Basic Information

Symbol
YAP1
RNA class
mRNA
Alias
Yes1 Associated Transcriptional Regulator YAP65 YAP-1 Yes-Associated Protein YAP65 Homolog Transcriptional Coactivator YAP1 Yes Associated Protein 1 Protein Yorkie Homolog Yes-Associated Protein 1, 65kDa 65 KDa Yes-Associated Protein Yes-Associated Protein 2 Yes-Associated Protein 1 Yorkie Homolog COB1 YAP2 YAP YKI
Location (GRCh38)
11:102110099-102233424
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001130145.3
Sequence length
5401.0 nt
GC content
0.4351

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1641.14 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1746.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1570.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.....((((....))))....)))..((((....((((((((((.......(((....(((((((.(((((((((((((.(((...(((.....))).))).)))))).....(((((((((((((((..(((((...((.((((.(((((((.(((((((.(.(((((((((...((((..((((((......)))...))).)))).))).)))))))))))))))))(((((.((.((((((.(((((((((.(((....)))(((.......)))...)))))))..)))))))).)).)))))........))))))))))((((((.((((((.(((((((...))))..((..(((((.(((((...(.((..((((((((.(((.((((....(((...((((((((..(((..((((((...(((((....)))))...(((.(((((((.....(((((....))))).(((..((((((..((..((((....))))..)).)))))).)))))))))))))...(((((.((((((.((((.(((.....)).).))))))))))..((((...)))).((((.(((((........((((((.((.....)).))))))....)))))))))...)))))..))))))..)))..))))))))..)))..))))..))).))(((.......)))....))))))..)))....))))).)))))...)).))))))))).)))))).........)))))..)))).)))))))))))(((((.(((((.((((((((..((((((((............((((((.(((((((((....((((........))))..(((((.(((...(((((.....)))))...))).)))))((((((...)).)))).((((((((.......)))))))))))))))))))))))....(((.....)))..........((((((....((...))...)))))).))))))))..)))....))))).))))..........).))))).................(((((....((((..(((....))).))))..)))))..(((.((((((((((((((..((((((..((((((....(((((((((((..(((((((..(((...(((.((((((......((((.(((((((((((((((.((((((((((((....(((((((((..((((((((.((((((((...((((((((.((....(((.((((((((..(....((((((((..........((((((...))))))(((((.((((((((((((((((((.....(((....((((....))))....)))(((.......(((((.((..((.....((((.........))))...))(((((....(((((.......))))).))))).)).))))).......))).(((((((((...((((((((...((((((.(((.(..((..(((.....((((((.((((((((((....((.....(((((((((((.....)))))).....(((((..(((((.........(((((.((((((..((.......(((.((((..(...(((.(((..(((((((.....((((((...))).)))........((((.......))))..)))))))))).)))..)..)))).)))))..))))))..)))))..)))))..)))))......))))).....))....)))))))))).)))).))...)))..))....).))).))))))))))))))........(((((((......)))).)))..(((((..........)))))((((.(((((...(((((...((((.....)))).)))))...))))).))))....))))))))).......(((....)))......)))))))))))))..................((((......)))).(((((((((...........)))))))))..))))).))))))))))))).....)..)))))).)).))).......)).)))).......(((((((((.(((...))).)))))))))............))))...))))))))))))))))..))).).)))))))))....(((......)))....(((((...((.((((((((((.......((((((((.((..(((...(((((.....)))))..)))..)).)))))))).......((((((((((((((((((.....(.((((((((.........)))))))).)....))))....(((((((....)))))))..................))))))))))))))........(((((((..........)))))))...........(((((((....((((...((((.....))))..))))......))))))).......((((................................))))......((((...))))..)))))))))).))...)))))..))))))))..))).........))))))))........)))).)))))))))))))...)))..)))))))..)).))))))))).....(((((((..(((((..((((((........))))))))))).)))))))))))))..)))))).))).........))))))..)))))))).....(((((...(((((((((((.(((((((((((..(((......((((((.(.((((((........(((((......)))))))).)))).))))))((.(((((.(((((..((.((((((((((...........(((((((.(((........((((((((((..(((((.((((.........)))).)))))((((.(((.((.(((((.((....))))))).)).)))))))))))))))))))).)))))))((((.....(((((((((((.(((.....))))))))))))))))))(((((...)))))...)))))))))).)).)))))))))).))..........(((.(((((((........)))).)))..))).(((.((.((((.(((...))).))).).)).)))..(((((((((((((.((((((.(((((((((..(((((((.......((...(((((((..((((...((((((((((.((((...........))))))).....))))))).................(((....)))))))..))))))).))....))))))).))))))...)))....)).)))).))))))))))))).)))..))).)))....))))))))))..)))))).....)))))((((....))))...((((((((((((((....)))))..)))))))))(((((((((((((((((((((..((((((((...((((((.((((((.((((......((((((((((((.((((.((((((((((((((((...((((((.((((((......((.((..((((((((.((.(.......).))))))))))..)).))))))))..))))))..))).))))(((((((((((((((((......)))))))...................(((((((((((.((((((((((((..((((....))))(((((((.......)))))))(((((((.((((((......))))))(((((((........)))))))........((((((((....)))))))).((((((...)))))).......(((((((......)))))))......((((.(((((.((....((((..((....(((((((((((((..................(((((...))))).......(((((.((((......)).)).))))))))))))))))))..))))))...)).)))))))))....)))))))...........))))))).......((.(((((((((((.((((...........)).))))))))))))).))..((((((((..(((.....((((.........))))....)))..))))))))))))).)).)))))))))((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((....))).)))......)))))).))))))))))))........)))))).)))..))))..((((((......))))))))))))))))..............(((((((((((((((((((((.....(((.....))).....................(((((((((.......(((((((((.(((((((((........)))))))))......)))))))))..........(((.(((((((((((.(((((........))))).........((((......))))..)))))))...)))).)))(((((.((((((((.....(((((((.(((.........)))))))))))))))))))))))....)))))))))(((((.(((((((....(((((........((((.......))))................(((..((((((((((((((...(((((...((((.......))))...))))).....(((((((....))))))).......(((.(((((((.((((..((((((((...(((....(((....)))........))).))))))))....)))).))))))).)))(((((((((..((((......................))))..)))))))))....))))).)))))))))..)))..)))))))))))))))))..........(((((((........))))))).(((((((...((((........))))...)))))))...(((..((((((((((((.........)))))))).....))))..)))...))))))))).......))))))))))))............))))))..))).)))).))))))))))))..(((((...)))))....((((((((....))))))))...........................)))).))))))))...................))))...)))))))).(((((.((...)).)))))....)))))))))))))))))..))))...))))))).)))))))......))).......))))))))))....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{...,.((((,...})))}}}.})}..,{{{.,,,((((((((((,,,,...(({....(((((((.(((((((((((((.(((...(((.....))).))).)))))).....(((((((((((((((..(((((.,,(({{(((,{((((((.(((((((,{.((({(((((,,.((((..(({((,,,,,.,|||.,,|||,||}|,|||,}||||}||}}||||||}((({{.({.{{|{{{|||{||||||.{|||||,|}}|||,.,.{{{|||...})))))}||)}))))),.}},}||||.,..,,,,||},}}}},,||||||.{|{|||,,|(((((|.,||}}.,))))|||||}|||,|},|||||}}{|||{|((.{{{.((((....(((...((((((((..(((..((((((...(((((....)))))..,(((.(((((((.....(((((....))))).(((..((((({..((..((((....))))..)).)))))).)))))))))))))...(((((.((((({{((((.,{{.....))...))))))))))..((((...)))).((((.(((((........((((((.((.....)).))))))....)))))))))...)))))..))))))..)))..))))))))..)))..))))..})).}}(((,......)))..}}))}}}|.||||.,,.,,,,)})}))).}}}}.))})})))).)}))}}.,,..,...)))))..)))).))))))))))|(((((((,{{,{(((,((((,.{{((((((((({.....,,,(((((,,(((((((((..{.((((........)))),.(((((.(((...(((((,....)))))...))).))))){{(({,,..,,.)))).((((((((.......))))))))))))))))))))))).....,,{{{{{...{{{{{.,{{.((((((....((...))...)))))).))),,,,|,,}},..,,},,||{||,|{{{{...{{{(({{,{{(({{...{{{,{,....((((,..||||(((,((({{{.},|{||,...,,,))}}.,,}|||||,||||(,{{..((((((..((((((..{.(((((((((((..(((((((,.(((...((,,(((((,.....,((((.(((({((((((.(((.((((((((,(((...((((((((((..((((((((.(((((((({{.(({(((((,{,...,(((,((((((((..{.,,.((((((((..........((((((...)))))){((((.(((((({(((((((((((.....(((....((((....)))).,..}|}(((.......{((((.({..((.,,,{((((.....,...))))|}.}}(((((....(((((.......))))).))))).|).))))}.......))),{(((({{{{...((((((((,,.({{{{{|{{{.,..{(..(((.....((((((.((((((((((....((,.{,.(((((((((((,...,)))))).....(((((..(((((........,(((((.((((((..({......,(((.((((..{...(((.(((..(((((((.....(((({{...,}}.,))........((((.......))))..)))))))))).)))..,..)))).)))))..))))))..))))).,)))))..)))))......)))))..,}.,),,..)))))))))).)))).))...))).,))....,}))}.)))))))))))))}....|,,.||||{||{||{{|||||.,,,,,{|{||||,...,,..,,}}}|||{.{{||||,.{((({,,.(({{,,,,,))}}.})))),,})}))}}}))},,..,)))))}}}..||...(((....)))....,,))))))))))|||{.,.......}.}},...((((......)))).(((((((((...........))))))))).}))))).))))))))))))),,...)..)))))).)),))},,.,.},,),)))).......(((((((((.({....})).))))))))).........,..}}))...,}})))))))))))))..))).)}})))))|||.{{,(({..,,,,)))....(((((...((,((((((((({.,,.,..,,,,{{{{.{{..(((,..{{|||,.,,,|}||||.|||{{{(.,{|||({{{,,....((((((((((((((((((.....(.((((((((.........)))))))).).,,.))))....,,{{{{,.,,,,|,||||,,....,}}}}}}.}},.)))))))))))))).,,...}}||}}}}..}}))..,,,|,,,)))},,,.......(((((((,{..((((...((((.....))))..))))..,,,.})))))).......||||||||.,|,.....,,,....{{{{,,,.,||,|}||......,{||...))))..}))))))))).))...)))))}.))))))))..))),})}.,}}))},},,}}..,,,,,.)))}.)))))))))))))...))).,)))))))..)),}))))))))}....(((((((..(((((..(({(((.....,,,}))))}))))).)))))))))))))..)))))).,,},|{{{{{{{,,,|||...,,)))....}}}}}}}|....,....,,|||,|||||||||||..,,,......((((((.(.((((((........{,{{{......,))))))).)))}.)))))}((,,,,,,}||,,,..{{{((,,((({((,,...,,,,..|||,|||,{,,,,{,,.,.,{{{|{||||..{(({{.{||{........,)))),)})},.,,,.|||}|,}||||.}||}}..)))))}}.)),),),))))))))))))))),}))),}})||||}}...(((((((((((.(((...,,)})))))))))))),|||{{,{{,,{|||||{|.|,}}}}},||{||{||,|||,,,,,))......,,,,(((.{((((((........)))).))}..)))..,,.(({(((({({,{,,,||{|||,|.}},||,..{(((({{(((({(,(((({{,(({{{{(((,.{((((({.......{|...{((((((,|{((({,.((((((((((.((({..........,))))))).....)))))))........,|}...,}}|||,,,.,))))))},)}}}}}),)),,,,}}|||||.|||||,...,||,,..}},|||,.,}))))}))))),.,,,}})))}))},..,),))))))}},,}},})},.,.|||,||(,{,...,)),),.,((((((((({((({....)))))..))))))))){((((((((((((((((((((..((((((((.{{((((((,({((({.((({..,,..{(((((((((({.{(((,(((({{{(((((((((...{{{(((.{,,,,{,{{..,({.{{..((((((({,((.{.......).))))))))))..||.}}.}}))},,}}|||}..}}}.,}}}|{{{{{{{{{{((((({......})))))}......,{{,.....,,,{((((((({(((.{(((((({{,{,..{{{{....)))}{{{{{{{..,.,,,)||||||(((({{{.((((((......))))))(((((((........)))))))...,,|{{(((((({{,,...,,})))}.,{||||,,,))}))}.......(((((((......)))))))....,,((((,{(((({(({,..(({{..,.,,|||(({{{{{((({|,.|{{,{{......,.....|||,..,)))))},,,,.||{||,||||,,..,,|},||,|||||||}|||||||}||||,.}}}}..,})|)))))}}}}....,,}))))|,{,{{.....)}}}(((.{((({.((,({{{{{{{{||.||{{.,,,..||,..)).}}})}}}))}}}}.)).}}}}},)}},}}},}},,..,,,((((((...))))))...|}|.,},,,,}})))}|,|},,}|}}|}}|(((((({((((({((({((((((({({(((({((((((,...))),||.,,{||,}}}}}},,,}}})}))))),.......}||||}.}}},,}|,,..((((((......)))))))))}}})))}.....,,,...,..{{{{{{((({{{{{{{{{{{{....,|{{|,,,}}}}...,,,,},}..,,..,,,,|{||||((((..,,,,.{,|{||{|||(((((((((........))))))))).,,,,|}},}))))),.,},}},,,}}|,,||((({((({.,,{,|,},,}}}.,,,...||,.....{|||..,,,,))}),,))}))))}},}}}}|}||{||||||||{{{{{||||||||||.{,.||,.,,.}}}.))},}|||||||||||||||||||{,,}}}|||||||(((,,(((((({.,,.,,,,,}},.,}|}||.,........,,,.,..........,{{,,,,..((((((((((((((...(((((...((((.......)))).,.))))).}...{|{((({,,...})))))},,,,}|(((,(((((((.((((..((((((((...,{{,,,.(((....})).....,..}}}.))))))))....)))).))))))).}}}|{{((((({..((((,..,,,..}}}}}.,,{{,{,.,,,,}}))}}}))))....))))))))))))))).,}}...,}}))))))}|||||,....{(((({{(((((((,.....,.))))))).(((((((...((((........))))...)))))))...,,})))))),{|||||{....,,,},)))))}})}}}},}))),.}||,,.}}}}))))}.......)))))|||||||............,}))}|,.,}}.}}}},))))}}}}}}}}..(((({...})))}....,{((((((....))))))})}},,,,,,.....,,,.....,,,...}))),))))))))....,...........,,,)))},}})))))))).(((((.{{...}).)))))....)))))))))))))))))..}))}...))))))).))))))).,.,..))).......))))))))))...,)))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130145.3 NCBI
CUCAGUCGGGCGCAGCCGCCGCCAGGGAAAAGAAAGGGAGGAAGGAAGG… 5401 nt 0.4351
NM_001195044.2 NCBI
CUCAGUCGGGCGCAGCCGCCGCCAGGGAAAAGAAAGGGAGGAAGGAAGG… 5353 nt 0.4351
NM_001195045.2 NCBI
AGAACUUGCUUCAGGCUAAACUUCAGCAUAGGAACUUUGCCCAAAAGUU… 4976 nt 0.3919
NM_001282097.2 NCBI
CUCAGUCGGGCGCAGCCGCCGCCAGGGAAAAGAAAGGGAGGAAGGAAGG… 5287 nt 0.4347
NM_001282098.2 NCBI
CUCAGUCGGGCGCAGCCGCCGCCAGGGAAAAGAAAGGGAGGAAGGAAGG… 5251 nt 0.4352
NM_001282099.2 NCBI
CUCAGUCGGGCGCAGCCGCCGCCAGGGAAAAGAAAGGGAGGAAGGAAGG… 5299 nt 0.4352
NM_001282100.2 NCBI
CUCAGUCGGGCGCAGCCGCCGCCAGGGAAAAGAAAGGGAGGAAGGAAGG… 5365 nt 0.4356
NM_001282101.2 NCBI
CUCAGUCGGGCGCAGCCGCCGCCAGGGAAAAGAAAGGGAGGAAGGAAGG… 5413 nt 0.4356
NM_006106.5 NCBI
CUCAGUCGGGCGCAGCCGCCGCCAGGGAAAAGAAAGGGAGGAAGGAAGG… 5239 nt 0.4346
Summary

This gene encodes a downstream nuclear effector of the Hippo signaling pathway which is involved in development, growth, repair, and homeostasis. This gene is known to play a role in the development and progression of multiple cancers as a transcriptional regulator of this signaling pathway and may function as a potential target for cancer treatment. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Aug 2013] CIViC Summary for YAP1 Gene

Forensic Context

A study in human corpus cavernosum tissue demonstrated that the YAP1 protein, a Hippo signalling pathway effector, was detected in vascular smooth muscle cells, cavernosal trabecular smooth muscle cells, and myofibroblasts, with nuclear-localized protein increased in erectile dysfunction patients' endothelial and smooth muscle cells [Zhao et al. DOI:10.1038/s41467-022-31950-9]. In human and mouse keratinocytes, the YAP1 transcription factor was validated as a direct target of miR-483-3p, where its down-regulation contributed to the antiproliferative effect controlling keratinocyte growth arrest during wound healing [Bertero et al. DOI:10.1096/fj.10-168401]. A study in mice demonstrated that the YAP1 is a core component of the Hippo signaling pathway whose transcriptional co-activator activity is inhibited when this pathway is activated [Li et al. DOI:10.1038/s41598-025-94820-6].