Basic Information

Symbol
VIL1
RNA class
mRNA
Alias
Villin 1 D2S1471 VIL Villin-1
Location (GRCh38)
2:218419083-218453295
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007127.3
Sequence length
6500.0 nt
GC content
0.4437

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1901.64 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2027.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1563.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........(((((.((((.(((((((((((((((((....((((((((((.(((((((((..((((((((.(((.........))).)))..............((((((.(((.....(((((((.(.(((((((....)))..))))).))).))))))).)))))).)))))..)).))))))).))..........((((((.((.....)).)))))).))))))))...............((((.....))))..((((((....))))))..))))))))))))))))).(((((......))).)).....(((((((((((((((.(((......))).)))))..)))...((..((((((((((.....(((......)))))))))))))..)).((((((...((((((((((......))))).(((((((......((((.((((((.(((......))).))))))))))..((((((....(((((((((((.((((((((((((((....(((((((..((((.(((.(((((((((((....((((((............)))).))...)))..))))))))))).).))).))))))).)))))))..)))).)))((((.(((((.((.((((((((.((((((((((.(((....))).))).....(((.(.((.((......)))))))).(((((..((.(((((((((((((.((((.(((..((((.((((.((((((((((((((((((...(((((((((.((((.........)))).))))...)))))(((((((((((...(((....)))..((((((((((......))))))).)))((.(((...(((((......(((((.....))))).....)))))...)))))((((((((...((((((((((....(((......((...((.((....((.((((..(((((((...)))).)))...)))).))...)))).))....)))......))))).((.((((.(((.(((.(((..(((((...)))))))).))).))).)))).))....)))))....((((....)))).)))))))).((((....((((.(((.(((((...((((....(((((...((((........))))...)))))....)))))))))))))))).)))).....((((((((((...((((((.((((....(.((.(((.((((((.(((.((((.((((((.((((((((((((.....((((((...))))))))))))))(((....)))...(((((((((.(.((.........)).))).))))))).)))).)))))).))))..))).)).)))).))).)))..((((.........)))).((((...)))).......((((((......(((....))).....)))))).(((..((((....))))..))).))))))))))...)).))))))))...)))))))))))(((((.((((((((....)))))............)))))))))))).......))))))(((...(((((((....)))).)))...)))......)))))).)).)))).))))..)))..(((((((...............(((((((((..(((((..((((((.((((....)))))))))).))))).....)))))))))((((((((((...((.......))....)))))))))))).))))))))).)))))((((....((((((.((((.(((.....))).))))))((((.(((....)))))))))))..)))).........((((.......)))).)))))))))).))))).((((((((((((..........(((.((((((((((.((((.((((((((......)))))..........((((((........)))).)).))).)))))).)))).(((((((((.(.((((........))))).))))))))).)))))))((((......))))...)))))).)))))).))).)))).))(((((((.(((((..(((..((....)).)))....))))).)))..)))).((((((....))).))).)))))).)).)))))))))...(((......)))...((((((.((((.(((((.((.((((((((((..((((((((.(((....)))......((((((((.(((.(.((......)).).)))....((((...))))))))))))..(((((....)))))......))))))))..)))).........(((....)))))))))))((.((.(((..((((........)).))..))))).))...((((...)))).)))))))))))))))..)))))))))))))))))((..(((((((((((((((((((((((..............(((((((...((((((((...(((((.........)))))(((((((.......)))))))....)))))))).......))))))).(((........))).......((((((((((......)))))....)))))(((....))).)))))))............(((..((((.((((((((((..........(((.(....).)))))))))....))))))))....)))..))))))))))..))))))..)).....................((((.((((((...))))))...)))).)))))))((((......)))).((((.((...........))))))...(((((((.((((...(((((((.((((((((((..(((...))).(((.((((((((((((((.((..(((((((.(((((...(....((((.(((.((((.......))))))).)))).....)...))))))))))))..(((((.....)))))(((((((..(((((((((((..((((...........(((.((((.((((((...(((((..((((.((((((((((..(((.((((((.......)))))).(((((((..((((..(...(((((....)))))....)..))))...)))))))))).....))))))).))).))))))))).(((((.((........)).)))))(((((..(((............))).))))).....(((.((((....)))))))...(((((((((..............(((((...(((((((...........(((.......))))))))))(((((((.....))))))).........)))))....((((((((((.(.(((((...((((.....................))))...)))))................(((.((........................)).)))......).))))))))))))))))))).((((........))))...)))))).)))))))...............(((((............)))))......................((((.....))))(((...((((((((.....))))))))))).......)).))..))).)))))))).......(((((((((((((((.(((............................))).)))))))))))))))..........)))))))..)))))))))....)))))))...)))(((((((((((.((((((((((...(((...........((((.(((.(((((.....))))).))).))))((((((((((..((((((((((..........)))))))).................))..))))))..))))..........(((((((...((.((((((...)))))).))..))).)))).....((((((....(((.(((.((((((..((..........((((((......................))))))..........))..)))))).))).))).....(((...(((((......))))).....)))))))))))).....)))))....((((......))))((((.....))))..............((((((((...(((((......((((((.(((((((..................(((((((((((((((((((.((((...(..(((((((((..((((..........((((((((((........((((((((.(((((......)))))(((((...))))).......((((...(((..(((((((.((((.((..(((......)))((((((((((.......))))...)))))).)).))))..)))))))....(((((((((((((.........)))))))...)))))))))..))))((((((((....................)))))))).)))))))).......))))))))))..(((.....)))..................))))...)))))))))..).(((((((....(((.((((......)))).)))...))))))).((((((((....))).))))).........)))).)))))........(((.(((((((((.......((((..(((....((((((((((((..((((((......)))))))))))).))))))....((((((((((((.((((.......((.((((((((((...)))))))))).)))))))))))...))).)))).....(((((..(((((((........))))))).))))))))..))))......))))))))).))))))).))))))))))(((((((((....)))))))))..))))))).))))))....))))).)))))))).(((((((.(((((((((((..((.......((((((((......)))).)))).......))..))).)))).)))).))))))).......((((......)))).))))).).)).)))))))).................)))))))))).).))))))...))))...)))))))(((.((((.....)))).))).........)))))..))))))..)))))))........((((((.(((((((((.....(((..(((.(((.(((((......)))))...))))))..)))....))))..((((((.....(((((.......((((.(((.....((((......))))..((((......)))).........(((((((.((((((((((..(.....((((..(((.......)))..)))))..))))))).)))..)))))))(((((...((.(((...(((((.............)))))...((..((...))..)).......(((((((..................))))))).....(((((.................................)))))...(((((.((..((.((....((.....))....)).))..))..))))).)))))...)))))....)))))))..(((.((((((...))))))))).....((((......)))).((((.(((...................................)))))))......(((((((......((((((((..((((((....)))))).))))).........((((.(((.....)))..))))..))).....))))))).)))))))))))(((.((((.(((((....(((((...(.((((((...((((....((((((((((...............))))).)))))........)))))))))).).)))))....)))))...))))))).)))))))))))......((((((...((((((((.((........((((((((..(((((((((((((((((((((.((((((...((((.((((((........))))))...........)))).)))))).....(((((((((((((((((((((.((((((((((((...............)))))).....)))))))))))))))))..........(((((((((......))))))))).))).........(((.....)))(((((......))))).........((((........))))..)))))))....))))).)))))..((((.(((((....))))))))).((((......)))).))))))).)))).)))))))).....)).)))))))).))))))..))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........(((((.((((.(((((((((((((((((....(((((((({{.(((((((((..((((((((.(((.........))).))).............,(,((((.(((.....{((((((.(,{((((((....)))),,)))).)))))))))))}))},)).)))))..)).})))))).}}..........((((((.((.....)).)))))).))))))))...,,.,{((({....})))},}.||||{.{{{{{{,,,,)}}}}}..))))))))))))))))).{{(({......})).}}.....(((((((((((((((.{((......))).)))))..)))...((..((((((((((,.((((...))),..).))))))))))..)).((((((...{{(((((({{((({(((.,{{{{{{((((.....)))).,}}.|||||||,}}}}})}||}}}}}}{((((,{(((((....(((((((((((.((((((((((((((....(((((((..((((.(((.(((((((((((....(({((((,.........})))}.))...)))..))))))))))).).))).))))))).)))))))..))))},))((((.((((({((.((((((((,((({((((,({((,,,,.,}},)))}}}..(((.(,,..{{......}}))}))).(((((..((.(((((((((((((.((((.(((..((((.((((.((((((((((((((((((...(((((((((.((((.........)))).)))}...})))}(((((((((({({.(((....))).}},{(((((((......))))))).)||||.{{{...||{{{,,({,,(((((....,|}}}}.....))))),..||||..||))||....(((,{.{{{|,,..((........))..||,))),),||.{{,(,,(((((((,,,||||{|}}{{{||||{||...,({{.,,.....(((((.........))))|{{.|||.(({.(({,.{{({{...)))))))).))).))),)},,{(({....)))).||,((((....))))||,,((((,.((.....(((((...))))).,}},{|||}...{|}|,...}}}}}})))){|||},.},}},,|||,}}...,|||}},.,})))).}}}....(((((((({{...((((((.((((....{.((.(((.((((((.{((.((((.((((((.((((((((((((.....((((((...))))))))))))))(((....)))...(((((((((.(.((.........)).))),})))))).)))).)))))).))))..))}.)).)))).))).))}..(((({......,{|..,.|||,...,},,..})}}}((((((......{{(....))}..,,.)))))).(((..((((....))))..))).))))))))))...)}.))))))))...)))))))))))(((((.((((((((....)))))............)))))))))}}}.......}))))}(({...(((((((....)))).)))...}}}.,,...)))))).)).)))).))))..)))..(((((((.........,.....{((((((((..(((((..((((((.((((....}))))))))).))))).....))))))))}((((((((((.{,,,..,....,}....))))))))))}}.))))))))).)))))((((....((((((.((((.(((.....))).))))))|(((.(((....)))))),})))..)))).........((((.......)))).))))))))}),))))),{(((((((((((..,......,(((.((((((((((.((((.((((((((......))))).......,,.{,((((........)))).}}.))).)))))).)))),(((((((((.(.((((........))))).))))))))).)))))))((((......))))...))))))}}))))).))).)))).}}(((((((.(((((...,{{{((....}).)).,...))))).))),.)))).{(((((....))).))),))))))))),)))))))))...(((......)))...((((((.((((.(((((.((.((((((((((..((((((((...(((,.,{{......((((((((.((,.,.{(,....,)).,.))}....((((...))))))))))))..{((((....))))).,}}}}))))))))..)))).........(((....)))))))))))(,{(({{{,.,|||{....,,..|}.}}..}}))).))...{((,...,))}.)))))))))))))))..)))))))))))))))))||}}|(((((((((((((((({...((((..{({,.{....(((((((.,.((((((((...(((((.........)))))(((((((.......))))))).,..))))))))..,,...))))))).......{{(((((({......((((((((((......)))))....)))))(((....))).,,,,,|,.....,......,,,,,{{{{,{|,,.,.|||.........{||{.{,...)}))))))))))),,)))).))))...,.}.)))))))))))..)))))}.,}}...{((((((((..(((...,((((,((((((...))))))...)))},,}....)))..))))))))).,|{((|{{,....,,,..,)})))}...(((((((.{{{({{,(((((((.((((((((((..((,...|}}.,(((((({({{(((((((.({..(((((((((((((...{....((((.((({((((.......))))))).)))).....},..))))))))))))..(((((.....))))){(((({{..{((((((({,,....{,.....,,.,{,(((.((({.{{{{||.,,||||{,,|{({.{{{{{{{{{{..(((,.{((((.....)})))))).(((({((..((((..,...(((((....)))))....,..}}}|,,,}|||}}}||...,||}|||||}.}}}.}}},}}},),|||||.{|,,..,}}})),)))))|{{{(,{({{............}},,|||}|,....((({((,,.|||))}|||}...(((((((((,.....,{,{,,,,||{{{,..(((((({..,,{,.,...{{{....,..}}}))))))){((((({.....))))))).........}}}},....{(((((((({.{.({{{(.,.{{((.........,.,}}}......)))),}.})))}................,,{.,,.............|,,........,...,.......}.})))))))))))))))))).{{{{,.......)))}...}})})).)))))))...............(((((............))))).......,........,,.,,,((({.....})))((({..,(((((((.....)))))))))))......,||{{{{{||}{|},,,)))},}|||}||(((((((((((((.(((.....................,......))).))))))))))))))),,,,,,,...)))))))..})))))))}..,|,,((((((((((.,.{{{{{{(((({{,{{{{{{...{({,...,,.....,||||,|||,|{({{.....|||||.|||,||,{((((((((((..((((((((((..........)))))))).................))..))))))..))))}.....||,,(((((,{.,.((.((((({...}))))).)}..}|}.}}},.....((((((..,,(((,(((,((({{(.,{{..........{(((((..........,,,.,.{,,,,,|}}}||........,,,,.,)))))).})),))}.....||,,|,||{{{,,,...))))).},,.},,))))))|{{....}))},.{|.{((((......))))|||,.....}}}}.......,,{{,..((((((((...{{(((....,.{(((((.(((((((,{{{,....,}}}},...(((((((((((((((((((.((((..{(..{((((((((..((({..........((((((((((......,,(((({((({(((((......}))}}{{{{|,..,}}}}.,},,.,|||,|||||{{,{(((({{.((((.((.{(((......)))|{(((,.....}},.,.},}}...)))}},.)).))))..}))))))....(((((({{(((((,........}))))))...)))))).,.,,.{{{((((((((............,.......)))))))}))))}}}}}.......))))))))))..(((.....)))....,....,||,|||,,})))...}))))))}|,.,.(((((((...,({{.,{{{.....,))}}.}},.,,)))))}).(((({{{{....,}},)))))...,,.,},}))),)))))........(((.{((((((((....,..((((..(((....((((((((((((..((((((......)))))))))))),))))))..{.{(((((((((((.((((.......((.((((((((({...}))))))))).))))))))))),..}))}})))}....(((((..(((((((........))))))).))))))))..)))).,,...))))))))}.))))))).))))))))))(((((((({....}))))))))..})))))).)))))),}.,))})).)))))))).{|||{||.{|||{{|||||..{|...,...,,,,,,,{,,,.},})))})),,..,}}},),,,))),}))}.}})),)}}}))}..,,,,.||||,}....},))}).)))))))))).,})))))}}..............)))))))))).}.))))))..,))),...)))))))(((.((({.....)))).)))....,))}})}}})..))))))..)))))))........((((({.((({({...,,,.{((({..,..,}}}}},||,..,,....,,........,|,,,...||}|||,,{{((((,,,.,{((((,{.{,{{{....{((,,((((,,,......,,||,.{(({......}))}..,,{{....||||{({((,,{((({{{,({{{..,(((..{,,...}}..))),.}}}}}}}|}|,}}}}}{((((.(((.((((((......{{....(((((............,))))}...,{..{,...,}},,,.......{{({{{{....,,,||......,..}}}}}}}.(((((.,(({..............................,,||,||....{{{{.||,,(({((.........})))}..})}}}...}}..})))..))))).,.))))))...))).))))}(((.((((((...))))))))).....({((......)))}.({{(,(((,,,..,,{{........}},,..)},,,.......}))))))....))))))}},,,....}}.(((((..((((((....)))))).))))).........|{{,.{{{,{{,,|{{{.{{{....))),.))))))))},)))}}))}}))|||,||||,{|{{{..,.{{{{{...,.((({{|..,((((,...((((((((((..,,.......,}..))))).)))))........)))))))))).).)})))....}}}}}...}}}}.,),,)))}))))))......((((((...((((((((.,,..,,....((((((((..(((((((((({((((((((((.((((((...({{,.,{{{{(,,......}})))),,.........})}}.)))))|,,...((({((((({(((((((((((.((((((....{(,,....,,..,,,......}),....)))))))))))))))))..........(((((((((......))))))))).)}},......,{((...,,,}}.{{(((,.,,..}}}}}.,,....,.|||{.......,)))}..)))))))....))))).)))))..,{{.{(({{{,,.,,}|||||,,.||||,,.,..))}).))))))).)))).))))))))..},.,}.)))))))).)))))).,))))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_007127.3 NCBI
ACAAUUCCCUGAGAUCUCCCAGGUGGCAGCUGCCUCCCCAAGACAGGCU… 6500 nt 0.4437
Summary

This gene encodes a member of a family of calcium-regulated actin-binding proteins. This protein represents a dominant part of the brush border cytoskeleton which functions in the capping, severing, and bundling of actin filaments. Two mRNAs of 2.7 kb and 3.5 kb have been observed; they result from utilization of alternate poly-adenylation signals present in the terminal exon. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.