Basic Information

Symbol
VMP1
RNA class
mRNA
Alias
Vacuole Membrane Protein 1 Transmembrane Protein 49 TANGO5 TMEM49 EPG3 Ectopic P-Granules Autophagy Protein 3 Homolog (C. Elegans) Transport And Golgi Organization 5 Homolog (Drosophila) Ectopic P-Granules Autophagy Protein 3 Homolog Transport And Golgi Organization 5 Homolog TDC1
Location (GRCh38)
17:59707192-59842255
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_030938.5
Sequence length
3686.0 nt
GC content
0.4004

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1037 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1107.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 805.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001329394.2 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 4015 nt 0.4132
NM_001329395.2 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 3725 nt 0.4030
NM_001329396.2 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 3575 nt 0.3997
NM_001329397.2 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 3518 nt 0.3997
NM_001329398.2 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 3634 nt 0.4029
NM_001329399.2 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 3595 nt 0.4003
NM_001329400.2 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 3484 nt 0.3995
NM_001329401.2 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 3427 nt 0.3995
NM_001329402.2 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 3550 nt 0.3986
NM_030938.5 NCBI
GGGUUCCGGUUGUCUGGAGCCCAGCGGCGGGUGUGAGAGUCCGUAAGGA… 3686 nt 0.4004
Summary

This gene encodes a transmembrane protein that plays a key regulatory role in the process of autophagy. The ectopic overexpression of the encoded protein in cultured cells triggers autophagy even under nutrient-rich conditions. This gene is overexpressed in pancreatitis affected acinar cells where the encoded protein mediates sequestration and degradation of potentially deleterious activated zymogen granules in a process termed, zymophagy. [provided by RefSeq, Jul 2016]

Forensic Context

A study in humans using integrative machine learning on multi-level molecular data from monozygotic twin pairs identified the VMP1 as a gene (CpG site) associated with diet, where lower methylation in heavier twins was linked to lower consumption of sucrose and vitamin D [Kibble et al. DOI:10.1098/rsos.200872]. In rhesus macaques, RNA-Seq analysis of left ventricular tissue from animals with hypertrophic cardiomyopathy identified the VMP1 as a differentially expressed gene that was upregulated in affected animals [Rivas et al. DOI:10.1038/s41598-024-82770-4].