Basic Information

Symbol
ZFP1
RNA class
mRNA
Alias
ZFP1 Zinc Finger Protein ZNF475 Zinc Finger Protein 1 Homolog Zinc Finger Protein 475 FLJ34243 Zinc Finger Protein 1 Homolog (Mouse) Zinc Finger Protein 1 Zfp-1
Location (GRCh38)
16:75148494-75172236
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_153688.4
Sequence length
3287.0 nt
GC content
0.3873

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-804.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -874.1 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 692.42
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001318469.2 NCBI
GCCCUUCCCCCACCACCAGCGGCGAGUGGGUGACAGAGCCCCCGUCUCC… 3306 nt 0.3887
NM_001318471.2 NCBI
GCCCUUCCCCCACCACCAGCGGCGAGUGGGUGACAGAGCCCCCGUCUCC… 3362 nt 0.3873
NM_001318472.2 NCBI
GCCCUUCCCCCACCACCAGCGGCGAGUGGGUGACAGAGCCCCCGUCUCC… 3229 nt 0.3865
NM_001318473.2 NCBI
GCCCUUCCCCCACCACCAGCGGCGAGUGGGUGACAGAGCCCCCGUCUCC… 3179 nt 0.3857
NM_001318474.2 NCBI
GCCCUUCCCCCACCACCAGCGGCGAGUGGGUGACAGAGCCCCCGUCUCC… 3160 nt 0.3842
NM_001318475.2 NCBI
CUCGUGGGUGGAGGAAGGACUGGAGCCUGGUCAGUUGCCGGUGGUGAAG… 3401 nt 0.3858
NM_001318476.2 NCBI
GCCCUUCCCCCACCACCAGCGGCGAGUGGGUGACAGAGCCCCCGUCUCC… 3304 nt 0.3877
NM_153688.4 NCBI
GCCCUUCCCCCACCACCAGCGGCGAGUGGGUGACAGAGCCCCCGUCUCC… 3287 nt 0.3873
Summary

This gene belongs to the zinc finger protein family. Some members of this family bind to DNA by zinc-mediated secondary structures called zinc fingers, and are involved in transcriptional regulation. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the ZFP1 mRNA was hypermethylated in the nucleus accumbens of subjects with alcohol use disorder compared to matched controls, with a mean methylation level of 0.371 in cases versus 0.163 in controls, as part of a broader epitranscriptomic profiling effort [Liu et al. DOI:10.3390/genes13060958].