Basic Information

Symbol
VLDLR
RNA class
mRNA
Alias
Very Low Density Lipoprotein Receptor VLDLRCH CARMQ1 CHRMQ1 Very Low-Density Lipoprotein Receptor VLDL Receptor VLDL-R CAMRQ1
Location (GRCh38)
9:2621182-2660056
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003383.5
Sequence length
9213.0 nt
GC content
0.4284

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2712.04 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2890.17 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2252.31
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
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ACCCCGCUCUCCGGCCGCCGCCGGUGCGGGUGCUCCGCUACCGGCUCCU… 9129 nt 0.4285
NM_001322225.2 NCBI
ACCCCGCUCUCCGGCCGCCGCCGGUGCGGGUGCUCCGCUACCGGCUCCU… 9090 nt 0.4282
NM_001322226.2 NCBI
ACCCCGCUCUCCGGCCGCCGCCGGUGCGGGUGCUCCGCUACCGGCUCCU… 9006 nt 0.4283
NM_003383.5 NCBI
ACCCCGCUCUCCGGCCGCCGCCGGUGCGGGUGCUCCGCUACCGGCUCCU… 9213 nt 0.4284
Summary

The low density lipoprotein receptor (LDLR) gene family consists of cell surface proteins involved in receptor-mediated endocytosis of specific ligands. This gene encodes a lipoprotein receptor that is a member of the LDLR family and plays important roles in VLDL-triglyceride metabolism and the reelin signaling pathway. Mutations in this gene cause VLDLR-associated cerebellar hypoplasia. Alternative splicing generates multiple transcript variants encoding distinct isoforms for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2009]

Forensic Context

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