Basic Information

Symbol
ZBTB16
RNA class
mRNA
Alias
Zinc Finger And BTB Domain Containing 16 PLZF ZNF145 Zinc Finger Protein 145 (Kruppel-Like, Expressed In Promyelocytic Leukemia) Zinc Finger And BTB Domain-Containing Protein 16 Promyelocytic Leukaemia Zinc Finger Zinc Finger Protein PLZF Promyelocytic Leukemia Zinc Finger Protein Zinc Finger Protein 145
Location (GRCh38)
11:114058335-114256765
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006006.6
Sequence length
8494.0 nt
GC content
0.5188

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3131 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3285.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2033.25
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001018011.3 NCBI
AGCGCUGCGGGCCCUCCUCGGCUCUCGGCGGGACCGGCGGUGACACCGG… 8400 nt 0.5182
NM_001354750.2 NCBI
AGCAGAGAGGAGUUGAGGGCGAUGAGAGCGGGUACUGCGAACUGCCGGG… 8754 nt 0.5251
NM_001354751.2 NCBI
AGAGCCCGUGGGUGCUCUUAUGUAUGCGGACCGGUGCGCGGGCGCAAGA… 8375 nt 0.5163
NM_001354752.1 NCBI
CCUCCUCUAUUGGCCCAGGAAGCCCACCCAGCCCCGCCACGCAGAGCCC… 8240 nt 0.5150
NM_006006.6 NCBI
AGCAGAGAGGAGUUGAGGGCGAUGAGAGCGGGUACUGCGAACUGCCGGG… 8494 nt 0.5188
Summary

This gene is a member of the Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family and encodes a zinc finger transcription factor that contains nine Kruppel-type zinc finger domains at the carboxyl terminus. This protein is located in the nucleus, is involved in cell cycle progression, and interacts with a histone deacetylase. Specific instances of aberrant gene rearrangement at this locus have been associated with acute promyelocytic leukemia (APL). Alternate transcriptional splice variants have been characterized. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified the ZBTB16 as one of 81 candidate mRNA markers with significantly differential expression over the course of a day in whole blood, showing peak expression at 08:00h and a valley at 02:00h [Gosch et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102915].