Basic Information

Symbol
XIRP1
RNA class
mRNA
Alias
Xin Actin Binding Repeat Containing 1 CMYA1 Xin Xin Actin-Binding Repeat-Containing Protein 1 Cardiomyopathy-Associated Protein 1 Cardiomyopathy Associated 1 DKFZp451D042 XIN
Location (GRCh38)
3:39183210-39192599
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_194293.4
Sequence length
6461.0 nt
GC content
0.5976

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2619.31 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2725.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1785.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001198621.4 NCBI
ACAGAGACCUGGAGCCAGGGCAGCAAGAAGGUGUCUGUUGGAGCCAGCA… 6034 nt 0.5941
NM_001351377.2 NCBI
ACAGAGACCUGGAGCCAGGGCAGCAAGAAGGUGUCUGUUGGAGCCAGCA… 2597 nt 0.5745
NM_194293.4 NCBI
ACAGAGACCUGGAGCCAGGGCAGCAAGAAGGUGUCUGUUGGAGCCAGCA… 6461 nt 0.5976
Summary

The protein encoded by this gene is a striated muscle protein and belongs to the Xin actin-binding repeat-containing protein (XIRP) family. The protein functions to protect actin filaments during depolymerization. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2017]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the XIRP1 is a marker for stress-responsive cardiomyocytes, being expressed in the stress-responsive ventricular cardiomyocyte cluster vCM3 following myocardial infarction [Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680]. A study in mice demonstrated that XIRP1 (Xin actin-binding repeat-containing protein 1/Xinα) mRNA transiently increased one day after myocardial infarction induced by coronary artery ligation before subsequently decreasing, while its protein levels and phosphorylation at Ser295 were persistently increased in ischemic heart tissue [Williams et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00041.2020].