Basic Information

Symbol
YKT6
RNA class
mRNA
Alias
YKT6 Vesicular SNARE Protein YKT6 V-SNARE Homolog Synaptobrevin Homolog YKT6 R-SNARE YKT6 V-SNARE Homolog (S. Cerevisiae) YKT6, S. Cerevisiae, Homolog Of YKT6 V-SNARE Protein SNARE Protein Ykt6 EC 2.3.1.- EC 2.3.1
Location (GRCh38)
7:44200959-44214294
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006555.4
Sequence length
2767.0 nt
GC content
0.5544

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1118.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1167.32 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 961.30
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001363678.2 NCBI
GGAUUGCGAGCCAGGAGGAGGAAGCCGGCGGUGGCCCCGUCAGCAGCCG… 2665 nt 0.5576
NM_001410874.1 NCBI
GGAUUGCGAGCCAGGAGGAGGAAGCCGGCGGUGGCCCCGUCAGCAGCCG… 2818 nt 0.5522
NM_006555.4 NCBI
GGAUUGCGAGCCAGGAGGAGGAAGCCGGCGGUGGCCCCGUCAGCAGCCG… 2767 nt 0.5544
Summary

This gene product is one of the SNARE recognition molecules implicated in vesicular transport between secretory compartments. It is a membrane associated, isoprenylated protein that functions at the endoplasmic reticulum-Golgi transport step. This protein is highly conserved from yeast to human and can functionally complement the loss of the yeast homolog in the yeast secretory pathway. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the YKT6 gene was downregulated in subcutaneous adipose tissue during short-term weight loss in obese participants [Bollepalli et al. DOI:10.1038/ijo.2017.245].