Basic Information

Symbol
WASF2
RNA class
mRNA
Alias
WASP Family Member 2 WAVE2 SCAR2 Wiskott-Aldrich Syndrome Protein Family Member 2 Verprolin Homology Domain-Containing Protein 2 WASP Family Protein Member 2 WAS Protein Family Member 2 Actin-Binding Protein WASF2 Protein WAVE-2 Putative Wiskott-Aldrich Syndrome Protein Family Member 4 Suppressor Of Cyclic-AMP Receptor (WASP-Family) WASP Family Verprolin-Homologous Protein 2 WAS Protein Family, Member 2 WASP Family Protein Member 4 DJ393P12.2 WASF4 IMD2
Location (GRCh38)
1:27404226-27490308
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006990.5
Sequence length
5681.0 nt
GC content
0.5332

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2063.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2166.39 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1205.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((..(((.((((..((((.(((((.(((((((((((.(((......)))))))))((((((((..(((((((((((((((((((........)))))).(((((...)))))((.((..((((((((((((..(((...(.((((((...)))))).).))).)))).)))))))).)).)).(((((........)))))(((((((((((.((((....((..(((......))).))...))))(((.(((..((((..(((((((((((((.((.(((.(((((...(.((((......))))))))))...)))..)).))).))))))))))))))........))).)))........((.(((((...((((((((((((....)))))))...)))))))))))).(((.(((((((..((((.......))))........(((((((....(((((((.(((((((((....((.((((...........(((((((.(((.......................))))))))))(((((..(((.......)))..))))).................(((((...........(((((.....(((.(.(((......)))).))).....))))).............)))))..)))))))))))))))..))))))).....((((..((((.(((.(((..(((....(((.((((((...((..((...((((((((((((.(((............(((((...(((.......(((((((((..........((..((((((((.......(((((((((.........(((((((((.........((((((((...((((((........((((((((.....(((.(((((..(((((((((.((.....((((((((.....)).))))))...)).)))))))))...)))))..)))...................(((((.........))))))))))).))........))))))(((((...((...(((((.(((((...((((((.(.....).))))))((((...((....))...)))).))))).))))).....))...)))))(((((((.......)))))))...........((......)).......((((........))))...(((..(((((........)).)))..)))))))))))))))...))))).........)))))))))))))).)))..))))))))))))))))))).......(((((.(((....((((((((..(((.....................(((.((((.....((((((((...))))))))....................((((..........)))).....)))).)))(((((((((..((((((.....((.((((.........(((...((.((((.....))))...)).))))))).))...))))))..)))......))))))......)))..))))))))....))).)))))((((((((...(((((..((((((((..((((.((......)).))))))))))))...(((((..((((....))))..)))))(((((.((....)).)))))..(((((..((((.....)))).))))))))))....))))))))....))).))))))))))))..))..))...)))))).)))....((((.((......)).))))(((((..(((((((((............((((((....))...))))((((((......((....))....)))))).................)))))))))....)))))((((..((((((((((((((((.........((((((.....(((((((((((((((((.....)))).))).))))))))))..)))))).((((((..(((......)))..))))))((((......)))))))))))))))........))))))))).......)))))).)))))))..))))......(((((((.((((.(((....))).)))))))).)))........))))))).)))))))..)))..((((.(((((((((.((((.(...((((....))))...).))))....)))))))))..))))...)))))))))))...))))))))))..........((((((((.....))))))))(((((.....)))))........)))..))))))))))))).........((((..(((((((((((.((((((((((.......((((((.....((((.((.((((((.......))))))..))))))....))).)))..))))))))..)))))))))...((((..((.((...((........))...)).))..)))))))))))).(((((.((((...........)))).))))).(((((((((((((((((......)))).((((((...))).))).........((((((((((((..(((((.(((..(((((((.....))))))).((((.(((..((((((.....(((((((((.((..((.......))..)))))))))))((((((((..((.((((.......(((((((...(((((.((..........)).))))))))))))......))))...))..))))))))..((((((((.((((((((.((.(((((....)).))))).))))))))...))))).))))))))))))..)))).))).)))))(((.(((((..........))..))))))..)))))((((((((...(((((.(((.((.(..(((((((((.(((..((((((...(((.((((((.....(((.((((..((((((((((......................(((.((((((.....)))))).)))....((((((((((((((....)))))......))))))))).))))))(((((..(((((........)))))..)))))((((((((((.((((((((((.((((..((((.((((((((((((((...))))).........((((((((((((((((....)))))...((((((.((((.(((((((((((((((((((((...((((((((.(((.((((((......((((((((((((((((((((.((((.......))))...(((((((((((.((((((((....((((((....))))))....)))).(((((.((.((((((((((.(((((((.....))))).))....((....)).......(((((....)))))(((((((.((((..(((.((.((((.(.......).)))).)))))..)))))))))))((..((((.....))))..)).)).)))))))).)).)))))(((((((((((........))))))(((((((....)))).)))....)))))............((((((((.((((..(((((((....)))).))).))))))))))))((((...((((....))))...))))...)))).)).....)))))))))(((((((((((...((..((......))))..)))))))))))((((....)))).)))))))))))...)))))).)))((((((.(((.((((......)))))))(((((((((((...))))))(((.(((((....))))).)))........)))))......))))))(..((((((((((((((.((((..(((((((......((((........))))))))))).))))))))))).....((((((...))))))(((((.(((((((((((((.((..((((.((((((((((.((((.((((((..(((((((.(((.(((.(((.((..(((((....)))))....)).)))))).))).))))))).((((((((((.......(((((((.....((((((..(((((......)).)))..))))))........)).))))))))))).))))..))))))))))((((((((.(((.((.......))))).))))))))((((((((.(.(((....))).).))))).))).....(((....)))..................................((((((.((((.((((((..((((((......))))))..((((.(((((....)))))..))))..((((..(((............)))..))))........)))))).))))(((((.(((..(((((..(...)..)))))....))))).)))...)))))).....))).))))))).))....))..)).))))..(((.(((((((((....(((.((((....)))))))...........((((.(((...))).)))).((.(((.((((((....((((.....)))).....)))))).))).))))))))))))))..)))))))))((((((.(((((((.(((((((((((((((((..(((((((..(((((((.((...(.((((....(((((((((((.........(((((((.((((.((.((.(((((((.....(......).....)))))))))))..)))).).))))))((.((.((((.(((((....((((((.....))))))((((....(((....)))....)))).))))).))))..)).))((.((((.(((((.((....((((...((((....))))....))))..)).))))).)))).))....))))))))....)))....)))).)...)).))))))))))))))....((((...))))..))))))).........)))))).)))).))).((((((((.((.....)))))))))).....)))).))))))..))))).)))))))..)...)))))).))).)))))))).(((((......)))))....(((((..(((((......)).))).))))).)))))))))...))))).....))))))))))).))).)))(((((........)))))................(((.((((.((((((((((..(((((((.(((....))).)))))))))))))))))....))))))).....)))))))))))...)))))))))))))..))....)).))))))).))).(((((........))))).))))))))))....))))......)))).)))..))).))))))..))))))...))).)))))))))..)))))))))))....)))))))).)).)))))..............)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).((((((((((((((((((.((((....(((.((......))..)))...))))....))))))))))))....(((((((....)))))))...................)).)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((((((..(((.((((..((((.(((((.(((((((((({{(((......)))))))))((((((((..((((((((((({,((((((.,....,|)))))).((((,...})))){(.{{..{(((((({((((.,{({,,,{.((((((...|))))),|.}||,}|||,||||||||.}}.}}.{(({{......,,)))},{|{{{||{{{{.{||||||,,|,})|||||{{.|||.||,..((({....}))).((((..(((((((((((((.({.{{{.(((((...{.((({......))))})))))...}}||.}}.))).)))))))))))))).......(((((..(((((((((((.(((((...((((((((((({....}))))))...))))))))))))..((((((.((.{.((((.......))))..,.)).)))))).||.{{|,..}}}...))))))))).))))),((,,,,.....,.,,..,({({{({{.{({{{{{{..{{{,{{{{,{|,,{{{||,,(({((..,{|.,.,,..)))..))))),,.}},...,,.{,,,,.||||,,..(((((((..(((,..........((((((((.(((.{,.(((......((((.((((,.,{{....}}}..,,{(...((((({{.,.....,)))))})|||,.,..(((((.....(((((......((((((((((.(...(((((((..((({{{({..(,({{((...,,,,.(((........)))..(((((((({.........,((..((((((((,......{((((((((...,.....(((((({((...,,...((((((({...,(((((,..,|||},,,,{||||,.||||||.(((((..(((((((((.((.....((((((((.....)).))))))...)).)))))))))...)))))..},}...................{|||,,....,}},}}.}}}.}}})},,........,.....{{|||...||,,,{{(((.{((((,{{(((((({(,,...,.,}},,)|{||}},||,.,,))}},)),),,)))).)}})).,.,.|}...}}}}}(((((((.......)))))))..........,||,.....},.......((((........))))..{(({..({(,,.......,),.)))..))))},},,}}))},..}))))).....,...))))))))))))))}}))..)))))))))))......(((..((.((((((.(((....((((((((..(((....,(((,,((((.......,{,........,.{(((((((...,}}))))}.,..................((((..........))),......))))))))|(((({((..{(({{{.....{{.{((({..,,....||,.,,||.((((.....))))...)}.)}||}}|,||...}}|||}..}}),,....)))))}..,...)))..))))))))....))).)))))).))..)))....((({.{(((((((..((((.((......)).)))))))))))))))(((((..((((....))))..)))))(((((.((....)).)))))..|||||..((((.....))))})))).,))))))).)))).)))...}))))))))))..)))))....))))),.,,)))))))))....))).,.}.))))))))))))))...))))))).,,,,....,,,,.,((((({...{{{{{,,,,|||||,.....,({,,,,|....,|||||,....,}))},.}),))))),...............,))}}}})}))))}}.|||}}}}},,,..{|{(((({.,,,.(((((((((((((((((.....)))).)))}}}))))))))..}}}}}}.,||{||,,|||......))),,)))||}||{||,{{(({{{|,.,||)}}}}}........,,,,})}}},,,,,...{{({{,.,{{{{{{{{{{{....{{{((,,,....})))),.......,}))))))),)))).,}..}}))),,),))}}}})))})}},.|{{{.(((((((((.((((.,...((((....))))...,.)))).,..)))))))))..})))}),))))))))))),..}))))))))).........|((((((({.....))))))))|((((.....))))}....,...)))..))))))))}))))......{{{((,.....,,(((((((.((((((((((.......((((((.....((((.((.((((((.......))))))..))))))....))).)))..)))))))),,))))))))}...,.....}}}}}.............,(((((.{.,....),.)))))}..(((((.((((.,.........)))).))))).(((((((((((((({((.,,,,.}}}|,{,..((((((((((((({({{...,))..}.)))))))),...}))))..(((((((.....)))))))...,((((,,.((((({..,..{((((((((.((..(({....,.})..))))))))))},,((({,(((((((((((({((((((((,{,...(((((,((..........}}.}))))}}}}},(((((((((...))}}))))))}})))))).(((((.((((((((.(,{(((((....)).))))).))))))))...)))))....}))))))))))).,,})),.....))))}).,,}}},,{.,,..,..,))))...,}.((.((((((((...(((((.(((,{(.(..(((((((((.(((..((((((...(({.((((((.....{((.((((..(({({(((((......................{((.((((((.....)))))).)))....((((((((((((((....)))))......))))))))).))))))(((((..(((((........)))))..)))))((((((((((.((((((((((.((((..((((.((((((((((((((...})))}.........((((((((((((((({....}))))...,{((((.((((.(((((((((((((((((((((...((((((((.(((.((((((......,{{{((((((({(({{((((.({((,,,,...||||...(((((((((((.((((((((..,.((((((....))))))....)))),(((((.((.((((((((,{.(((((((.....))))}.}}....||....}}.......(((((....)))))((((((({((((..(((.((.((((.(.......).)))).)))))..))))))))))).,...,,...,{{||,,..))))).)))))))).)).))))){((((((((((........))))))(((((((....)))).)))....,})))............((((((((.((((..(((((((....)))).))).)))))))))))),{((...{{((....))})...)},,.,.)))).)),....}))))))))(((((((((((.,.({,{(,......)))),.)))))))))))((((....)))).})))))}}}}),,,)))))),)))||{{{|.((,{((((......)))))))(((((((((((...))))))(((.(((((....))))).)))........)))))...,{{,,,,,,|,,((((((((((((((.((((..(((((((.,(({.,{{.......},))))))))))).))))))))))|{{,..((((((...)))))){,|||,(((((((((((((.((..(((,{(((((((((,.((({{(((((({{(((((((.(((.((,{(((.((..(((((....)))))....)).)))))).))).))))))).((((((((((.......(((((((.....((((((..(((((......))}}))..))))))........)).))))))))))).)))).}))))))))))((((((((.(({,((.......))))).))))))))((((((((.(.(((....))).).))))).))).....(((....)))..................................((((((.((((.((((((..((((((......))))))..((((.(((((....)))))..))))..((((..((({{,...,}),..}))..))))........)))))).))))(((((.(((..(((((..{...}..)))))....))))),,))...}}}))}.}}}}))),}))))))})))}.}))..)).))))..(((.(((((((((.(((((,.(((((({(((((((.(({,((((,,.({{{,((({..,,,.,,))}))},,,,,)}}).}}}.)))))....})),.})).,,.))).}))))}))))))))))))..)))))))))((((((.(((((((.(((((((((((((((((..(((((((..(((((((.((.{,{.(((({,..,,,((((((((.........(((((((.((((.((.(,,(((((((.....(......}..,..)))))))))))..)))).).)))))){{.((.((((.(((((....((((((.....)))))}((((....(((....)))....)))).))))).))))..)).)}{(.((((.(((((.{{.,..((((...((((....))))....)))).,)),))))).)))).))....))))))))....}},.}}.)))).).,,)).))))))))))))))....((((...))))..))))))).........)))))).)))).))).((((((({{((.....)))))))))).....)))).))))))..}}}},.)))))))..}.,.)))))).))).)))))))).(((((......)))))....(((((.{(((((......))}})),))))).)))))))))}..,)))),....})))))))))).|||,,||(((,({{,.....}||}}....,}}}}.}})}},.}}}}|.|,||,{{{{{{{,,{{{(({|.,,,.,}}))),)}|||||||||||,,,,.}}}))))))).....)))))))))))...)))))))))))))..))....)).))))))).))).(((((........))))).))))))))))....))))......)))).))),,))),,))))),.))))))...))).)))))))))..)))))))))))..,.)))))))).)).,,)))),}},,,,,.....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).(((({,((((((((((((.((({..{.(((.,,.......}..)))...)))}....))))))))))))....(((((((....)))))))......,,.,..,,}}...}).)))).....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001201404.3 NCBI
GCCCAGGGCGGGGAAUCGCGUAAUGGCGGACACAGGCAGGGCGAGCGCG… 5166 nt 0.5246
NM_006990.5 NCBI
GCCCAGGGCGGGGAAUCGCGUAAUGGCGGACACAGGCAGGGCGAGCGCG… 5681 nt 0.5332
Summary

This gene encodes a member of the Wiskott-Aldrich syndrome protein family. The gene product is a protein that forms a multiprotein complex that links receptor kinases and actin. Binding to actin occurs through a C-terminal verprolin homology domain in all family members. The multiprotein complex serves to tranduce signals that involve changes in cell shape, motility or function. The published map location (PMID:10381382) has been changed based on recent genomic sequence comparisons, which indicate that the expressed gene is located on chromosome 1, and a pseudogene may be located on chromosome X. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly upregulated the WASF2 in cortical astrocytes, implicating its role in the adherens junction pathway as part of the profound transcriptomic changes driving glial dysfunction [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].