Basic Information

Symbol
ZEB1
RNA class
mRNA
Alias
Zinc Finger E-Box Binding Homeobox 1 AREB6 Zfhx1a Zfhep FECD6 TCF8 BZP Transcription Factor 8 (Represses Interleukin 2 Expression) Posterior Polymorphous Corneal Dystrophy 3 Zinc Finger E-Box-Binding Homeobox 1 Negative Regulator Of IL2 NIL-2-A PPCD3 ZEB Zinc Finger Homeodomain Enhancer-Binding Protein Delta-Crystallin Enhancer Binding Factor 1 NIL-2-A Zinc Finger Protein Transcription Factor 8 DELTAEF1 NIL2A TCF-8
Location (GRCh38)
10:31318495-31529814
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001174096.2
Sequence length
5937.0 nt
GC content
0.3894

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1445.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1566.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1398.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001323645.2 NCBI
AGAUCCCUCCCUGCCCCGGGCAGCCGCGGCGGGUGUGGCCAGCGCGGAG… 6316 nt 0.3999
NM_001323646.2 NCBI
AGAUCCCUCCCUGCCCCGGGCAGCCGCGGCGGGUGUGGCCAGCGCGGAG… 6554 nt 0.3991
NM_001323647.2 NCBI
AGACACAAGCGAGAGGAUCAUGGCGGAUGGCCCCAGGUGUAAGCGCAGA… 6077 nt 0.3907
NM_001323648.2 NCBI
AGACACAAGCGAGAGGAUCAUGGCGGAUGGCCCCAGGUGUAAGCGCAGA… 6017 nt 0.3892
NM_001323649.2 NCBI
AGACACAAGCGAGAGGAUCAUGGCGGAUGGCCCCAGGUGUAAGCGCAGA… 6080 nt 0.3908
NM_001323650.2 NCBI
AGACACAAGCGAGAGGAUCAUGGCGGAUGGCCCCAGGUGUAAGCGCAGA… 6312 nt 0.3901
NM_001323651.2 NCBI
AGACACAAGCGAGAGGAUCAUGGCGGAUGGCCCCAGGUGUAAGCGCAGA… 5980 nt 0.3890
NM_001323652.2 NCBI
AGACACAAGCGAGAGGAUCAUGGCGGAUGGCCCCAGGUGUAAGCGCAGA… 6129 nt 0.3904
NM_001323653.2 NCBI
AGACACAAGCGAGAGGAUCAUGGCGGAUGGCCCCAGGUGUAAGCGCAGA… 6236 nt 0.3905
NM_001323654.2 NCBI
AGACACAAGCGAGAGGAUCAUGGCGGAUGGCCCCAGGUGUAAGCGCAGA… 6123 nt 0.3903
Showing 11 to 20 of 41 entries
Summary

This gene encodes a zinc finger transcription factor. The encoded protein likely plays a role in transcriptional repression of interleukin 2. Mutations in this gene have been associated with posterior polymorphous corneal dystrophy-3 and late-onset Fuchs endothelial corneal dystrophy. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described.[provided by RefSeq, Mar 2010] CIViC Summary for ZEB1 Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the long non-coding RNA MIAT is significantly overexpressed in non-small-cell lung cancer (NSCLC) tissues and that its C-containing genotypes at SNP rs1061541 are a protective factor against NSCLC [Zheng et al. DOI:10.2147/CMAR.S163395].