((((((,,((((.((((((.{.((((.((((.(((((.,..(((((.....))))),.))))).)))).......{,.((((........,|}|}.....,|,{{{{.,,,}|}}((((((((((((((((.....)))))))}.(({{,{{(({(.,..,||..|||{{(,..,}}.,,,|||||||{|{(...,,,.,|.(((((..((((((..{((({,(((.((((((((.(((((,(...},)))))...))))))))..}}).....,,,.}||||,.{{.{,,....)})}}))))}....,,,..)))))).)))))}..|}|(((((......{,..,{||.,,...((((((....))))))...,....,...,})))))}..........{{...,,,,.)}....{{{{{{({{{...,}))),...})))))))}...,,.||||....{{{{.....))))........(((((..((((((...))))))))))),,{,...(((....))),},))))))))).{|{((({...))))}}}.{|{.|{{,{({{{((,.{{{.....}))}..))}}))},{{{{{{{,{(({.,....})))}.,))))))),.....)))).,)))))).((((((....)))))).)))))))))))))))}..,.(((((....))))),........,,((((,...}}})))))))},.....,.{(((({....}})})},...{((.(((..{.((((..(((.(((((({(({...})))..)))))).)))..)))).}...)))))},{.,{{,{{.,|{((..{{,((.{{{{||||{{.,...{{{{,.,.{{|,,,....,,,.}}||}...,,))}}}..}}}}).}),},..))))..)),,},,}}))}),,.))))))))))))..,||,,,,,.....}}|,,........,,},...}))))))))),

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005429.5 NCBI
AUGCCCUGCCCCUGCGCCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCUCAGCCCGGC… 2259 nt 0.5436
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the platelet-derived growth factor/vascular endothelial growth factor (PDGF/VEGF) family. The encoded protein promotes angiogenesis and endothelial cell growth, and can also affect the permeability of blood vessels. The proprotein is further cleaved into a fully processed form that can bind and activate VEGFR-2 and VEGFR-3 receptors. [provided by RefSeq, Apr 2014] CIViC Summary for VEGFC Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.